 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 6 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 818 | 回復(fù): 5 | ||
[求助]
新手關(guān)于CODEHOP結(jié)果篩選有幾個問題請教大家 已有1人參與
|
|
費了好大勁終于出了引物結(jié)果，最后篩選把我給難住了，有幾個問題想要請教蟲友： 1.舉個例子，在BLOCKA里，有上游引物和下游引物之分（分2段，第二段是Complement，不知道我理解的對不對），在這么短的一個氨基酸序列里，有什么意義嗎？ 2.acccantacctTAGATACTTATTCCCTTGACT -5' Core: degen=4 len=11 Clamp: score=76, len=21 temp= 60.4 這算是一條完整的引物嗎，為什么還分大小寫，大寫和小寫有什么區(qū)別？后面提到長度11，我需要的是前面小寫的片段嗎，但是長度是不是太短。 下面放部分CODEHOP的引物結(jié)果 Complement of Block PALxxxx__A Oligos W V M E S M N K G T D S Y G V T T G F G A T S acccantacctTAGATACTTATTCCCTTGACT -5' Core: degen=4 len=11 Clamp: score=76, len=21 temp= 60.4 cccantacctnwGATACTTATTCCCTTGACTAAGAATACC -5' Core: degen=32 len=12 Clamp: score=80, len=28 temp= 60.7 ccantacctnwsATACTTATTCCCTTGACTAAGAATACC -5' Core: degen=64 len=12 Clamp: score=81, len=27 temp= 60.0 cantacctnwsATACTTATTCCCTTGACTAAGAATACC -5' Core: degen=64 len=11 Clamp: score=81, len=27 temp= 60.0 tacctnwsntaCTTATTCCCTTGACTAAGAATACC -5' Core: degen=64 len=11 Clamp: score=80, len=24 temp= 60.0 atrccncantgATGACCTAAACCTCGATGAAGA -5' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=77, len=22 temp= 57.0 *** CLAMP NEEDS EXTENSION tgnccnaarccTCGATGAAGA -5' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=73, len=10 temp= 25.7 *** CLAMP NEEDS EXTENSION ccnaarccncgATGAAGA -5' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=69, len=7 temp= 2.2 *** CLAMP NEEDS EXTENSION aarccncgntgAAGA -5' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=54, len=4 temp=-38.0 *** CLAMP NEEDS EXTENSION Block PALxxxx__B Oligos H R R T K Q G G A L Q K E L I R F L N A G I F G N G T E S C H T L P H S A T R A A M L V R I CCTCATACTGCTACTAGAGCTGCTatgytngtnmg -3' Core: degen=64 len=11 Clamp: score=74, len=24 temp= 61.2 GCCTCATACTGCTACTAGAGCTgcnatgytngt -3' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=72, len=22 temp= 61.0 CTCTGCCTCATACTGCTACTAGAgcngcnatgyt -3' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=70, len=23 temp= 60.2 GGAAATGGAACAGAATCTTGTCATacnytnccnca -3' Core: degen=128 len=11 Clamp: score=75, len=24 temp= 61.2 GGAAATGGAACAGAATCTTGTcayacnytncc -3' Core: degen=64 len=11 Clamp: score=72, len=21 temp= 60.3 GATTAGATTTCTGAATGCTGGAATTttyggnaaygg -3' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=76, len=25 temp= 61.2 TGATTAGATTTCTGAATGCTGGAathttyggnaa -3' Core: degen=24 len=11 Clamp: score=76, len=23 temp= 60.3 AACTGATTAGATTTCTGAATGCTggnathttygg -3' Core: degen=24 len=11 Clamp: score=75, len=23 temp= 60.0 CAAGGAGGTGCTCTGCAAaargarytnat -3' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=75, len=18 temp= 61.5 GCAAGGAGGTGCTCTGcaraargaryt -3' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=72, len=16 temp= 61.3 GAAGAACTAAGCAAGGAGGTGCTytncaraarga -3' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=76, len=23 temp= 60.4 Complement of Block PALxxxx__B Oligos H R R T K Q G G A L Q K E L I R F L N A G I F G N G T E S C H T L P H S A T R A A M L V R I tgnttnstyccTCCACGAGACGTTTTCC -5' Core: degen=64 len=11 Clamp: score=73, len=17 temp= 60.9 ttnstyccncsACGAGACGTTTTCCTTGACTA -5' Core: degen=128 len=11 Clamp: score=76, len=21 temp= 60.0 cgnrangtyttCCTTGACTAATCTAAAGACTTACG -5' Core: degen=64 len=11 Clamp: score=75, len=24 