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miRNA

至尊木蟲 (職業(yè)作家)

水王之王（愚愚學(xué)園管理員）

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生物信息學(xué)網(wǎng)上教育系統(tǒng)��！

★ ★
BlueGuy(金幣+2):不錯(cuò)的網(wǎng)絡(luò)資源！

《生物信息學(xué)》課程簡介

課程號(hào): 07120361

課程名稱：生物信息學(xué)——Bioinformatics

周學(xué)時(shí)： 3.0-2.0 學(xué)分：4.0

預(yù)修課程：

分子生物學(xué) 計(jì)算機(jī)程序設(shè)計(jì)及數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)

教學(xué)內(nèi)容簡介

生物信息學(xué)是用數(shù)理和信息科學(xué)的觀點(diǎn)、理論和方法去研究生命現(xiàn)象、組織和分析呈現(xiàn)指數(shù)增長的生物學(xué)數(shù)據(jù)的一門學(xué)科，其中序列分析與基因組分析是該學(xué)科一個(gè)重要的研究內(nèi)容。本課程主要介紹了序列收集與儲(chǔ)存、序列對(duì)的對(duì)位排列、相似序列的數(shù)據(jù)庫搜索、基因預(yù)測(cè)、蛋白質(zhì)序列分析等內(nèi)容。適宜于生物學(xué)和工科背景的學(xué)生學(xué)習(xí)。

推薦教材或參考書

《Bioinformatics：Sequence and Genome Analysis》，David W.Mount，Cold Spring Harbor Laboratory Press，2002年（原版）。

1. BioinfoResources
2. Sequence Comparsion
3. Scoring Systems
4. Database Search
5. Tree and Multiple Alignment
6. Protein Sequence Analysis
7. Gene Prediction

網(wǎng)站：http://www.cls.zju.edu.cn/sub/cl ... /content/ketang.htm

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31樓2005-06-08 09:44:12

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Marsking1228

木蟲 (著名寫手)

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Bioinformatics - Computational Genetics - Wiley.pdf

★ ★ ★ ★ ★ ★
BlueGuy(金幣+6):好書，感謝！

經(jīng)典Wiley教程——Bioinformatics - Computational Genetics - Wiley.pdf

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衣帶?u寬終要悔，何必消得人憔悴！

32樓2005-06-09 12:16:42

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33樓2005-06-09 12:18:57

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yang123

銀蟲 (小有名氣)

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★ ★
BlueGuy(金幣+2):希望多多參與本專題的討論！

生物信息學(xué)專題－生物版，醫(yī)學(xué)版和信息科學(xué)版共同創(chuàng)建?
好想法，有魄力！
生物信息學(xué)是當(dāng)前發(fā)展比較快的很有發(fā)展前途的邊緣學(xué)科，我也比較喜歡，希望在此交上很多好朋友！

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34樓2005-06-09 15:18:11

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vvyoung

鐵桿木蟲 (正式寫手)

