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Amber復合物做MM-PBSA教程是蛋白老是出錯�。�！
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小輩按照Amber官網(wǎng)上面的教程學習MM-PBSA，但是一開始我就進行不下去啦！我用命令： tleap -f oldff/leaprc.ff99SB > source leaprc.gaff > com = loadpdb ras-raf.pdb > ras = loadpdb ras.pdb > raf = loadpdb raf.pdb 打開三個pdb文件，可是總顯示： Created a new atom named: HD22 within residue: .R<LEU 242> Created a new atom named: HD23 within residue: .R<LEU 242> Created a new atom named: C within residue: .R<LEU 242> Created a new atom named: O within residue: .R<LEU 242> Created a new atom named: OXT within residue: .R<LEU 242> total atoms in file: 3862 The file contained 3862 atoms not in residue templates 然后我繼續(xù)運行下列命令： set default PBRadii mbondi2 saveamberparm com ras-raf.prmtop ras-raf.inpcrd saveamberparm ras ras.prmtop ras.inpcrd saveamberparm raf raf.prmtop raf.inpcrd 就出現(xiàn)以下情況： FATAL: Atom .R<LEU 242>.A<HD23 17> does not have a type. FATAL: Atom .R<LEU 242>.A<C 18> does not have a type. FATAL: Atom .R<LEU 242>.A<O 19> does not have a type. FATAL: Atom .R<LEU 242>.A<OXT 20> does not have a type. Failed to generate parameters Parameter file was not saved. 繼續(xù)運行后面兩步，能生成我要的*.inpcrd文件和*.prmtop文件，但是是空文件！！！ 請問這是什么問題啊？？？要怎么解決呢？？？做過這個例子的，可以指導一下么？？？跪謝~~~ |
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散金幣，求好運，祝面上順利！
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2樓2016-01-14 15:09:59
九色騰
新蟲 (正式寫手)
- 應助: 0 (幼兒園)
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- 散金: 86
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- 專業(yè): 纖維
3樓2019-01-21 09:51:12
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