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分子生物實(shí)驗(yàn)室常用的小公式 已有3人參與
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老師從小就教導(dǎo)我們：“先把數(shù)據(jù)算算對，再去做實(shí)驗(yàn)！還有，說的就是你啦，別忘了單位！”。不知道長做分子生物實(shí)驗(yàn)的同學(xué)們有沒有這樣的感覺，計(jì)算其實(shí)是一個十分重要的過程，這關(guān)系到整個實(shí)驗(yàn)的成功與否。有時(shí)候要算個摩爾數(shù)啊，再來個摩爾比啊，最后再來個單位換算什么的，一堆一堆，絕對不難。 切入正題，到底哪些公式會比較常用呢？小編認(rèn)為有一下幾種： 1. 摩爾濃度（mol/L）與溶質(zhì)質(zhì)量（g） m (g) = Desired Molarity (mol/L) x V溶劑 (L) x M溶質(zhì) (g/mol) 2. 稀釋倍數(shù)n 和稀釋液的體積Vadding n =（Cfinal * Vfinal）/（Cstock * Vstock） Vadding = Vfinal – Vstock Final=最終溶液 Stock=儲備液/原液 3. 論OD260的重要性（當(dāng)實(shí)驗(yàn)室的Nanodrop壞掉了或被壞人持續(xù)占用了） CDNA/RNA (μg/ml) = Absorbance (OD260) * conversion factor conversion factors: 1 OD260 Unit = 50 μg/ml， dsDNA 1 OD260 Unit = 40 μg/ml， ssRNA 1 OD260 Unit = 33 μg/ml， ssDNA 這里的μg/ml也就是ng/μl，所以和Nanodrop測出來的單位是相同的。值得注意的是，這里的每一個OD260­單位對應(yīng)的核酸濃度只是估算值，畢竟堿基組成不同也會造成折光度的差異，所以在有的網(wǎng)站上，這三組值也會略有差異。 4. DNA/RNA 質(zhì)量到摩爾數(shù)的估測轉(zhuǎn)換 dsDNA: molesdsDNA (mol) = mdsDNA (g)/[(length of dsDNA (bp) x 617.96 g/mol) + 36.04 g/mol] ssDNA: molesssDNA (mol) = mssDNA (g)/[(length of ssDNA (nt) x 308.97 g/mol) + 18.02 g/mol] ssRNA: molesssRNA (mol) = mssRNA (g)/[(length of ssRNA (nt) x 321.47 g/mol) + 18.02 g/mol] 這里bp就是堿基對數(shù)，nt就是核苷酸數(shù)。 正常估算來講一對堿基的平均摩爾質(zhì)量是650 g/mol，小編這里用的是NEB （New England Biolad）推出的修正公式。617.96 g/mol 其實(shí)是除去了每對堿基兩端的水分子（聚合成鏈的過程是要除去一個H和一個OH的）。最后又加上36.04 g/mol，是假設(shè)兩個-OH和兩個-H分別加在最后大分子的兩端。這樣的算法比直接使用650 g/mol要稍微準(zhǔn)確一點(diǎn)，但是整個過程還是建立在估算堿基對平均分子量的基礎(chǔ)之上，所以不論哪種方法計(jì)算出來的都是平均值而已。 5. 粘合反應(yīng)（ligation）插入片段和質(zhì)粒的摩爾比例 Massinsert (g) = (insert/vector molar ratio) x massvector (g) x (ratio of insert/vector lengths) 一般這個插入片段對質(zhì)粒的摩爾比例可以是2:1或者是3:1，都可以根據(jù)自己的實(shí)驗(yàn)而定。另外一個重要的比例就是插入片段對質(zhì)粒的序列長度比。 6. 單位換算 1 ng = 10-3 μg =10-6 mg = 10-9 g = 10-12 kg 1 cm3 = 10-3 dm3 = 10-6 m3 1 cm3 = 1 mL 1 dm3 = 1 L 等等等…… 要了解的運(yùn)算還很多，小編只是在這里寫了些做分子生物實(shí)驗(yàn)會用到的，還有其他很多，比如估算蛋白分子質(zhì)量，蛋白OD280的轉(zhuǎn)化因子等等。NEB有一個網(wǎng)頁版簡單的BioCalculator，包含了上面所說的這些計(jì)算方法，用起來還是很方便的（http://nebiocalculator.neb.com/#!/）。 原文鏈接http://mp.weixin.qq.com/s?__biz= ... e=0#wechat_redirect BioEngX 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
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