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專業(yè): 乳腺腫瘤

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35樓2005-06-09 18:34:40

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生物信息相關(guān)書籍介紹 �。�！

★
BlueGuy(金幣+1):能給出下載就更好了！

《生物信息學(xué)概論》
"Introduction to bioinformatics"
　　　　　　　　(英) T K Attwood , D J Parry-Smith 著　羅靜初等譯
　　　　　　　　　　　　北京大學(xué)出版社 2002年4月第一版
　　本書從生物信息學(xué)的研究對(duì)象、意義出發(fā)，介紹生物信息學(xué)研究的基本方法和常用工具。主要介紹的是核酸和蛋白質(zhì)序列的計(jì)算機(jī)分析方法，探討利用現(xiàn)有的計(jì)算機(jī)程序，從現(xiàn)有的數(shù)據(jù)庫中能夠獲取什么、不能夠獲取什么。全書共分十章：1.概論，2.信息網(wǎng)絡(luò)，3.蛋白質(zhì)信息資源，4.基因組信息資源，5. DNA序列分析，6.雙序列比對(duì)，7.多序列比對(duì)，8.二次數(shù)據(jù)庫搜索，9.數(shù)據(jù)庫搜索實(shí)例，10.序列分析軟件包。每章末尾均提供了進(jìn)一步閱讀指南和有關(guān)的網(wǎng)址。這本書的一大特色在于豐富的例子和圖表，使讀者可以很直觀的了解和掌握書中的內(nèi)容。此外，書的末尾還附有與生物信息學(xué)相關(guān)的詞匯表�？偟恼f來，這本書實(shí)用性強(qiáng)，可以作為高等院校生物信息學(xué)教材，也可以作為生命科學(xué)和生物技術(shù)各領(lǐng)域分子生物學(xué)研究和開發(fā)工作者的生物信息學(xué)參考書。

《生物信息學(xué)手冊(cè)》　　　　　　郝柏林張淑譽(yù) 編著
　　　　　　　　　　　　　　上海科學(xué)技術(shù)出版社 2000年10月第一版
　　一本手冊(cè)式的生物信息學(xué)書籍。除了介紹了生物信息學(xué)，還包括了計(jì)算機(jī)及計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)（這一部分提供了一些網(wǎng)址）和分子生物學(xué)的知識(shí)。更為重要的是，該書的主要部分?quot;生物信息數(shù)據(jù)庫"和"服務(wù)、軟件和算法"部分，提供了大量的網(wǎng)址。幾乎是每一個(gè)條目下面都有不少網(wǎng)址。這本書將網(wǎng)絡(luò)上的生物信息學(xué)資源進(jìn)行了索引式的介紹，并作了必要的說明。書中列舉了近千條網(wǎng)址和引文，基本涵蓋了生物學(xué)研究的各個(gè)方面，堪稱生物信息的汪洋大海中的導(dǎo)航圖。對(duì)生物信息學(xué)的服務(wù)、軟件和算法，本書也作了較全面的描述。本書可供廣大生命科學(xué)工作者以及由物理學(xué)、數(shù)學(xué)和計(jì)算機(jī)學(xué)轉(zhuǎn)入生命科學(xué)領(lǐng)域的研究教學(xué)人員參閱（上面可以查到很多網(wǎng)址）。

《生物信息學(xué)》　　　　　　　趙國屏等編著
　　　　　　　　　　　　　科學(xué)出版社 2002年4月第一版
　　本書是"863"生物高科技叢書之一。它比較全面地介紹了生物信息學(xué)的若干個(gè)主要分支，并特別介紹了與人類基因組研究相關(guān)的生物信息學(xué)的一些較新成果；著重介紹了數(shù)據(jù)庫和數(shù)據(jù)庫的查詢、序列的同源比較及其在生物進(jìn)化研究中的應(yīng)用；以生物芯片中的生物信息學(xué)問題為例，介紹與基因表達(dá)相關(guān)的生物信息學(xué)問題；還介紹了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)研究中的生物信息學(xué)問題，以及與分子設(shè)計(jì)和藥物設(shè)計(jì)相關(guān)的生物信息學(xué)技術(shù)。本書可供生物信息學(xué)專業(yè)和生命科學(xué)相關(guān)專業(yè)的本科生、研究生和教學(xué)科研人員閱讀學(xué)習(xí)，也可供相關(guān)專業(yè)的科技和應(yīng)用機(jī)構(gòu)的科研、管理和決策人員參考。注意，本書有很大篇幅是講基因芯片和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的。

