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sun183635

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[求助] 柔性殘基選擇依據(jù) 已有2人參與

本人新手想請(qǐng)教各位高手幾個(gè)問(wèn)題。ADT對(duì)接的時(shí)候怎么確定受體蛋白上哪個(gè)殘基能作為柔性殘基，這個(gè)選擇有什么依據(jù)嗎。還有就是gridbox的參數(shù)怎么設(shè)置，原則是什么。求教

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1樓 2015-10-24 19:12:32

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aixintian

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如何選擇柔性殘基，決定你對(duì)小分子和蛋白活性位點(diǎn)的認(rèn)識(shí)層度。一般選擇起關(guān)鍵作用的殘基，也就是與小分子結(jié)合時(shí)，自由能貢獻(xiàn)最大，或者在機(jī)理上參入反應(yīng)的殘基。多看文獻(xiàn)，找出關(guān)鍵殘基。

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2樓2015-10-25 08:53:39

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sun183635

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引用回帖:

2樓: Originally posted by aixintian at 2015-10-25 08:53:39
如何選擇柔性殘基，決定你對(duì)小分子和蛋白活性位點(diǎn)的認(rèn)識(shí)層度。一般選擇起關(guān)鍵作用的殘基，也就是與小分子結(jié)合時(shí)，自由能貢獻(xiàn)最大，或者在機(jī)理上參入反應(yīng)的殘基。多看文獻(xiàn)，找出關(guān)鍵殘基。
...

怎么知道哪個(gè)殘基自由能貢獻(xiàn)最大啊，我是新手對(duì)這方面一點(diǎn)不了解，相關(guān)文獻(xiàn)也沒(méi)找見(jiàn)。麻煩您能教教我嗎，那個(gè)蛋白是1h9z

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3樓2015-10-25 10:42:26

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

引用回帖:

3樓: Originally posted by sun183635 at 2015-10-25 10:42:26
怎么知道哪個(gè)殘基自由能貢獻(xiàn)最大啊，我是新手對(duì)這方面一點(diǎn)不了解，相關(guān)文獻(xiàn)也沒(méi)找見(jiàn)。麻煩您能教教我嗎，那個(gè)蛋白是1h9z...

殘基自由能貢獻(xiàn)最大，這個(gè)需要有深厚的文獻(xiàn)調(diào)研和文獻(xiàn)報(bào)道。如果沒(méi)有報(bào)道這些信息，你可以看看文獻(xiàn)或者pdb數(shù)據(jù)庫(kù)中，小分子和蛋白接合的主要作用殘基有哪些，這個(gè)一點(diǎn)會(huì)有。你看看圖片，上面的一個(gè)胍氨酸肯定是個(gè)重要的殘基，你在看看文獻(xiàn)，會(huì)描述那些殘基與小分子作用了。

1H9Z_MYR.png

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4樓2015-10-25 11:19:45

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【答案】應(yīng)助回帖

你在確定柔性殘基的時(shí)候，多看看文獻(xiàn)，文獻(xiàn)一定會(huì)提出關(guān)鍵殘基與小分子的作用�；蛘呖纯催@類(lèi)接合模式圖，就可以了。其實(shí)，你如果不事先通過(guò)文獻(xiàn)調(diào)研，把活性位點(diǎn)關(guān)鍵氨基酸和關(guān)鍵作用模式搞清楚，做了分子對(duì)接也是沒(méi)有多大意義的。

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5樓2015-10-25 11:25:43

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【答案】應(yīng)助回帖

關(guān)于具體的蛋白結(jié)構(gòu)1h9z，你可以同構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)PDB，查找蛋白結(jié)構(gòu)，見(jiàn)連接 http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1h9z 該連接下有一篇文章，你讀一下就可以基本確定哪些是關(guān)鍵殘基了，就可以在柔性對(duì)接中設(shè)定為柔性殘基。

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6樓2015-10-25 11:28:33

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

柔性殘基設(shè)置在ADT里面是雞肋，不行的考慮分子動(dòng)力學(xué)吧

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7樓2015-10-26 14:42:56

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