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miRNA

至尊木蟲 (職業(yè)作家)

水王之王（愚愚學(xué)園管理員）

生物信息學(xué)英文教程�。。�

http://www.s-star.org/downloads/lectures.html

01 All Lectures
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02 Introductory Molecular Biology
~ by Anthony Weiss ~
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1.64 MB

03 An Overview of the Computational Analysis of Biological Sequences
~ by Subbiah S ~
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86.1 MB
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04 Transcript Analysis
~ by Winston Hide ~
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15.7 MB
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05 Comparative Genomics
~ by Liping Wei ~
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43.4 MB
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06 Representations and Algorithms for Computational Molecular Biology
~ by Russ Altman ~
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51.4 MB
0.9 MB

07 Protein Structure Primer
~ by Shoba Ranganathan ~
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34.9 MB
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08 Protein Structure Prediction
~ by Betty Cheng ~
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41.6 MB
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09 Protein Physics
~ by Betty Cheng ~
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37.5 MB
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10 Genomics and Computational Molecular Biology Genomics
~ by Douglas Brutlag ~
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2.37 MB

11 Protein and Nucleic Acid Structure, Dynamics,and Engineering
~ by Michael Levitt ~
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77.3 MB
2.93 MB

12 Proteomics
~ by Marc Wilkins ~
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14.7 MB
2.55 MB

13 Proteomes: Proteins Expressed as a Genome
~ by Jan-Olov.Hoog ~
(processing, will be available later)  Video + Slides
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--- MB
0.8 MB

14 Structure Prediction for Macromolecular Interactions
~ by Julie Mitchell ~
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36.2 MB
0.8 MB

15 Protein - Ligand Modeling
~ by Lynn Ten Eyck ~
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52.1 MB
0.4 MB

16 DNA Microarray Analysis
~ by Mark Reimers ~ Slides Only
0.5 MB

17 Dynamic Programming Algorithms for Haplotype Block Partitioning
~ by Michael S. Waterman ~ Slides Only
0.5 MB
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11樓2005-06-07 22:00:25
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miRNA

至尊木蟲 (職業(yè)作家)

水王之王（愚愚學(xué)園管理員）

生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)大全�。。�！

綜合數(shù)據(jù)庫(kù)


★ INSD,國(guó)際核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)（International Nucleotide Sequence Databank）。由日本的DDBJ、歐洲的EMBL和美國(guó)的GenBank三家各自建立和共同維護(hù)。

★ EMBL庫(kù)，歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室的DNA和RNA 序列庫(kù)。 http://www.ebi.ac.uk/embl.html

★ GenBank ，美國(guó)國(guó)家生物技術(shù)信息中心 （NCBI）所維護(hù)的供公眾自由讀取的、帶注釋的DNA序列的總數(shù)據(jù)庫(kù)。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/

★ DNA Databank of Japan (DDBJ) ，日本核酸數(shù)據(jù)庫(kù)。 http://www.ddbj.nig.ac.jp/

★ GSDB是由美國(guó)國(guó)家基因組資源中心（NCGR）維護(hù)的DNA序列關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)（Genome Sequence DataBase）。 http://www.ncgr.org/gsdb/

★ TIGR DATAbase,是世界上最大的cDNA數(shù)據(jù)庫(kù)，還有大量的EST序列和人類基因索引（HGI）。 http://www.tigr.org/tdb/hcd/overview.html



DNA序列數(shù)據(jù)庫(kù)

包括與DNA的復(fù)制、轉(zhuǎn)錄、修復(fù)等有密切關(guān)系的蛋白質(zhì)因子。
★BioSino是中國(guó)自主開發(fā)的核酸序列公共數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.biosino.org/
★CUTG,MM子使用頻度表。
http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html
http://www.kazusa.or.jp/codon/
http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html
★EPD,真核生物啟動(dòng)子數(shù)據(jù)庫(kù)（Eukaryotic Promotor Database）。
http://www.epd.isb-sib.ch/
★TRANSFAC,真核生物基因表達(dá)調(diào)控因子的數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://transfac.gbf.de/TRANSFAC
★ TRRD.真核生物基因組轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/
★OOTFD,轉(zhuǎn)錄因子和基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.ifti.org/
★RepBase,真核生物DNA中重復(fù)序列數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.girinst.org/~server/repbase.html
★ MicroSatellite,微衛(wèi)星重復(fù)序列數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://nmnhgoph.si.edu/gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.html
★ALU數(shù)據(jù)庫(kù)是人及其他靈長(zhǎng)類代表性的Alu重復(fù)片段。
http://ncbi.nlm.nih.gov(/pub/jmc/alu/)
★ Simple Repeats,簡(jiǎn)單重復(fù)序列庫(kù)。
http://ncbi.nlm.nih.gov
★COMPEL,復(fù)合元件數(shù)據(jù)庫(kù)。
ftp://ftp.gbf-braunschweig.de(/pub/compel/)
★MPDB,分子探針數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.html
★HvrBase,靈長(zhǎng)類mtDNA調(diào)控區(qū)序列庫(kù)，主要是人的HVI和HVII兩個(gè)高變異區(qū)的序列。
http://monolith.eva.mpg.de/hvrbase/
★PlantCARE,植物順式作用(cis-acting)調(diào)控因子數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://sphinx.rug.ac.be:8080/PlantCare/
★PLACE是從文獻(xiàn)中搜集的植物順式作用調(diào)控元件DNA模體的數(shù)據(jù)庫(kù),只涉及維管植物。
http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/
ftp://ftp.dna.affrc.go.jp(/pub/dna_place/place.seq)
★Mendel數(shù)據(jù)庫(kù),搜集植物STS和EST序列。
http://jiio6.jic.bbsrc.ac.uk/
★HOX Pro同源異型盒(homeobox)基因數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://spirov.iephb.nw.ru/hox_pro/hox-pro00.html
★OPD,寡核苷酸探針數(shù)據(jù)庫(kù)(Oligonucleotide Probe Database)。
http://www.cme.msu.edu/OPD/
★dbSTS,序列標(biāo)記位點(diǎn)(Sequence Tagged Sites)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/
ftp://ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbSTS)
★dbEST.這是GenBank的重要組成部分,它包含若干物種的已表達(dá)的序列標(biāo)記信息.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/
ftp://ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbEST)
★AmmtDB,后生動(dòng)物線粒體DNA多序列聯(lián)配數(shù)據(jù)庫(kù),搜集了脊椎動(dòng)物線粒體中編碼蛋白質(zhì)和tRNA的多DNA序列對(duì)比數(shù)據(jù),以及哺乳動(dòng)物mtDNA主調(diào)控區(qū)序列聯(lián)配數(shù)據(jù).
http://bio-www.ba.cnr.it:8000/BioWWW/#AMMTDB
★HOVERGEN,脊椎動(dòng)物同源基因數(shù)據(jù)庫(kù)(HOmologous VERtebrate GENes)。
http://acnuc.univ-lyon1.fr/
ftp://ftp.infobiogen.fr(/pub/db/acnuc/hovergen)
★ DNA結(jié)構(gòu)參數(shù)庫(kù).
ftp://transfac.gbf.de(/pub/structure_library)
★ NUCLEOSOME數(shù)據(jù)庫(kù),收集實(shí)驗(yàn)測(cè)定的核小體數(shù)據(jù),用于預(yù)測(cè)DNA中與組蛋白八聚體結(jié)合的位點(diǎn).
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/nucleosomal_dna/
★ SELEX_DB,隨機(jī)化序列庫(kù).
http://www.mgs.bionet.nsu.ru/mgs/systems/selex/
★ ASDB,交替剪接基因的數(shù)據(jù)庫(kù).
http://hattrick.lbl.gov:8888/
★Intronerator,秀麗線蟲內(nèi)含子和交替剪接數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.cse.ucse.edu/~kent/intronerator/
★IDB和IEDB前者是內(nèi)含子序列數(shù)據(jù)庫(kù)，后者是內(nèi)含子演化數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://numeg.bio.indiana.edu/intron/index.html
★EID,外顯子、內(nèi)含子數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://mcb.havard.edu/gilbert/EID/
★ExInt,外顯子、內(nèi)含子數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://intron.bic.nus.edu.sg/rint/exint.html
★NDB,核酸晶體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)。
ftp://ndbserver.rutgers.edu/
http://dnbserver.rutgers.edu/NDB/ndb.html
★VectorDB,載體數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://vectordb.atcg.com/
★Vector和Vector-ig,包分子生物學(xué)常用的許多載體的注釋和序列信息。
ftp://ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vetcor-ig)
ftp://ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vector)


