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有沒有可能計算出兩個分子之間最接近原子的rdf? 已有1人參與
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| 大家好，我的盒子是由兩種分子組成的，用gromacs模擬，現(xiàn)在我想計算盒子中這兩種分子的radial distribution function (rdf), 在gromacs里面算rdf時分子間的距離可以定義為質(zhì)量中心(com)之間的距離或者體積中心（cog)之間的距離，但是我想定義兩個分子之間的距離定義為這兩個分子間距離最接近的兩個原子之間的距離，然后計算rdf. 這樣在gromacs中間好像不能實(shí)現(xiàn)，所以我將trajectory 文件做成了一個長pdb,請問有什么軟件能幫我計算想要的rdf嗎？ |
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2樓2015-10-19 10:12:44
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