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Amber復(fù)合物做MM-PBSA教程是蛋白老是出錯(cuò)�。�！
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小輩按照Amber官網(wǎng)上面的教程學(xué)習(xí)MM-PBSA，但是一開始我就進(jìn)行不下去啦！我用命令： tleap -f oldff/leaprc.ff99SB > source leaprc.gaff > com = loadpdb ras-raf.pdb > ras = loadpdb ras.pdb > raf = loadpdb raf.pdb 打開三個(gè)pdb文件，可是總顯示： Created a new atom named: HD22 within residue: .R<LEU 242> Created a new atom named: HD23 within residue: .R<LEU 242> Created a new atom named: C within residue: .R<LEU 242> Created a new atom named: O within residue: .R<LEU 242> Created a new atom named: OXT within residue: .R<LEU 242> total atoms in file: 3862 The file contained 3862 atoms not in residue templates 然后我繼續(xù)運(yùn)行下列命令： set default PBRadii mbondi2 saveamberparm com ras-raf.prmtop ras-raf.inpcrd saveamberparm ras ras.prmtop ras.inpcrd saveamberparm raf raf.prmtop raf.inpcrd 就出現(xiàn)以下情況： FATAL: Atom .R<LEU 242>.A<HD23 17> does not have a type. FATAL: Atom .R<LEU 242>.A<C 18> does not have a type. FATAL: Atom .R<LEU 242>.A<O 19> does not have a type. FATAL: Atom .R<LEU 242>.A<OXT 20> does not have a type. Failed to generate parameters Parameter file was not saved. 繼續(xù)運(yùn)行后面兩步，能生成我要的*.inpcrd文件和*.prmtop文件，但是是空文件�。�！ 請(qǐng)問(wèn)這是什么問(wèn)題�。浚�？要怎么解決呢？？？做過(guò)這個(gè)例子的，可以指導(dǎo)一下么？？？跪謝~~~ |
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