RNA序列和核糖體數(shù)據(jù)庫(kù):

★1993年成立的RNA學(xué)會(huì)，在出版RNA刊物同時(shí)，還維護(hù)著兩個(gè)信息網(wǎng)頁(yè)：
http://www.pitt.edu/~rna1/
http://www.cup.org/Journals/JNLSCAT/rRNA/rna.html
★snoRNA,小核仁RNA數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.bio.umass.edu/biochem ... noRNA-DataBase.html
★Small RNA數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://mbcr.bcm.tmc.edu/smallRNA/smallrna.html
★RNAse P數(shù)據(jù)庫(kù)，包含RNA水解酶P的RNA亞基序列、聯(lián)配、二級(jí)結(jié)構(gòu)和三維模型
。http://jwbrown.mbio.ncsu.edu/RNAseP/home.html
★tmRNA網(wǎng)點(diǎn)。包含 tmRNA序列、公認(rèn)蛋白質(zhì)水解標(biāo)記、序列聯(lián)配、確定新tmRNA的導(dǎo)引，以及簡(jiǎn)要綜述等。
http://www.indiana.edu/~tmrna/
★tmRDB.已經(jīng)聯(lián)配好的、加有注釋的、按親緣關(guān)系排列的tmRNA序列數(shù)據(jù)。
http://psyche.uthct.edu/dbs/tmRDB/tmRDB.html
★gRNA,導(dǎo)引RNA數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.biochem.mpg.de/~goeringe/
★SRPDB,信號(hào)識(shí)別粒子數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://psyche.uthct.edu/dbs/SRPDB/SRPDB.html
★TransTerm,信使RNA的組分和翻譯控制信號(hào)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://biochem.otago.ac.nz/Transterm/
l 類病毒和類病毒樣RNA數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.callisto.si.usherb.ca/~jpperra/
★UTRdb和UTRsite。UTRdb是真核生物mRNA的5’端和3’端非翻譯區(qū)序列的非冗余數(shù)據(jù)庫(kù)，UTRsite搜集這些非翻譯區(qū)序列中的功能片段。
http://bigarea.area.ba.cnr.it:8000/EmbIT/UTRHome/
★ncRNA,似mRNA的非編碼RNA數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.man.poznan.pl/5Sdata/ncRNA/index.html
★RNAmods,RNA修飾數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www-medlib.med.utah.edu/RNAmods/RNAmods.html
ftp://medlib.med.utah.edu(/library/RNAmods)
★AARSDB,酰氨基tRNA合成酶數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://rose.man.poznan.pl/aars/index.html
★tRNA序列和基因、結(jié)構(gòu)與功能數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/
★PLMItRNA基于FastA的綠色植物線粒體tRNA分子和tRNA基因的數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://bio-www.ba.cnr.it:8000/srs6/
http://www.ebi.ac.uk/services/
★16SMDB、16S-likeMDB 、16SMDBexp 、23SMDB、 23S-likeMDBexp數(shù)據(jù)庫(kù)，是一批16S和23S核糖體RNA突變數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.fandm.edu/departments/biology/databasee/rna.html
ftp://acad.fandm.edu(/nar/)
★RNA www,RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)網(wǎng)頁(yè)，也有16S RNA和23S RNA的數(shù)據(jù)。
http://pundit.colorado.edu:8080/RNA/
★uRNADB,已經(jīng)聯(lián)配好的、加有注釋的、按親緣關(guān)系排列的uRNA序列數(shù)據(jù)。
http://psyche.uthct.edu/dbs/uRNADB/uRNADB.html
★U-insertion/deletion,編輯序列數(shù)據(jù)庫(kù)，包含5個(gè)無脊椎動(dòng)質(zhì)體目物種的線粒體基因和編輯后的mRNA序列。
http://www.lifesci.ucla.edu/RNA/trypanosome/database.html
★PseudoBase,假扭結(jié)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.bio.leidenuniv.nl/~Batenburg/PKB.html
★RDP,核糖體數(shù)據(jù)庫(kù)計(jì)劃。包含小亞基和大亞基的兩部分rRNA,由已聯(lián)配的RNA序列以及親緣樹組成。
http://www.cme.smu.edu/RDP/
http://rdpwww.life.uiuc.edu/
http://rdp.life.uiuc.edu(/pub/)
★SSU rRNA歐洲核糖體小亞基RNA結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://rrna.uia.ac.be/ssu/
★L(fēng)SU rRNA歐洲核糖體大亞基RNA結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://rrna.uia.ac.be/lsu/
★5S rRNA數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://rose.man.poznan.pl/5Sdata/index.html
★DRC,核糖體交鏈數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/~ag_ribo/ag_brimacombe/drc/
★ACTIVITY,DNA和RNA中功能位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.mgs.bionet.nsu.ru/systems/Activity/
★RNA非正則配對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://prion.bchs.uh.edu/bp_type/


基因圖譜數(shù)據(jù)庫(kù):

★Rhdb,輻射雜交數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.ebi.ac.uk/RHdb
http://corbra.ebi.ac.uk/Rhdb/species/HUMAN/gm99.html
ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb)

★Mouse RH數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www-genome.wi.mit.edu/mouse_rh/

★GDB,人類基因組數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.gdb.org/
ftp://ftp.gdb.org

★GeneMap’99,人類基因圖譜1999年版。
http://www.ncbi.nih.gov/genemap/

★HuGeMap,人類基因遺傳圖譜和物理圖譜的分布式集成數(shù)據(jù)庫(kù)。
ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb/gm99.map)
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12樓2005-06-07 22:06:06
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BlueGuy

榮譽(yù)版主 (正式寫手)

懶懶的小蟲蟲

求助蛋白三維建模

如果蛋白在pdb中比對(duì)沒有相似的三維結(jié)構(gòu)，如何建模？？
13樓2005-06-07 22:08:25
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miRNA

至尊木蟲 (職業(yè)作家)

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0.5

人類基因組測(cè)序中心:

★HUGO是人類基因組組織的縮寫。
http://hugo.gdb.org/
★HUGO Pacific GENOME Newsletter 是HUGO在太平洋部分，其中反映中國(guó)情況的短文在：
http://hugo-pacific.genome.ac.jp/3_2contents/china.html
★美國(guó)能源部支持的人類基因組計(jì)劃
http://www.er.doe.gov/production/ober/hug_top.html
★美國(guó)國(guó)家衛(wèi)生署對(duì)人類基因組計(jì)劃的支持，通過NHGRI即國(guó)家人類基因組研究所（National Human Genome Research Institute）體現(xiàn)。
http://www.nhgri.nih.gov/
★英國(guó)Wellcome Trust是人類基因組計(jì)劃的另一個(gè)主要資助者。
http://www.wellcome.ac.uk/
★百慕大原則：測(cè)序的中間和最終結(jié)果都必須迅速的公開。
http://www.gene.ucl.ac.uk/hugo/bermuda.html
★世界上主要人類基因組測(cè)序中心的名單。
http://www-hgc.lbl.gov/inf/Hgcenters.html
http://www.ornl.gov/hgmis/centers.html
★NCBI的GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)從1999年10月起，建立了智人基因組子目錄，其下按染色體編號(hào)設(shè)子目錄。
http://ncbi.nlm.nih.gov/genbank/genomes/H_sapiens/
★英國(guó)的Sanger中心的人類基因組計(jì)劃網(wǎng)頁(yè)，不僅有它們負(fù)責(zé)測(cè)序的染色體數(shù)據(jù)，還有到其他染色體數(shù)據(jù)的鏈接。 http://www.sanger.ac.uk/HGP/
★日本的DDBJ和信息生物學(xué)中心（CIB）聯(lián)合建立了一個(gè)Human Genomics Studio，可以按染色體編號(hào)檢索和查找基因序列。
http://studio.nig.ac.jp/
★ Sanger 中心是世界上最大的DAN測(cè)序中心之一。承擔(dān)人類基因組計(jì)劃的三分之一，集中在1、6、9、10、13、20、22和X。
http://www.sanger.ac.uk/HGP/stats.html
★ LBNL，Lawrence Berkeley 國(guó)家實(shí)驗(yàn)室。
http://www-hgc.lbl.gov/GenomeHome.html
★L(fēng)LNL，Lawrence Livermore 國(guó)家實(shí)驗(yàn)室。
http://www-bio.llnl.gov/bbrp/genome/genome.html
★L(fēng)ANL，美國(guó)洛斯阿拉莫斯國(guó)家實(shí)驗(yàn)室。
http://www-ls.lanl.gov/index.html
★JGI，由美國(guó)能源部支持的，依托LBNL、LLNL和LANL三個(gè)國(guó)家實(shí)驗(yàn)室的人類基因組研究部門建的聯(lián)合基因組研究所（Joint Genome Institute）。
http://jgi.doe.gov/
★UWGC，華盛頓大學(xué)基因中心，是國(guó)際上最活躍的測(cè)序中心之一。
http://www.genome.washington.edu/
ftp://ftp.genome.washington.edu/
★SHGC，斯坦福大學(xué)人類基因中心，主要做高分辨率輻射雜交圖譜，以及人類第四號(hào)染色體BAC克隆的測(cè)序。
http://www-shgc.stanford.edu/


