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sun183635新蟲 (初入文壇)
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[求助]
柔性殘基選擇依據(jù) 已有2人參與
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| 本人新手 想請(qǐng)教各位高手幾個(gè)問題。ADT對(duì)接的時(shí)候怎么確定受體蛋白上哪個(gè)殘基能作為柔性殘基，這個(gè)選擇有什么依據(jù)嗎。還有就是gridbox的參數(shù)怎么設(shè)置，原則是什么。 求教 |
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如何選擇柔性殘基，決定你對(duì)小分子和蛋白活性位點(diǎn)的認(rèn)識(shí)層度。一般選擇起關(guān)鍵作用的殘基，也就是與小分子結(jié)合時(shí)，自由能貢獻(xiàn)最大，或者在機(jī)理上參入反應(yīng)的殘基。多看文獻(xiàn)，找出關(guān)鍵殘基。 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
2樓2015-10-25 08:53:39
sun183635
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 8
- 帖子: 5
- 在線: 18.1小時(shí)
- 蟲號(hào): 3862407
- 注冊(cè): 2015-05-11
- 專業(yè): 合成藥物化學(xué)
3樓2015-10-25 10:42:26
4樓2015-10-25 11:19:45
5樓2015-10-25 11:25:43
【答案】應(yīng)助回帖
| 關(guān)于具體的蛋白結(jié)構(gòu)1h9z，你可以同構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)PDB，查找蛋白結(jié)構(gòu)，見連接 http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1h9z 該連接下有一篇文章，你讀一下就可以基本確定哪些是關(guān)鍵殘基了，就可以在柔性對(duì)接中設(shè)定為柔性殘基。 |
6樓2015-10-25 11:28:33
7樓2015-10-26 14:42:56
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