《生物信息學(xué)--基因和蛋白質(zhì)分析的實(shí)用指南》
"Bioinformatics--A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins "
　　　　　　　　Andreas D.Baxevanis B.F.Francis Ouellette 著
　　　　　　　　　　　　　　李衍達(dá) 孫之榮等譯
　　　　　　　　　　　　　　　　清華大學(xué)出版社 2000年8月第一版
　　這本書由前衛(wèi)計(jì)算生物學(xué)家撰寫，貫穿了已有的工具和數(shù)據(jù)庫，包括應(yīng)用軟件、因特網(wǎng)資源、向數(shù)據(jù)庫提交DNA序列以及進(jìn)行序列分析和利用核酸序列與蛋白質(zhì)序列進(jìn)行預(yù)測(cè)的的方法。以下是該書的目錄：1.因特網(wǎng)與生物學(xué)家，2. GeneBank序列數(shù)據(jù)庫，3.結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫，4.應(yīng)用GCG進(jìn)行序列分析，5.生物數(shù)據(jù)庫的信息檢索，6. NCBI數(shù)據(jù)模型，7.序列比對(duì)和數(shù)據(jù)庫搜索，8.多序列比對(duì)和實(shí)際應(yīng)用，9.系統(tǒng)發(fā)育分析，10.利用核酸序列的預(yù)測(cè)方法，11.利用蛋白質(zhì)序列的預(yù)測(cè)方法，12.鼠類和人類公用物理圖譜數(shù)據(jù)庫漫游，13. ACEDB: 基因組信息數(shù)據(jù)庫，14.提交DNA序列數(shù)據(jù)庫。本書有很多實(shí)際的序列和序列分析的例子。這本書適合高等院校的師生和從事生物工程研究的科技工作者閱讀。

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36樓2005-06-09 20:27:58

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分子生物信息數(shù)據(jù)庫概述

分子生物信息數(shù)據(jù)庫概述
分子生物信息數(shù)據(jù)庫是種類繁多。歸納起來，大體可以分為4個(gè)大類，即基因組數(shù)據(jù)庫、核酸和蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)序列數(shù)據(jù)庫、生物大分子(主要是蛋白質(zhì))三維空間結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫、以上述3類數(shù)據(jù)庫和文獻(xiàn)資料為基礎(chǔ)構(gòu)建的二次數(shù)據(jù)庫�；蚪M數(shù)據(jù)庫來自基因組作圖，序列數(shù)據(jù)庫來自序列測(cè)定，結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫來自X-衍射和核磁共振結(jié)構(gòu)測(cè)定。這些數(shù)據(jù)庫是分子生物信息學(xué)的基本數(shù)據(jù)資源，通常稱為基本數(shù)據(jù)庫，初始數(shù)據(jù)庫，也稱一次數(shù)據(jù)庫。根據(jù)生命科學(xué)不同研究領(lǐng)域的實(shí)際需要，對(duì)基因組圖譜、核酸和蛋白質(zhì)序列、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)以及文獻(xiàn)等數(shù)據(jù)進(jìn)行分析、整理、歸納、注釋，構(gòu)建具有特殊生物學(xué)意義和專門用途的二次數(shù)據(jù)庫，是數(shù)據(jù)庫開發(fā)的有效途徑。近年來，世界各國的生物學(xué)家和計(jì)算機(jī)科學(xué)家合作，已經(jīng)開發(fā)了幾百個(gè)二次數(shù)據(jù)庫和復(fù)合數(shù)據(jù)庫，也稱專門數(shù)據(jù)庫、專業(yè)數(shù)據(jù)庫、專用數(shù)據(jù)庫。

一般說來，一次數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)庫量大，更新速度快，用戶面廣，通常需要高性能的計(jì)算機(jī)硬件、大容量的磁盤空間和專門的數(shù)據(jù)庫管理系統(tǒng)支撐。例如，歐洲生物信息學(xué)研究所用Oracle數(shù)據(jù)庫軟件管理、維護(hù)核酸數(shù)據(jù)庫EMBL。而基因組數(shù)據(jù)庫GDB的管理、運(yùn)行則基于Sybase數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)，即使是安裝其鏡象。也需要有Sybase支撐。Oracle和Sybase均為流行的數(shù)據(jù)庫管理商業(yè)軟件。而二次數(shù)據(jù)庫的容量則要小得多，更新速度也不象一次數(shù)據(jù)庫那樣快，也可以不用大型商業(yè)數(shù)據(jù)庫軟件支撐。許多二次數(shù)據(jù)庫的開發(fā)基于Web瀏覽器，使用超文本語言HTML和Java程序編寫的圖形界面，有的還帶有搜索程序。這類針對(duì)不同問題開發(fā)的二次數(shù)據(jù)庫的最大特點(diǎn)是使用方便，特別適用于計(jì)算機(jī)使用經(jīng)驗(yàn)并不豐富的生物學(xué)家。