★DOGS，基因組尺寸數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.cbs.dtu.dk

★GenBank的/genomes/子目錄：
ftp://ftp.cbi.pku.edu.cn(/pub/databases/genband/genomes/)

★ EuGenes,真核生物基因綜合知識(shí)庫(kù)，目前包括果蠅、人、小鼠、擬南芥、線蟲、酵母、和斑馬魚的數(shù)據(jù)。
http://iubio.bio.indiana.edu/eugenes




原核生物基因組:

★細(xì)菌基因組計(jì)劃的進(jìn)展情況，可從以下網(wǎng)站查詢：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PMGifs/Genomes/bact.html
★MOT ，歐洲生物信息研究所EBI的基因組測(cè)序進(jìn)展表。
http://www.ebi.ac.uk/~sterk/genome-MOT/
★GIB，日本DDBJ設(shè)立的Genome Information Broker for microbial genomes 的縮寫。
http://mol.genes.nig.ac.jp/gib/
★MAGPIE測(cè)序計(jì)劃清單也可以參考。
http://www-fp.mcs.anl.gov/~gaasterland/genomes.html
★EMGLib,增補(bǔ)微生物基因組庫(kù)。
http://pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.html
★大腸桿菌K12菌株的完全基因組序列，可由GenBank的子目錄/genomes/獲取，或從華盛頓大學(xué)大腸桿菌基因組中心，即Blattner實(shí)驗(yàn)室的網(wǎng)頁(yè)讀取：
http://www.genetics.wisc.edu/pub/sequence/
★ECDC,大腸桿菌菌株K12的基因序列庫(kù)，包括基因、讀框、調(diào)控區(qū)、啟動(dòng)子、終止子、tRNA和rRNA等。
http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/ecdc.html
ftp://ftp.ebi.ac.uk)/pub/databases/ecdc)
★EcoGene和EcoWeb,大腸桿菌K12菌株基因組數(shù)據(jù)庫(kù)，包括基因、蛋白質(zhì)、基因間蛋白質(zhì)組信息。
http://bmb.med.miami.edu/EcoGene/EcoWeb/
★RegulonDB,大腸桿菌轉(zhuǎn)錄調(diào)控和操作子數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.cifn.unam.mx/Computational_Biology/regulondb/
★NRSub,非冗余枯草芽孢桿菌DNA數(shù)據(jù)庫(kù)，包括完全基因組、MM子使用表、基因圖譜和基因家族。
http://acnuc.univ-lyon1.fr/nrsub/nrsub.html
ftp://ftplnig.ac.jp(/pub/db/nrsub)
★HIDB,流感嗜血菌完全基因組的原始數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.tigr.org:80/tdb/mdb/hidb/hidb.html
ftp://ftp.tigr.org/pub/data/h_influenzae
★HIDC,流感署血菌基因序列庫(kù)。
http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/hidc.html
★CyanoBase,藍(lán)細(xì)菌數(shù)據(jù)庫(kù)，實(shí)際上是集胞藍(lán)細(xì)菌的基因組數(shù)據(jù)庫(kù)。藍(lán)細(xì)菌具有氧化和光合作用所需的全套基因。
http://www.kazusa.or.jp/cyano/cyano.html
★MJDB,詹氏甲烷球菌基因組數(shù)據(jù)庫(kù)。
ftp://ftp.tigr.org(/pub/data/m_jannaschii)
http://www.tigr.org/tdb/mdb/mjdb/mjdb.html
★MycDB,分枝桿菌數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.biochem.kth.se/MycDB.html
★RsGDB,類球紅細(xì)菌基因組數(shù)據(jù)庫(kù)。第一作者聯(lián)系：
mailt/madhu@utmmg.med.uth.tmc.edu
★PGI,疫霉屬基因預(yù)研究計(jì)劃的數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.ncgr.org/pgi/



真菌基因組:

★SGS,釀酒酵母基因組數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://genome-www.standford.edu/Saccharomyces/
ftp://genome-ftp.stanford.edu(/pub/yeast)

★L(fēng)ISTA,LISTA-HOP和LISTA-HON是釀酒酵母基因組中蛋白質(zhì)編碼序列及其同源性的數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.ch.embnet.org/
ftp://bioftp.unibas.ch

★MYGD,酵母基因組、蛋白質(zhì)和同源關(guān)系的數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/yeast/

★YIDB,酵母內(nèi)含子數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.EMBL-Heidelberg.DE/ExternalInfo/seraphin/yidb.html

★MNCDB,由德國(guó)MIPS所維護(hù)的粗糙鏈孢霉基因組數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.mips.biochem.mpg.de/desc/neurospora/

★真菌基因組資源的網(wǎng)址：
http://fungus.genetics.uga.edu:5080/main.html

★FGSC,真菌遺傳學(xué)信息中心。
http://www.fgsc.net/


原生生物和線蟲基因組:

★歐洲生物信息研究所EBI的原生生物網(wǎng)頁(yè)：
http://www.ebi.ac.uk/Projects/Protozoa/

★ AceDB,線蟲綜合數(shù)據(jù)庫(kù)。
ftp://sanger.ac.uk(/pub/acedb)
ftp://ncbi.nlm.nih.gov(repository/acedb)
ftp://lirmm.lirmm.fr(/pub/acedb)

★關(guān)于線蟲發(fā)育特別是化學(xué)感覺神經(jīng)的研究。
http://devbio-mac1.ucsf.edu/



昆蟲基因組:

★斯坦福大學(xué)的果蠅基因組中心。
http://www.fruitfly.org/

★FlyBase,果蠅胚胎發(fā)育過程中基因相互作用的WWW數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www-biol.univ-mrs.fr/~lgpd/GIFTS_home_page.html

★哈佛大學(xué)的果蠅網(wǎng)頁(yè)。
http://morgan.harvard.edu/

★MsqDB,蚊子基因數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://klab.agsci.colostate.edu/acedb/MsqDB-acedb.html
ftp://klab.agsci.colostate.edu


魚類數(shù)據(jù)庫(kù):

★ 美國(guó)國(guó)家衛(wèi)生署1997年建立的斑馬魚網(wǎng)頁(yè)。
http://www.nih.gov/science/models/zebrafish/

★ ZFIN,斑馬魚基因組、發(fā)育突變和野生種系數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://zfish.uoregon.edu/ZFIN/

★ Fugu是河豚的數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://fugu.hgmp.mrc.ac.uk/

★RainMap彩虹鱒魚基因圖譜數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://locus.jouy.inra.fr/

★ 另一個(gè)鱒魚科基因數(shù)據(jù)庫(kù)在美國(guó)華盛頓州立大學(xué)：
http://www.wsu.edu:8000/~thorglab/DATA.html


嚙齒動(dòng)物基因組(主要是有關(guān)家鼠的數(shù)據(jù)庫(kù)):

★ M.Musculus基因組庫(kù)。
ftp://ncbi.nlm.mih.gov(/genbank/genomes/M_muslulus)