temp= 60.4 angtyttyctyrACTAATCTAAAGACTTACGACCTT -5' Core: degen=64 len=12 Clamp: score=76, len=24 temp= 60.1 gtyttyctyraCTAATCTAAAGACTTACGACCTT -5' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=74, len=23 temp= 60.1 tyttyctyrantAATCTAAAGACTTACGACCTTAAAAA -5' Core: degen=64 len=12 Clamp: score=76, len=26 temp= 60.8 ttyctyrantaATCTAAAGACTTACGACCTTAAAAA -5' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=74, len=25 temp= 60.8 ccntadaarccTTTACCTTGTCTTAGAACAGT -5' Core: degen=24 len=11 Clamp: score=75, len=21 temp= 60.3 tadaarccnttACCTTGTCTTAGAACAGTATGAGAC -5' Core: degen=24 len=11 Clamp: score=74, len=25 temp= 61.1 aarccnttrccTTGTCTTAGAACAGTATGAGACG -5' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=72, len=23 temp= 60.5 gtrtgnranggAGTATGACGATGATCTCGACGATAC -5' Core: degen=64 len=11 Clamp: score=72, len=25 temp= 61.2 tgnranggngtATGACGATGATCTCGACGATACGAC -5' Core: degen=128 len=11 Clamp: score=72, len=25 temp= 62.1 cgncgntacraCCAATCTTAA -5' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=70, len=10 temp= 18.6 *** CLAMP NEEDS EXTENSION cgntacrancaATCTTAA -5' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=66, len=7 temp=-2.4 *** CLAMP NEEDS EXTENSION tacrancankcTTAA -5' Core: degen=64 len=11 Clamp: score=73, len=4 temp=-50.0 *** CLAMP NEEDS EXTENSION Block PALxxxx__C Oligos N T L L Q G Y S G I R F E I L E A I T K L L N H N I T AATTCTGGAAGCTATTACTAAGTTTATTAATcayaayrtnac -3' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=72, len=31 temp= 60.0 TGAAATTCTGGAAGCTATTACTAAGTTTATTaaycayaayrt -3' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=70, len=31 temp= 60.7 TTTGAAATTCTGGAAGCTATTACTAAGTTThtnaaycayaa -3' Core: degen=48 len=11 Clamp: score=73, len=30 temp= 60.6 GCAAGGATATTCTGGAATTAGATTTgarathytnga -3' Core: degen=48 len=11 Clamp: score=75, len=25 temp= 61.9 CTGCAAGGATATTCTGGAATTAGAttygarathyt -3' Core: degen=24 len=11 Clamp: score=74, len=24 temp= 60.2 TGCTGCAAGGATATTCTGGAATTmgnttygarat -3' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=76, len=23 temp= 62.1 TGCTGCAAGGATATTCTGGAathmgnttyga -3' Core: degen=48 len=11 Clamp: score=74, len=20 temp= 60.9 Complement of Block PALxxxx__C Oligos N T L L Q G Y S G I R F E I L E A I T K L L N H N I T tadkcnaarctTTAAGACCTTCGATAATGATTCAAATAATTAG -5' Core: degen=48 len=11 Clamp: score=73, len=32 temp= 60.3 aarctytadraCCTTCGATAATGATTCAAATAATTAGTATTATAATGA -5' Core: degen=24 len=11 Clamp: score=73, len=37 temp= 59.8 *** CLAMP NEEDS EXTENSION ctytadranctTCGATAATGATTCAAATAATTAGTATTATAATGA -5' Core: degen=48 len=11 Clamp: score=73, len=34 temp= 56.1 *** CLAMP NEEDS EXTENSION anttrgtrttryAATGA -5' Core: degen=64 len=12 Clamp: score=80, len=5 temp=-61.3 *** CLAMP NEEDS EXTENSION ttrgtrttryaATGA -5' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=70, len=4 temp=-61.3 *** CLAMP NEEDS EXTENSION trgtrttryantGA -5' Core: degen=64 len=12 Clamp: score=78, len=2 temp=-126.6 *** CLAMP NEEDS EXTENSION gtrttryantgA -5' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=34, len=1 temp=-126.6 *** CLAMP NEEDS EXTENSION |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
不合理蛙科研實驗中的趣事：實驗器材的 “烏龍”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實驗中的趣事：和實驗材料的 “斗智斗勇”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)論文潤色/翻譯怎么收費?