二次數(shù)據(jù)庫種類繁多，以核酸數(shù)據(jù)庫為基礎(chǔ)構(gòu)建的二次數(shù)據(jù)庫有基因調(diào)控轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫TransFac，真核生物啟動(dòng)子數(shù)據(jù)庫EPD，克隆載體數(shù)據(jù)庫Vector，密碼子使用表數(shù)據(jù)庫CUTG等。以蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫為基礎(chǔ)構(gòu)建的二次數(shù)據(jù)庫有蛋白質(zhì)功能位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫Prosite，蛋白質(zhì)功能位點(diǎn)序列片段數(shù)據(jù)庫Prints，同源蛋白家族數(shù)據(jù)庫Pfam，同源蛋白結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫Blocks。以具有特殊功能的蛋白為基礎(chǔ)構(gòu)建的二次數(shù)據(jù)庫有免疫球蛋白數(shù)據(jù)庫Kabat，蛋白激酶數(shù)據(jù)庫PKinase等。以三維結(jié)構(gòu)原子坐標(biāo)為基礎(chǔ)構(gòu)建的數(shù)據(jù)庫為結(jié)構(gòu)分子生物學(xué)研究提供了有效的工具，如蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)構(gòu)象參數(shù)數(shù)據(jù)庫DSSP，已知空間結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)家族數(shù)據(jù)庫FSSP，已知空間結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)及其同源蛋白數(shù)據(jù)庫HSSP等。蛋白質(zhì)回環(huán)分類數(shù)據(jù)庫則是用于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)、功能和分子設(shè)計(jì)研究的專門數(shù)據(jù)庫。此外，酶、限制性內(nèi)切酶、輻射雜交、氨基酸特性表、序列分析文獻(xiàn)等，也屬于二次數(shù)據(jù)庫或?qū)ｉT數(shù)據(jù)庫。

法國生物信息研究中心Infobiogen生物信息數(shù)據(jù)庫目錄DBCat搜集了主要400多個(gè)數(shù)據(jù)庫的名稱、內(nèi)容、數(shù)據(jù)格式、聯(lián)系地址、網(wǎng)址等詳細(xì)信息，使用戶對(duì)目前生物信息數(shù)據(jù)庫有一個(gè)詳盡的了解。DBCat本身也是一個(gè)具有一定數(shù)據(jù)格式的數(shù)據(jù)庫。DBCat按DNA、RNA、蛋白質(zhì)、基因圖譜、結(jié)構(gòu)、文獻(xiàn)等分類，其中大部分?jǐn)?shù)據(jù)庫是可以免費(fèi)下載的公用數(shù)據(jù)庫。列出安裝于北京大學(xué)生物信息中心Web服務(wù)器上的生物信息數(shù)據(jù)庫名稱和種類以及簡要說明。

此外，國際上許多生物信息中心建有生物信息學(xué)和基因組信息資源網(wǎng)絡(luò)導(dǎo)航系統(tǒng)。其中美國Oak Ride國家實(shí)驗(yàn)室人類基因組信息資源導(dǎo)航系統(tǒng)和英國基因組圖譜資源中心(Human Genome Mapping Resource Centere，簡稱HGMP)的GenomeWeb所列網(wǎng)址最為詳盡，搜集了世界各地基因組中心、基因組數(shù)據(jù)庫、基因組圖譜、基因組實(shí)驗(yàn)材料、基因突變、遺傳疾病、以及生物技術(shù)公司、實(shí)驗(yàn)規(guī)程、網(wǎng)絡(luò)教程、用戶手冊(cè)等幾百個(gè)網(wǎng)址。