★ MGD,家鼠基因組庫(kù)，現(xiàn)在又稱MGI即家鼠基因組信息庫(kù)。
http://www.informatics.jax.org/mgd.html
ftp://ftp.informatics.jax.org/


★ Cre轉(zhuǎn)基因家鼠系的數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.chinainfo.gov.cn/periodical/yc/yc9903/990314html

★ RatMap,大鼠基因圖譜數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://ratmap.gen.gu.se/
〖愚愚學(xué)園〗http://www.scifans.net免費(fèi)代理|免費(fèi)期刊|ezproxy|文獻(xiàn)檢索|學(xué)術(shù)資源|免費(fèi)資源
14樓2005-06-07 22:08:35
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miRNA

至尊木蟲 (職業(yè)作家)

水王之王（愚愚學(xué)園管理員）
細(xì)胞器數(shù)據(jù)庫(kù):

主要是線粒體和葉綠體基因的數(shù)據(jù)。

★ MitoNuc
http://megasun.bch.umontreal.ca/gobase/' target="_blank" >http://megasun.bch.umontreal.ca/gobase/

★ MitBASE,線粒體DNA數(shù)據(jù)庫(kù)，集成所有已知線粒體基因信息。
http://www3.ebi.ac.uk/Research/Mitbase/mitbase.pl/

★ 人類線粒體數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://bio-www.ba.cnr.it8000/Tutorials/MitBASE/

★ MitBASE Pilot,酵母線粒體中核基因數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www3.ebi.ac.uk/Research/Mitbase/mitbase.pl/

★ 植物和藻類線粒體數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www3.biologie.uni-ulm.de/ ... e/plant_mt_gene.gif
http://tomic.ebi.ac.uk:8889/mitb ... .pla_show_qry_opts/

★ 原生生物線粒體數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://bio-www.ba.cnr.it:8000/Tu ... /protist_table.html

★ 脊椎動(dòng)物線粒體數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://bio-www.ba.cnr.it:8000/Tutorials/MitBASE/vertebrate.html



擬南芥基因組:

★ MATDB,國(guó)際擬南芥基因組計(jì)劃的數(shù)據(jù)匯總。
http://www.mips.biochem.mrg.de/desc/thal/

★ AtDB,擬南芥基因組數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://genome-www.stanford.edu/Arabidopsis/
ftp://genome-ftp.stanford.edu(/pub/arabidopsis)

★ DatA,擬南芥基因組注釋庫(kù)。
http://luggagefast.Stanford.edu/group/arabprotein/

★ TAIR,擬南芥信息資源。
http://www.arabidopsis.org/

★ AGR,擬南芥基因組資源。
http://synteny.nott.ac.uk/agr/agr.html

★ TIGR-AT，TIGR研究所的似南芥EST和基因序列數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.tigr.org/tdb/at/at.html



病毒數(shù)據(jù)庫(kù):

★ICTVdB,病毒數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://life.anu.edu.au/viruses/ICTVdB/ictvdb.html

★VIDEdB,病毒鑒定交換數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://biology.anu.edu.au/research-groups/MES/vide/

★RDV,水稻矮縮病毒基因組數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.cbi.pku.edu.cn/rdv/




蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù):

★SWISS-PROT是對(duì)數(shù)據(jù)人工審讀很嚴(yán)格的庫(kù)。
http://www.expasy.ch/sprot/
★TrEMBL是從EMBL庫(kù)中的核酸序列翻譯出來的氨基酸序列，已經(jīng)完成了自動(dòng)注釋。
http://www.ebi.ac.uk:5000
★PIR是蛋白質(zhì)信息資源的縮寫。
http://www-nbrf.georgetown.edu/pir/
http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/protseqdb/
★GenBank是由GenBank中的DNA序列翻譯得到的蛋白質(zhì)序列，與TrEMBL相似、但沒有像后者那樣經(jīng)專家審讀。
http://www.infobiogen.fr/srs/
★PROSITE,由專家根據(jù)生物知識(shí)審編的SWISS-PROT蛋白質(zhì)序列中有生物意義的位點(diǎn)、模式和輪廓的數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.expasy.ch/prosite/
★PrositeScan服務(wù)器，根據(jù)用戶填表提交的蛋白質(zhì)序列搜索PROSITE模式。
http://www.isrec.isb-sib.ch/software/PSTSCAN_form.html
★PSD,蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)，是PIR的主體。
http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/texpsd.html
★PATCHX,PIR的子庫(kù)之一，收入尚未納入PIR庫(kù)的蛋白質(zhì)序列。
http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/patchx.html
★ARCHIVE,PIR的子庫(kù)之一，保存PIR庫(kù)中條目的原始文獻(xiàn)或最初提交的序列。
http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/achive.html
★ProClass,蛋白質(zhì)類數(shù)據(jù)庫(kù)，是根據(jù)PROSITE庫(kù)和PIR庫(kù)中超家族的關(guān)系組織起來的非冗余蛋白質(zhì)庫(kù)。
http://pir.georgetown.edu/gsfserver/prolclass.html  
http://diana.uthct.edu/proclass.html
★PIR-ASDB,PIR的注釋和相似性數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www-nbrf.georgetown.edu/por/
★KIND,瑞典斯德哥爾摩生物信息中心維護(hù)的非冗余蛋白質(zhì)序列庫(kù)。
ftp://ftp.mbb.ki.se(/pub/KIND)
★ENZYME,基于命名系統(tǒng)的酶數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.expasy.ch/enzyme/
★BRENDA,這是一個(gè)內(nèi)容廣泛的酶的信息庫(kù)。
http://www.brenda.uni-koeln.de/
★OWL,蛋白質(zhì)序列庫(kù)，是由SWISS-PROT，PIR，GenBank翻譯序列和PDB等數(shù)據(jù)庫(kù)產(chǎn)生的非冗余的蛋白質(zhì)序列庫(kù)。
http://bmbsgi11.leeds.ac.uk/bmb5dp/owl.html
★GeneCards,由以色列魏茨曼科學(xué)研究所維護(hù)的關(guān)于基因及其產(chǎn)物，以及它們的生物醫(yī)學(xué)應(yīng)用的文獻(xiàn)庫(kù)。
http://bioinfo.weizmann.ac.il/cards
★SWISS-2DPAGE,由二維聚丙烯酰胺凝膠電泳所確定的蛋白質(zhì)的參考圖譜數(shù)據(jù)庫(kù)，包括文本和圖象信息，通向其他2D-PAGE數(shù)據(jù)庫(kù)的鏈接等。
http://www.expasy.ch/ch2d/
★HDB,組蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)，包括聯(lián)配好的組蛋白序列以及已確認(rèn)包含有組蛋白折疊模體的非蛋白序列，以及所有已知組蛋白和組蛋白質(zhì)折疊的結(jié)構(gòu)，同時(shí)指出不同數(shù)據(jù)庫(kù)中類似序列的差異。
http://genome.nhgri.nih.gov/histones/
★HOBACGEN數(shù)據(jù)庫(kù)，包含按家族組織的所有細(xì)菌的蛋白質(zhì)序列，有助于從各種細(xì)菌選取同源家族，作多序列聯(lián)配和構(gòu)建親緣樹。
http://pbil.univ-lyon1.fr/databases/hobacgen.html
★MITOP,線粒體蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫(kù)，包括線粒體有關(guān)的基因、蛋白質(zhì)和疾病信息。
http://www3.ebi.ac.uk/Research/Mitbase/mitbase.pl/
★MITOMAP,人類線粒體基因組數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.gen.emory.edu/mitomap.html
★REBASE,限制性內(nèi)切酶和甲基化酶數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.neb.com/rebase
★ProtoMap,蛋白質(zhì)分類數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.protomap.cs.huji.ac.il/
★ISSD蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.protein.bio.msu.su/issd/
★PRF,日本蛋白質(zhì)研究基金會(huì)維護(hù)著三個(gè)蛋白質(zhì)和多肽數(shù)據(jù)庫(kù)：PRF/LITDB文獻(xiàn)庫(kù)、PRF/SEQDB序列庫(kù)及PRF/SYNDB合成產(chǎn)物庫(kù)。
http://prfsun2.prf.or.jp/