已經(jīng)有153人回復(fù)
-
蛋白質(zhì)檢測：精準分析，解鎖生物分子的密碼
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實驗之小鼠實驗：嚴謹設(shè)計，解析生命機制的重要載體
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實驗之重金屬檢測：精準篩查，守護健康與環(huán)境的防線
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實驗之“蛙測重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實驗之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標(biāo)南京
已經(jīng)有0人回復(fù)
2樓2015-11-01 18:25:18
3樓2015-11-02 09:50:40
歐mi
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 4.8
- 散金: 5
- 帖子: 20
- 在線: 30.4小時
- 蟲號: 2768973
- 注冊: 2013-10-31
- 專業(yè): 合成藥物化學(xué)
4樓2016-01-22 20:48:50
5樓2016-03-08 19:12:18
布丁諾的松鼠
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 27.6
- 帖子: 8
- 在線: 15.1小時
- 蟲號: 6067761
- 注冊: 2017-03-20
- 專業(yè): 微生物遺傳學(xué)
6樓2017-11-27 22:27:20
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 苯丙氨酸-PAL 的主題更新
| 6 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿河北工業(yè)大學(xué)0817化工278分求調(diào)劑 +5 | jhybd 2026-03-23 | 8/400 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 材料專碩英一數(shù)二306 +8 | z1z2z3879 2026-03-18 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿華東理工大學(xué)081700，初試分數(shù)271 +3 | kotoko_ik 2026-03-23 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 298-一志愿中國農(nóng)業(yè)大學(xué)-求調(diào)劑 +10 | 手機用戶 2026-03-17 | 11/550 |
|
|
|
[考研]
 材料與化工考研調(diào)劑
+4
|
孅華 2026-03-22 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 317求調(diào)劑 +12 | 申子申申 2026-03-19 | 18/900 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑院校信息 +6 | CX 330 2026-03-21 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 初試 317 +7 | 半拉月丙 2026-03-20 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 265求調(diào)劑 +12 | 梁梁校校 2026-03-19 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 一志愿天津大學(xué)化學(xué)工藝專業(yè)（081702）315分求調(diào)劑 +12 | yangfz 2026-03-17 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 307求調(diào)劑 +3 | wyyyqx 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿武理材料305分求調(diào)劑 +6 | 想上岸的鯉魚 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 330求調(diào)劑 +4 | 小材化本科 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿武漢理工材料工程專碩調(diào)劑 +9 | Doleres 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 一志愿 南京航空航天大學(xué)大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩 +5 | @taotao 2026-03-20 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 261求B區(qū)調(diào)劑，科研經(jīng)歷豐富 +3 | 牛奶很忙 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0856調(diào)劑，是學(xué)校就去 +8 | sllhht 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[論文投稿]
申請回稿延期一個月，編輯同意了。但系統(tǒng)上的時間沒變，給編輯又寫郵件了，沒回復(fù)
 10+3
|
wangf9518 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[碩博家園] 湖北工業(yè)大學(xué) 生命科學(xué)與健康學(xué)院-課題組招收2026級食品/生物方向碩士 +3 | 1喜春8 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] [導(dǎo)師推薦]西南科技大學(xué)國防/材料導(dǎo)師推薦 +3 | 尖角小荷 2026-03-16 | 6/300 |
|