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37樓2005-06-09 20:29:13

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國外生物信息學(xué)軟件公司綜述�。�！

★ ★
BlueGuy(金幣+2):挺全！

隨著研究者們?cè)谔剿骰驅(qū)殠斓耐瑫r(shí)，基因表達(dá)監(jiān)測(cè)與生物信息學(xué)工具正在快速增加。眾多產(chǎn)品的制造商正在為最好的商業(yè)模式而抉擇，例如，打包銷售所有的工具軟件。　　
生物信息學(xué)，一門儲(chǔ)存、修復(fù)、分析和整合生物數(shù)據(jù)的學(xué)科，對(duì)當(dāng)前人類基因組計(jì)劃得來的基因信息數(shù)據(jù)及相關(guān)新藥開發(fā)相當(dāng)重要�，F(xiàn)在基因組學(xué)最熱門的是有關(guān)基因表達(dá)的研究，尋找生物信息學(xué)與基因表達(dá)的理想結(jié)合也相應(yīng)成為熱門專業(yè)。
本文章基于Healthtech Institute(CHI\\\'s)基因組報(bào)告系列--主要宗旨是研討此領(lǐng)域相關(guān)的工具和相應(yīng)公司。基因表達(dá)監(jiān)測(cè)（如通過DNA雜交的方式）將在整個(gè)基因組的水平上產(chǎn)生巨大的數(shù)據(jù)，極其需要生物信息學(xué)的方法。不同疾病、服藥或毒素暴露后基因表達(dá)模式的分析，對(duì)我們了解人類在分子水平上的反應(yīng)極為重要�！　�
下面詳細(xì)說明了提供基因表達(dá)分析的生物信息學(xué)軟件的公司名稱及其相關(guān)產(chǎn)品：
Affymetrix ：可分析其芯片數(shù)據(jù)的軟件
Applied Maths ：芯片分析軟件和相關(guān)數(shù)據(jù)整合系統(tǒng)
BioDiscovery ：圖象-和-數(shù)據(jù)分析軟件
Clontech Laboratories ：儀器數(shù)據(jù)分析軟件
Cose ：圖象-和-數(shù)據(jù)分析軟件：
CuraGen ：基因組數(shù)據(jù)庫和生物信息學(xué)工具
GeneData ：數(shù)據(jù)分析及相關(guān)數(shù)據(jù)庫軟件
Gene Logic ：基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫
Imaging Research ：圖象-和-數(shù)據(jù)分析軟件
Incyte Genomics ：基因組數(shù)據(jù)庫，相應(yīng)數(shù)據(jù)分析軟件
InforMax ：數(shù)據(jù)分析及相關(guān)數(shù)據(jù)庫軟件
LION Bioscience ：與生物數(shù)據(jù)庫有連接的生物信息學(xué)軟件
Media Cybernetics ：圖象-和-數(shù)據(jù)分析軟件
NuTec Sciences ：圖象-和-數(shù)據(jù)分析軟件
Partek ：圖象-和-數(shù)據(jù)分析軟件
Rosetta Inpharmatics ：分析軟件及基因表達(dá)集合入口
Scanalytics ：圖象-和-數(shù)據(jù)分析軟件
Silicon Genetics ：數(shù)據(jù)分析軟件
Spotfire ：數(shù)據(jù)分析、可視化軟件，提供與不同基因信息的鏈接
Synomics ：相關(guān)數(shù)據(jù)軟件
Visipoint ：數(shù)據(jù)分析軟件　　
圖象分析　　
圖象分析軟件將雜交得來的圖象（一般是phosphorimagers或熒光掃描的圖片）轉(zhuǎn)變成可整合的數(shù)據(jù)形式。很多產(chǎn)品都能濾去非特異的背景\\\"噪音\\\"干擾，標(biāo)準(zhǔn)化的數(shù)據(jù)將用于實(shí)驗(yàn)中的比較。在圖形分析方面的著名公司如下：Media Cybernetics，Imaging Research和NuTec Sciences公司。除了能夠進(jìn)行圖象分析外，以上公司的產(chǎn)品還能提供數(shù)據(jù)分析。　
數(shù)據(jù)分析　