★MEROPS,肽酶數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.bi.bbsrc.ac.uk/Merops/Merops.html  
★PKR,蛋白激酶信息庫(kù)。
http://www.sdsc.edu/Kinases/pkr/pkk_catalytic/pk_cat_list.html  
★Wnt基因網(wǎng)頁(yè)。
http://vonbaer.ana.ed.ac.uk/rnusse/wntwindow.html  
★PhosphoBase,磷酸化位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.cbs.dtu.dk/databases/PhosphoBase/
★SYSTERS,蛋白質(zhì)集團(tuán)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.dkfz-heidelberg.de/tbi/services/cluster/
★DIP蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫(kù)
http://URLdip.doe-mbi.ucla.edu/
★DexH/D數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.columbia.edu/~ej67/dbhome.htm
★ Homeodomain,同源異形結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://genome.nhgri.gov/homeodomain/
★InBase,新英格蘭生物實(shí)驗(yàn)公司的蛋白質(zhì)剪接數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.neb.com/neb/inteins.html
★L(fēng)GICdb,配體門控離子通道數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.pasteur.fr/recherche/banques/LGIC/LGIC.html
★SENTRA,信號(hào)傳遞蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://wit.mcs.anl.gov/WIT2/Sentra/
★ICN,離子通道網(wǎng)絡(luò)，是由美國(guó)神經(jīng)科學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中心等單位聯(lián)合建立的一個(gè)內(nèi)容豐富的網(wǎng)頁(yè)。
http://pain.med.umn.edu/csn/
★Aaindex,氨基酸索引數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.genome.ad.jp/aaindex/




蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和分類數(shù)據(jù)庫(kù):

★ PDB,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.rcsb.org/pdb/
★ RCSB,結(jié)構(gòu)生物信息學(xué)信息學(xué)合作研究組織。
http://www.rcsb.org/
★PDBNEW,下一版PDB庫(kù)正式發(fā)布前收到的全新或更新條目。
http://www.pdb.bnl.gov/
★ PDBFinder,在PDB、DSSP、HSSP、基礎(chǔ)上建立的二級(jí)庫(kù)，包含PDB序列、作者、R因子、分辨率、二級(jí)結(jié)構(gòu)等。
http://www.sander.embl-heidelberg.de/pdbfinder/
ftp://swift/embl-heidelberg.de(/pdbfinder)  
★ PDB at a Glance清單。
http://cmm.info.nih.gov/modeling/pdb_at_a_glance.html
★ PDBselect數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://swift.embl-heidelberg.de/pdbsel/
★ PDBsum是PDB庫(kù)中數(shù)據(jù)的更便于閱讀的總結(jié)和分析，以及一些衍生數(shù)據(jù)。
http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/index.html
★ BioMagResBank簡(jiǎn)稱BMRB，是關(guān)于多肽、蛋白質(zhì)和核酸的核磁共振數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.bmrb.wisc.edu/
★ CSD,劍橋結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.ccdc.cam.ac.uk/prods/csd.html
★ NRL-3D,三維結(jié)構(gòu)已經(jīng)確定的蛋白質(zhì)序列庫(kù)。
http://www.gdb.org/Dan/proteins/nr13d.html
★ FAMBASE,,是每個(gè)蛋白質(zhì)家族的代表序列的集合，它有助于加速同源性搜索。
http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/fambase.html
★ ProtFam,蛋白質(zhì)超家族的序列聯(lián)配數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/protfam/protfam/
★ SCOP,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.ipc.pku.edu.cn/scop/
★ CATH,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能關(guān)系分類數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/
★ PIR-ALN,蛋白質(zhì)序列聯(lián)配數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www-nbrf.georgetown.edu/pir/alndb.html
★ 3Dee,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域定義的數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://circinus.ebi.ac.uk:8080/3Dee/
★ ProTherm,蛋白質(zhì)及其變異體熱力學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.rtc.riken.go.jp/protherm.html
★ ASTRAL是基于SCOP數(shù)據(jù)庫(kù)的一組分析蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和蛋白質(zhì)序列的數(shù)據(jù)庫(kù)和工具。
http://astral.stanford.edu/
★ RESID,蛋白質(zhì)翻譯后修飾情況的數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://pir.georgetown.edu/pirwww/search/textresid.html
★ SMART是簡(jiǎn)單模塊構(gòu)架搜索工具的縮寫。
http://SMART.embl-heidelberg.de/
★ PROMISE數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://bmbsgi11.leeds.ac.uk/bmbknd/promise/MAIN.html
★ MMDB蛋白質(zhì)分子模型數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/
★ VAST矢量聯(lián)配搜索工具。
http://swift.embl-heidelberg.de/dssp/
★ DSSP,PDB庫(kù)中所有蛋白質(zhì)條目的二級(jí)結(jié)構(gòu)歸屬數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://swift.embl-heidelberg.de/dssp/
★ HSSP,按同源性導(dǎo)出的蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/
★ Dali/FSSP,基于PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中現(xiàn)有蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)，用自動(dòng)結(jié)構(gòu)對(duì)比程序Dali逐一比較而形成的折疊單元和家族分類庫(kù)。
http://www.embl-ebi.ac.ul/dali/
http://croma.ebi.ac.uk/dali/fssp/
★ 3d_ali數(shù)據(jù)庫(kù)，搜集彼此相關(guān)的蛋白質(zhì)序列和結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)。
http://www.embl-heidelberg.de/argos/ali/ali.html
★ DEF蛋白質(zhì)折疊類的預(yù)測(cè)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://zeus.cs.uoi.gr/neural/biocomputing/def.html
★ INFOGENE,Sanger中心計(jì)算基因組學(xué)小組維護(hù)的、各基因組測(cè)序計(jì)劃所提供的序列中已知的蛋白質(zhì)和預(yù)測(cè)出的基因與蛋白質(zhì)的數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://genomic.sanger.ac.uk/inf/infodb.html
★ TMBase,跨膜蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)。
ftp://ulrec3.unil.ch(/pub/tmbase)
★ PRESAGE是關(guān)于結(jié)構(gòu)基因組學(xué)的一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，它為庫(kù)中每個(gè)蛋白質(zhì)搜集了反映當(dāng)前實(shí)驗(yàn)狀況、結(jié)構(gòu)、模型和研究建議的注釋。
http://presage.stanford.edu/
★ SBASE,帶有注釋的蛋白質(zhì)序列片、即蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域的數(shù)據(jù)庫(kù)，由ICGEB建立和維護(hù)。
http://www.icgeb.trieste.it/sbase/
★ InterPro,集成的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域和功能位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.ebi.ac.uk/interpro/  
★ HITS,瑞士新近建立的一個(gè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.isrec.isb-sib.ch/cgi-bin/hits/hits_index
★ BLOCKS,蛋白質(zhì)分類與同源性數(shù)據(jù)庫(kù)，包含蛋白質(zhì)家族中保守區(qū)域的組塊多序列聯(lián)配的數(shù)據(jù)。
http://www.blocks.fhcrc.org/
★ BLOCKS+數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.blocks.fhcrc.org/
★ PFAM高質(zhì)量的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域家族數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.sanger.ac.uk/Sorfware/Wise2/
★ PRINTS數(shù)據(jù)庫(kù)最近改名為PRINTS-S，這是一個(gè)蛋白質(zhì)家族的指紋和模體數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.bioinfo.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/
★ ProDom自動(dòng)產(chǎn)生的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域家族數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.toulouse.inra.fr/prodom.html
★ DOMO,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.infobiogen.fr/services/domo/
★ GRBase,這是參與基因調(diào)控的蛋白質(zhì)的數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.access.digex.net/~regulate/
★ PMD,蛋白質(zhì)突變體數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://pmd.ddbj.nig.ac.jp/
★ GLYCBASE,蛋白質(zhì)糖基化位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.cbs.dtu.dk/databases/OGLYCBASE/
★ ORDB嗅覺受體蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://ycmi.med.yale.edu/senselab/ordb/  
★ CarbBank亦稱CCSD，復(fù)雜碳水化合物結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)，通常與蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)歸在一起。
http://www.ccrc.uga.edu
★ SWISS-3DIMAGE,蛋白質(zhì)三維圖象和PDB瀏覽器。
http://www.expasy.ch/sw3d/
★ IMB,大分子三維圖象庫(kù)。
http://www.imb-jena.de/IMAGE.html  
★ BioImage,多維生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www-embl.bioimage.org/
★ MolMovDB,耶魯大學(xué)的生物信息學(xué)研究室維護(hù)的分子運(yùn)動(dòng)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://bioinfo.mbb.yale.edu/MolMovDB/
★ ModBase,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)模型比較數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://pipe.ruckefeller.edu/modbase/



