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趙奇一新蟲 (小有名氣)
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[求助]
請(qǐng)教一下關(guān)于siesta優(yōu)化層狀體系的問(wèn)題 已有2人參與
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| 我建好了一個(gè)由兩層原子構(gòu)成的體系，想進(jìn)行弛豫。希望在弛豫過(guò)程中，只發(fā)生兩層原子間距的變化，而每層原子的相對(duì)位置不變，也就是說(shuō)所有原子只在Z方向上坐標(biāo)發(fā)生變化。這個(gè)如何實(shí)現(xiàn)？看了手冊(cè)感覺還是不太明白，希望大神能夠解答一下，謝謝了... |
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charleslian
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【答案】應(yīng)助回帖
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liliangfang: 金幣+2, 謝謝交流 2015-11-22 08:31:37
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使用zmatrix可以進(jìn)行設(shè)置，詳見其例子 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
2樓2015-11-13 22:45:16
趙奇一
新蟲 (小有名氣)
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3樓2015-11-14 19:46:57
zhangguangping
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【答案】應(yīng)助回帖
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liliangfang: 金幣+1, 謝謝交流 2015-11-22 16:12:55
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%block Zmatrix cartesian 1 -3.438229 6.506952 8.241026 0 0 0 1 2.329288 6.506952 8.241026 0 0 0 1 8.096804 1.512136 8.241026 0 0 0 1 6.654925 4.009544 8.241026 0 0 0 1 2.329288 1.512136 8.241026 0 0 0 1 -0.554470 6.506952 8.241026 0 0 0 1 5.213046 6.506952 8.241026 0 0 0 1 0.887409 9.004360 8.241026 0 0 0 1 -1.996350 9.004360 8.241026 0 0 0 1 -4.880108 9.004360 8.241026 0 0 0 1 -0.554470 1.512136 8.241026 0 0 0 1 5.213046 1.512136 8.241026 0 0 0 1 3.771167 9.004360 8.241026 0 0 0 1 -1.996350 4.009544 8.241026 0 0 0 1 3.771167 4.009544 8.241026 0 0 0 1 0.887409 4.009544 8.241026 0 0 0 2 -1.351749 6.858092 z1 0 0 1 2 -2.793628 9.355500 z1 0 0 1 2 4.415768 1.863277 z1 0 0 1 2 5.857647 9.355500 z1 0 0 1 2 2.973889 4.360684 z1 0 0 1 2 1.532010 6.858092 z1 0 0 1 2 7.299526 6.858092 z1 0 0 1 2 0.090131 9.355500 z1 0 0 1 2 7.299526 1.863277 z1 0 0 1 2 2.973889 9.355500 z1 0 0 1 2 5.857647 4.360684 z1 0 0 1 2 8.741405 4.360684 z1 0 0 1 2 4.415768 6.858092 z1 0 0 1 2 1.532010 1.863277 z1 0 0 1 2 10.183280 1.863277 z1 0 0 1 2 0.090131 4.360684 z1 0 0 1 variables z1 37.271882 %endblock Zmatrix 上面這個(gè)zmatrix的示例就可以將兩層（分別是1號(hào)原子和2號(hào)原子組成）的x，y坐標(biāo)固定，在優(yōu)化中只允許第二層的原子整體沿著z方向移動(dòng)。第二層原子的z坐標(biāo)的初值是37.271882 這樣做的前提是這個(gè)雙層結(jié)構(gòu)平面要在xy平面內(nèi)，兩層間的距離在z方向上。 |
4樓2015-11-22 15:50:54
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