數(shù)據(jù)分析程序通常包括clustering-配準(zhǔn)（尋找不同實(shí)驗(yàn)中性狀相似的基因群）及統(tǒng)計(jì)分析。cluster中的基因可在相同條件下進(jìn)行功能與序列方面的實(shí)驗(yàn)，能幫助研究者更好地了解他們相似的性狀。統(tǒng)計(jì)分析可幫助建立數(shù)據(jù)變異的可靠度或置信區(qū)間（如，正常對(duì)照組與疾病組基因表達(dá)間的不同），當(dāng)數(shù)據(jù)的變化不能確定是否有統(tǒng)計(jì)意義時(shí)，這對(duì)確定后續(xù)實(shí)驗(yàn)來探求其功能有重要幫助。　　
數(shù)據(jù)分析軟件方面的重要公司是Silicon Genetics，他們提供能夠?qū)⒒虮磉_(dá)系列分析（SAGE）和雜交陣列所得數(shù)據(jù)進(jìn)行分析的軟件；BioDiscovery，為陣列分析基因表達(dá)數(shù)據(jù)提供軟件，同時(shí)也有圖象分析軟件；Visipoint，其可視化基因軟件合并了幾個(gè)不同的配準(zhǔn)工具，用以分析大型基因表達(dá)數(shù)據(jù)之間的關(guān)系�！　�
數(shù)據(jù)整合/相關(guān)數(shù)據(jù)庫　　
數(shù)據(jù)整合/相關(guān)數(shù)據(jù)庫軟件能將基因表達(dá)數(shù)據(jù)與其他實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)聯(lián)合，如生物化學(xué)、化學(xué)或臨床實(shí)驗(yàn)等，還能將之與公共或私人數(shù)據(jù)庫合并。很多制藥公司會(huì)將基因表達(dá)數(shù)據(jù)與毒理、結(jié)構(gòu)激活關(guān)系和藥理效應(yīng)合并，為藥物開發(fā)提供思路。　　
目前在這方面的公司包括Spotfire, Rosetta Inpharmatics, LION Bioscience, 和GeneLogic。Spotfire的主打產(chǎn)品Spotfire.net，是為了方便用戶通過Internet收集、分享和分析數(shù)據(jù)，同時(shí)，還能為用戶提供數(shù)據(jù)的視覺分子模擬展示。Spotfire.net的關(guān)鍵部件是Spotfire Array Explorer，一種能提供多種基因組信息源入口的分析軟件。　　
Rosetta所提供的Resolver Expression Data Analysis System，是一種能從合作者陣列分析或其他基因表達(dá)數(shù)據(jù)集格式中存儲(chǔ)，分析和調(diào)用基因表達(dá)數(shù)據(jù)的工具。為了解釋他們的數(shù)據(jù)，合作者可進(jìn)入Rosetta的基于20萬個(gè)陣列實(shí)驗(yàn)的基因表達(dá)檔案文庫中，獲取相關(guān)信息。LION的生物信息學(xué)軟件在用戶分析完數(shù)據(jù)后，還可與統(tǒng)計(jì)分析的生物信息數(shù)據(jù)庫相連。　　
GeneLogic提供的GeneExpress系列適用于基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫。其中的一個(gè)模塊-BioExpress模塊-包含來自正常組織和疾病組織中的基因表達(dá)數(shù)據(jù)，可用于疾病相關(guān)基因分析和治療的靶向研究。　　
打包產(chǎn)品的未來　　
盡管生物信息學(xué)領(lǐng)域正經(jīng)歷著快速成長，僅僅提供基因分析的軟件公司是否能在足夠大的市場上獲利還是值得商榷的。其他產(chǎn)品線上能夠降低開發(fā)成本的軟件供應(yīng)商將會(huì)在此領(lǐng)域中獲利。我們期待著這個(gè)市場的成熟，基因分析軟件將會(huì)與陳列分析及相關(guān)設(shè)備，和/或數(shù)據(jù)庫一起捆綁銷售，而并非來自各個(gè)獨(dú)立的供應(yīng)商。　　
有好幾個(gè)提供芯片的公司（例如，Affymetrix, Incyte Genomics和Clontech Laboratories）也同時(shí)提供結(jié)果分析軟件。此外，圖象分析設(shè)備一般都有最基本的圖象分析軟件。由于基因表達(dá)軟件工具的數(shù)量和質(zhì)量都在發(fā)展，一個(gè)獨(dú)立的供應(yīng)商來開發(fā)支持其裝置的軟件，而這種裝置只占一小部分市場份額，這已經(jīng)是無利可圖了。\\\"儀器制造商應(yīng)該提供不同等級(jí)的軟件來確保人們可以從他們的儀器上獲得可靠的數(shù)據(jù)，這才是有意義的。\\\"在CHI將要發(fā)布的生物信息學(xué)報(bào)告上，Nat Goodman寫道。\\\"大多數(shù)儀器公司都還沒有開始，但無論他們是不能提供軟件，還是軟件不夠好，都有一系列的問題存在。\\\" 　　