比較基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù):

★COG直系同源聚類數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/

★GeneCensus,耶魯大學(xué)生物信息學(xué)研究室維護(hù)的各物種基因組的比較數(shù)據(jù)庫(kù)，著重于折疊單元的結(jié)構(gòu)對(duì)比。
http://ncbi.nlm.nih.gov/XREFdb/

★XREFdb,哺乳動(dòng)物和模式生物的基因和遺傳學(xué)交叉引用數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://ncbi.nlm.nih.gov/XREFdb/

★YPD,釀酒酵母蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.proteome.com/YPDhome.html

★WormPD,線蟲蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.proteome.com/YPDhome.html



基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù):

★Flyview,果蠅基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://flyview.uni-muenster.de/
★Flybrain,果蠅神經(jīng)系統(tǒng)圖譜和數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://flybrain.uni-freiburg.de/
★NEXTDB,線蟲基因表達(dá)模式數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://watsom.genes.nig.ac.jp:8080/db/
★MAGEST數(shù)據(jù)庫(kù)，其名字來自Maboya Gene Expression patters and Sequence Tags 短語(yǔ)的縮寫。
http://star.scl.kyoto-u.ac.jp/magest/
★BodyMap,人類和家鼠基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp/  
★Axeldb,非洲爪蟾基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.dkfz-heidelberg.de/abt0135/axeldb.html
★XMMR,非洲爪分子標(biāo)記資源。
http://vize222.zo.utexas.edu/
★TRIPLES,酵母基因功能數(shù)據(jù)庫(kù)，設(shè)在耶魯大學(xué)醫(yī)學(xué)院的基因組分析中心。
http://ygac.med.yale.edu/triples/
★MGEIR,集成的家鼠基因表達(dá)信息資源。
http://genex.hgu.mrc.ac.uk/
★GXD,家鼠基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.informatics.jax.org/searches/gxdindex_form.html
★EpoDB,脊椎動(dòng)物紅細(xì)胞生成基因表達(dá)分析數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://cbil.humgen.upenn.edu/epodb/
★KidneyDB,腎臟發(fā)育數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.ana.ed.ac.uk/anatomy/kidbase/kidhome.html
★ToothExp,牙齒基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://honeybee.helsinki.fi/toothexp/toothexp.html
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★ ★
BlueGuy(金幣+2):謝謝
基因突變、病理和免疫數(shù)據(jù)庫(kù):

★HGMD人類基因突變數(shù)據(jù)庫(kù)，可用于預(yù)測(cè)基因疾病。
http://uwcm.web.cf.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html
★Marfan人類FBN1基因突變數(shù)據(jù)庫(kù)及分析軟件。
http://uwcm.web.cf.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html
★Collagen人類膠原數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.le.ac.uk//genetics/collagen/
★人類PAX2等位基因變異數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.hgu.mrc.ac.uk/Softdata/PAX2/
★人類PAX6等位基因突變數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.hgu.mrc.ac.uk/Softdata/PAX6/
★Androgen雄激素受體突變數(shù)據(jù)庫(kù)，包含與男性性器官發(fā)育不良、前列腺癌等有關(guān)圖譜，密度、頻度以及基因型和表現(xiàn)型關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)。
http://www.mcgill.ca/androgendb/
★ALFRED為Allele FREquency Database 的縮寫。這是由耶魯大學(xué)K.K.Kidd實(shí)驗(yàn)室維護(hù)的一個(gè)針對(duì)人口多樣性和DNA多態(tài)性的等位基因數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://alfred.med.yale.edu/alfred/
★CD40LBASE,CD40L基因突變數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.expasy.ch/cd40lbase/
★KMDB由日本慶應(yīng)義塾大學(xué)醫(yī)學(xué)院建立的一組與人類疾病有關(guān)的基因突變數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/
★KMeyeDB人類疾病和眼病基因突變?nèi)祟愋呐K病基因突變數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/mutview3/kmeyedb/
★KMearDB人類耳病基因突變數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/
★KMbrainDB人類腦病基因突變數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/  
★KMcancerDB人類癌癥基因突變數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/
★OMIA是一大批動(dòng)物的孟德爾遺傳、疾病、基因型和表現(xiàn)型的數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://wwwlangis.su.oz.au/BIRX/omia/omia_form.html  
★Atlas法國(guó)建立的針對(duì)腫瘤學(xué)和血液學(xué)的遺傳與細(xì)胞遺傳交互數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.infobiogen.fr/services/chromcancer/
★HAMSTeRS凝血因子VIII結(jié)構(gòu)和突變位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://europium.mrc.rpms.ac.uk/  
★HaemB,B型血友病凝血因子IX點(diǎn)突變和短插入或刪除序列的數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.umsd.ac.uk/molgen/haemBdbatabase.html
★TTMD轉(zhuǎn)基因動(dòng)物和靶突變數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://tbase.jax.org/
★FIMM功能分子免疫學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://sdmc.krdl.org.sg:8080/fimm/
MTB家鼠腫瘤生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://tumor.informatics.jax.org/
★BCGD人類乳腺癌基因數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://condor.bcm.tmc.edu/ermb/bcgd/bcgd.html
★PAH是導(dǎo)致人類苯丙酮尿癥的苯丙氨酸羥化酶特異位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.mcgill.ca/pahdb/
★CFTR,囊性纖維變跨膜調(diào)控子突變數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://genet.sickkids.on.ca/cftr/
★NRR核受體資源計(jì)劃，包括糖類皮酯激素、礦質(zhì)腎上腺皮質(zhì)激素、甲狀腺激素、維生素D受體、類固醇受體等信息的數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://nrr.georgetown.edu/nrr/nrr.html  
★IMGT1989年建立的國(guó)際免疫遺傳學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://imgt.cines.fr:8104/
★HIG,Anthony Nolan 骨髓和白血病基金會(huì)的人類白細(xì)胞抗體HLA住處30年前由E.A.Kabat建立的具有免疫學(xué)意義的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.anthonynolan.com/HIG/
★PEDB前列腺表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.mbt.washington.edu/PEDB/
★HIV,艾滋病分子免疫學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://hiv-web.lanl.gov/immunology/immuno-main.html  
★斯坦福大學(xué)的HIV RT數(shù)據(jù)庫(kù)，包含幾乎全部已發(fā)表的HIV�。遥院偷鞍酌感蛄�，是研究抗HIV藥物靶分子演化和與藥物有關(guān)變化的原始資料。
http://hivdb.stanford.edu.hiv/



代謝途徑和細(xì)胞調(diào)控?cái)?shù)據(jù)庫(kù):

★ WIT是Ｗhat Is There的縮寫。是美國(guó)阿貢國(guó)家實(shí)驗(yàn)室的一個(gè)集成的重構(gòu)代謝途徑和模型的系統(tǒng)。
http://www.cme.msu.edu/WIT/
★ EMP是酶與代謝途徑的縮寫。
http://biobase.com/emphome.html/
★ MPW代謝途徑數(shù)據(jù)庫(kù)，是EMP庫(kù)的一個(gè)子集。
http://www.cme.msu.edu/MPW/
★ PUGA原是單細(xì)胞生物代謝途徑親緣聯(lián)配數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.msc.anl.gov/home/compbio/PUMA/
★ EcoCyc數(shù)據(jù)庫(kù)和MetaCyc數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://ecocyc.panbio.com/ecocyc/
★ PathDB,代謝途徑數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.ncgr.org/Software/pathdb/
★ KEGG,京都基因與基因組百科全書，它包含核酸分子、蛋白質(zhì)序列、基因表達(dá)、基因組圖譜、代謝途徑圖等。
http://www.genome.ac.jp/kegg/
★ 由Boehringer Mannheim公司提供的代謝途徑圖，懸掛在許多生化實(shí)驗(yàn)室的墻壁上。
http://www.expasy.ch/cgi-bin/search-biochem-index/
★ SMILES是一個(gè)輔助性數(shù)據(jù)庫(kù)，它搜集與代謝途徑有關(guān)的化合物名稱。
http://www.daylight.com/dayhtml/smiles/
★ LIGAND,酶反應(yīng)化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)，由日本京都大學(xué)化學(xué)研究所維護(hù)。
http://www.genome.ad.jp/htbin/show_man?ligand
★ CSNDB細(xì)胞中信號(hào)網(wǎng)絡(luò)的數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://geo.nihs.go.jp/csndb/
★ Biocatalysis/Biodegradation生物催化和生物降解數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://dragon.labmed.umn.edu/~lynda/index.html



★美國(guó)農(nóng)業(yè)部國(guó)家農(nóng)業(yè)圖書館基因組信息系統(tǒng)，它本身的服務(wù)器基于AceDB。
http://probe.nalusda.gov:8000/

★ARS農(nóng)業(yè)研究服務(wù)處新設(shè)立在康奈爾大學(xué)的USDA-ARS生物信息學(xué)和比較基因組學(xué)中心，ARS是Agricultural Research Service的縮寫。
http://ars-genome.cornell.edu/

★AgDB農(nóng)業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)和信息資源總清單。
http://www.agnic.org/agdb/

★設(shè)在英國(guó)愛丁堡的Roslin研究所的生物信息組，發(fā)展了名為“方舟”的系統(tǒng)來搜集和比較各種動(dòng)物基因圖譜。
http://www.ri.rrsrc.ac.uk/cgi-bi ... swer.sh?species=pig

★INRA法國(guó)國(guó)家農(nóng)業(yè)研究所。
http://locus.joun.inra.fr/  

★美國(guó)得克薩斯A&M大學(xué)是牛類基因圖譜數(shù)據(jù)庫(kù)的原始網(wǎng)址和綿羊、馬數(shù)據(jù)庫(kù)的鏡象點(diǎn)：
http://bos.cvm.tamu.edu

★美國(guó)衣阿華州立大學(xué)有豬和雞基因圖譜數(shù)據(jù)庫(kù)的鏡象點(diǎn)：
http://www.genome.iastats.edu



農(nóng)作物:

★UK CropNet英國(guó)農(nóng)作物植物生物信息網(wǎng)絡(luò)。
http://synteny.nott.ac.uk/
★INE水稻基因數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.staff.or.jp/giot/INE.html
★我國(guó)水稻基因組計(jì)劃針對(duì)水稻的秈稻亞種。
http://www.ncgr.ac.cn/
★美國(guó)TIGR研究所維護(hù)著幾個(gè)與水稻基因組有關(guān)的數(shù)據(jù)庫(kù)，包括基因組注釋庫(kù)、重復(fù)序列庫(kù)，以及基因索引。
http://www.tigr.org/tdb/rice/
★RiceGenes是美國(guó)康奈爾大學(xué)的水稻基因組數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://ars-genome.cornell.edu/ricd/
★GrainGenes是美國(guó)農(nóng)業(yè)部和國(guó)家農(nóng)業(yè)圖書館的植物基因組計(jì)劃支持的麥、燕麥和甘蔗遺傳數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://ars-genome.cornell.edu/
★關(guān)于世界范圍的水稻生產(chǎn)和市場(chǎng)等情況。
http://www.riceweb.org/  
★ WHEAT小麥基因圖譜數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://wheat.pw.usda.gov/
★KOMUGI日本小麥網(wǎng)。是由6所大學(xué)和研究所聯(lián)合維護(hù)。
http://www.shigen.nig.ac.jp/wheat/top.html
★MaizeDB玉米基因組數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.agron.misouri.edu/top.html
★ZmDB玉米基因組數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://zmdb.iasstate.edu/
★ILDIS國(guó)際豆科植物數(shù)據(jù)庫(kù)和信息服務(wù)。
http://www.ildis.org/LegumeWeb/
★豆類基因圖譜：
http://scaffold.biologie.uni-kl.de/Beanref/
★MGI,NCGR和Samuel Roberts Noble基金會(huì)聯(lián)合開展的豆科苜蓿屬植物Medicago truncatula的基因組研究，在2000年４月已經(jīng)提交15000多條EST。
http://www.ncgr.org/research/mgi/
★cottonDB美國(guó)南方平原農(nóng)業(yè)研究中心所維護(hù)的棉花數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://algodon.tamu.edu/
★TreeGenes樹木遺傳圖譜數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://probe.nalusda.gov:8000/plant/abouttreegenes.html
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geq

金蟲 (小有名氣)

1

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BlueGuy(金幣+5):謝謝，歡迎新蟲參與！獎(jiǎng)5個(gè)金幣！
基因組信息分析
1．基因組序列信息的提取和分析
dbEST  （http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/index.html）；
UniGene（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entr ... arch&DB=unigene）；
Transcription factor database
（http://transfac.gdb.de/TRANSFAC/) .

基因組信息分析
2．功能基因組相關(guān)信息分析
NCBI（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/）
Entrez（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez）
OMIM(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM)
蛋白質(zhì)組學(xué)相關(guān)信息分析
SWISS-2DPAGE （http://us.expasy.org/ch2d/）;
SIENA-2DPAGE（http://www.bio-mol.unisi.it/2d/2d.html）
Human 2D-PAGE Databases（http://proteomics.cancer.dk/）
PROSITE（http://us.expasy.org/prosite/）
PRINTS（http://bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/）
Pfam（http:// www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/）
Blocks(http:// www.blocks.fhcrc.org/)
SWISS-PROT蛋白質(zhì)序列庫(kù)(http://us.expasy.org/sprot/)
大分子結(jié)構(gòu)模擬和藥物設(shè)計(jì)生物信息分析
PDB (http://www.rcsb.org/pdb/);
SCOP (http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/)
CATH(http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/);
SWISS-3DIMAGE(http://us.expasy.org/sw3d/)
DSSP  (http://www.sander.ebi.ac.uk/dssp/)
PDBsum(http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/)
核酸序列的預(yù)測(cè)分析
1. 重復(fù)序列分析
CENSOR（ http://www.girinst.org/）;
RepeatMasker（http://ftp.genome.washington.edu/cgi-bin/RepeatMasker）;
CENSOR  Email（censor@sharon.lpi.org）;
XBLAST程序（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
核酸序列的預(yù)測(cè)分析
2. 數(shù)據(jù)庫(kù)搜索
NCBI的BLAST（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/）
蛋白序列SI-BLAST 和PHI-BLAST
免疫球蛋白:IgBLAST ;
長(zhǎng)序列分析owerBLAST
核酸序列的預(yù)測(cè)分析
　3. 編碼區(qū)統(tǒng)計(jì)特性分析:
GRAIL（http://compbio.ornl.gov/Grail-1.3/）
GenMARK（ www.genmarkag.com/） ;
NetGene（Email: netgene@cbs.dtu.dk）;
tRNAscan-SE（http://www.genetics.wustl.edu/eddy/tRNAscan-SE/）
GENSCAN（http://genes.mit.edu/GENSCAN.html）
蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能的預(yù)測(cè)分析
預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的物理性質(zhì)
ExPASy( http://www.expasy.ch/tools/) ;
PROPSEARCH（http://www.embl-heidelberg.de/prs.htm）;
SAPS（http://www.isrec.isb-sib.ch/software/SAPS_form.html）;

蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能的預(yù)測(cè)分析
蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) :
NnPredict（http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict.html） ;
PredictProtein（國(guó)內(nèi)鏡像： http://www.cbi.pku.edu.cn/predictprotein/） ;
Tmpred （http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html）
SignalP（http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/）

蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能的預(yù)測(cè)分析
蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) :
SWISS-MODEL（http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html）;
PSI-BLAST（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/）
17樓2005-06-07 22:11:36
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miRNA

至尊木蟲 (職業(yè)作家)

水王之王（愚愚學(xué)園管理員）
★
BlueGuy(金幣+1):謝謝！
家畜和家禽:

★ChickGBASE雞基因圖譜計(jì)劃，搜集全世界雞基因圖譜信息。
http://www.ri.bbsrc.ac.uk/chickmap/chickgbase/manager.html  