Affymetrix提供適用于其高密度基因芯片寡核甘酸陣列的結(jié)果分析軟件GeneChip。這種生物信息學(xué)工具有圖片分析，數(shù)據(jù)管理，及相關(guān)數(shù)據(jù)分析。Affymetrix最近收購了Neom orphic，提示Affymetrix不僅僅關(guān)注于基因方面的分析，還將更多的注意力投入到軟件上。Incyte開發(fā)了基于GEM陣列的軟件GEMTools。這種軟件能夠比較正常細(xì)胞和疾病細(xì)胞的基因表達(dá)，并能確定疾病細(xì)胞基因的高表達(dá)或低表達(dá)。Incyte也因它的基因數(shù)據(jù)庫而聞名。　　
除外Affymetrix和Incyte，其他提供生物信息學(xué)工具的芯片供應(yīng)商都出現(xiàn)了。Clontech，正是一個(gè)這樣的公司，提供的軟件AtlasImage可量化和比較來自Atlas Arrays的信號(hào)密度，并獲得確定基因上調(diào)或下調(diào)的彩色圖片。

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38樓2005-06-09 21:20:53

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forest1998

銅蟲 (正式寫手)

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生物信息學(xué)札記-樊龍江(浙江大學(xué))

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BlueGuy(金幣+4):好書，謝謝參與！

生物信息學(xué)札記-樊龍江(浙江大學(xué))

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39樓2005-06-10 01:00:39

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zhlpower

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03 An Overview of the Computational Analysis of Biological Sequences
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09 Protein Physics
10 Genomics and Computational Molecular Biology Genomics
11 Protein and Nucleic Acid Structure, Dynamics,and Engineering
12 Proteomics
13 Proteomes: Proteins Expressed as a Genome
14 Structure Prediction for Macromolecular Interactions
15 Protein - Ligand Modeling
16 DNA Microarray Analysis

2、http://www.uni-konstanz.de/FuF/Bio/Bioinformatik/lecture.htm
A Brief Guide to these Pages
Bioinformatics Intro
Sequence Databases and Database Searching
Sequence Searching and Analysis I
Sequence Searching and Analysis II
Databases Survey

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存在的都是合理的，交流就有收獲。

40樓2005-06-10 19:42:39

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