★Swimemap豬基因圖譜計(jì)劃，飲食店染色體圖譜和標(biāo)記。
http://sol.marc.usda.gov/genome/swine/swine.html

★PiGBASE,豬基因圖譜信息庫(kù)。
http://www.ri.bbsrc.ac.uk/pigmap/arkpig/

★SheepBase已發(fā)表的綿羊基因位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://dirk.invermay.cri.nz/

★Goatmap,山羊基因圖譜數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://locus.jouy.inra.fr/

★HorseMap馬基因圖譜數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://locus.jouy.inra.fr/

★Bovmap法國(guó)的�；驁D譜數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://locus.jouy.inra.fr/cgi-bin/bovmap/intro.pl

★BovBase英國(guó)的�；驁D譜數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.ri.bbsrc.ac.uk/bovmap/arkbov/

★BovGBASE美國(guó)農(nóng)業(yè)部的家畜基因組圖譜計(jì)劃中的�；驍�(shù)據(jù)庫(kù)。
http://probe.nalusda.gov:8000/animal/aboutbovgbase.html  

★Buffmap水�；驁D譜數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://locus.jouy.inra.fr/

★DogMap狗基因圖譜數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://ubeclu.unibe.ch/itz/dogmap.html  

★CatMap貓基因圖譜數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.ri.bbsrc.ac.uk/catmap/ark/



生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)
★MEDLINE是美國(guó)國(guó)家醫(yī)學(xué)圖書館的文獻(xiàn)摘要庫(kù)，反映美國(guó)及其他國(guó)家3800多種醫(yī)學(xué)和生物期刊的作者摘要和引用情況。
http://www.nlm.nih.gov/dtabases/medline.html

★最為方便的查詢MEDLINE的方式，是通過NCBI的PubMed服務(wù)：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/

★SeqAnalRef這是由A.Bairoch個(gè)人維護(hù)的有關(guān)序列分析的文獻(xiàn)目錄。
http://www.espasy.ch/seqanalref/

★SCI是設(shè)在美國(guó)費(fèi)城的科學(xué)信息研究所所提供的文獻(xiàn)引用情況的檢索服務(wù)。
http://webofscience.com/

★CancerWeb癌癥網(wǎng)頁(yè)：
http://www.graylab.ac.uk/cancerweb.html
★HUMAT人體解剖學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://ed.ac.uk/anatomy/database/humat/

★KeyNet按生物序列功能組織的基因和蛋白質(zhì)名稱關(guān)鍵字庫(kù)。
http://www.ba.cnr.it/keynet.html/

★BioABACUS生物學(xué)與生物技術(shù)以及計(jì)算機(jī)科學(xué)縮寫字表。
http://www.nmsu.edu/~molbio/bioABACUShome.html

其他數(shù)據(jù)庫(kù):

★ Taxonomy分類學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/tax.html

★ ETI世界生物多樣性數(shù)據(jù)庫(kù)設(shè)在荷蘭的分類鑒定專家中心。
http://www.eti.uva.nl/

★ 位于美國(guó)麻省的Woods Hole海洋生物研究室有一個(gè)海洋動(dòng)物數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.mbl.edu/

★ TAED適應(yīng)性演化數(shù)據(jù)庫(kù)。
http://www.sbc.su.se/~liberles/TAED.html

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miRNA

至尊木蟲 (職業(yè)作家)

水王之王（愚愚學(xué)園管理員）
★
BlueGuy(金幣+1):好！
使用手冊(cè)等:

★     EMBL
http://www.ebi.ac.uk/ebi_docs/embl_db/usrman/usrman.html  

★     GenBank
ftp://ncbi.nlm.nih.gov/genbank/gbrel.txt  

★     SRS
http://www.sanger.ac.uk/srs/srsman.html  

★Gene Cards (*)
http://bioinfo.weizmann.ac.il/cards/default.htm  
A very useful site providing comprehensive information and links. Direct links to GenBank, SWISS-PROT and MedLine. Includes synonyms, similar genes in other organisms, gene products and details about disorders.

★Gene Cards: Diseases with a Genetic Association (*)
http://bioinfo.weizmann.ac.il/cards-bin/listdiseasecards  http://bioinfo.weizmann.ac.il/cards/cards-bin/listdiseasecards  
View the complete (comprehensive!) list, or search for disease related genes by chromosome.

★L(fēng)ife Science Dictionary
http://biotech.chem.indiana.edu/pages/dictionary.html

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19樓2005-06-07 22:12:14
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至尊木蟲 (職業(yè)作家)

水王之王（愚愚學(xué)園管理員）
★
BlueGuy(金幣+1):好！
序列搜索和檢索

★Integrated Database Retrieval Systems

★Entrez
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/default.htm  

★Sequence Retrieval System (SRS)
http://www.seqnet.dl.ac.uk/srs/srsc   

★The Institute for Genomic Research (TIGR), Human Gene Index (HGI) Sequence Search
4-1-2-DDPDE/USA
http://www.tigr.org/tdb/hgi/searching/hgi_seq_search.html  
Search for nucleotides and peptides.

★TIGR HGI Reports
3-1-2-DDcW/USA
http://www.tigr.org/tdb/hgi/searching/hgi_info.html  
Retrieve sequences identified by EST ID, GenBank number etc.

★TIGR HGI Gene Expression Data
4-2-1-DDcW/USA
http://www.tigr.org/tdb/hgi/searching/hgi_xpress_search.html  
Search for tissue specific transcripts e.g. "lung". cDNA libraries can also be searched.


★TIGR HGI Name Search
5-1-2-DDW/USA
http://www.tigr.org/tdb/hgi/searching/hgi_name_search.html  
Search for a sequence by the name of a gene product e.g. insulin.

★Genome Database (GDB)
http://hgmp.mrc.ac.uk/gdb or http://gdbwww.gdb.org/default.htm  
Funding for this project has been withdrawn. This valuable database will remain online, but it should be noted that no new entries will be recorded after 31st July 1998.


序列列線
★Analysis and Annotation Tool for Finding Genes in Genomic Sequences
5-3-2-DcDPDFWE/USA
http://genome.cs.mtu.edu/aat.html  
Identifies genes in a DNA sequence by comparing it to cDNA and protein sequence databases (including those at HGI, TIGR, dbEST, Swiss-Prot and nr).

★Pairwise Sequence Alignment
3-4-2-DcUPUFWE/USA
http://genome.cs.mtu.edu/align/align.html  
Computes the global alignment between two sequences. Compare DNA with DNA, cDNA or protein. For DNA and cDNA, settings (gap open penalty, gap extension etc.) can be defined.

★Multiple Sequence Alignemnt with MAP
4-3-2-DcUPUFWE/USA
http://genome.cs.mtu.edu/map/map.html  
Calculates the global alignment of DNA or protein sequences using an algorithm which computes the best overlapping alignment without penalising terminal gaps. Long internal gaps in short sequences are not penalised.

★Network Protein Sequence Analysis
5-4-1-PUW/France
http://pbil.ibcp.fr/NPSA/npsa_clustalw.html  
ClustalW multiple sequence alignment.

★ALIGN
5-1-1-DUPUWE/France
http://www2.igh.cnrs.fr/bin/align-guess.cgi  or http://genome.eerie.fr/fasta/align-query.html  
Applies the BLOSUM50 matrix to deduce the optimal alignment between two sequences.

★Multiple Sequence Alignment with Hierarchial Clustering
5-5-3-PUW/France
http://www.toulouse.inra.fr/multalin.html  
Sequence alignment with a colour output where differing or similar amino acids in the alignment can be highlighted.

★Colour INteractive Editor for Multiple Alignments (CINEMA)
http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser/CINEMA2.1/default.htm  
A comprehensive and popular site. Allows the user to visualise and manipulate aligned protein sequences.
Makes use of Java. I recommend you access this site from a fast workstation!

★VSNS BioComputing Division Multiple Alignment Resource Page
http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/Curric/MulAli/default.htm  
An excellent, comprehensive resource for multiple sequence alignment, software and tutorials.  


新序列發(fā)送:

★EMBL
http://www.ebi.ac.uk/subs/emblsubs.html  

★BankIt (GenBank)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/default.htm

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20樓2005-06-07 22:13:09
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