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明-明-金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
cif文件中的原子電荷分配 已有2人參與
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我在數(shù)據(jù)庫(kù)中找到了伊利石的cif文件，導(dǎo)入MS后，先點(diǎn)擊calculate bonds，每個(gè)原子的電荷為零，然后沒(méi)有進(jìn)行手動(dòng)分配電荷，構(gòu)建超胞后，根據(jù)文獻(xiàn)，采用UFF力場(chǎng)，Qeq算法來(lái)對(duì)其進(jìn)行優(yōu)化，然后就出現(xiàn)報(bào)錯(cuò)了。 This periodic system bears a net charge (-64.000000e) and the QEq calculation cannot be performed. This periodic system bears a net charge (-64.000000e) and the QEq calculation cannot be performed. Unable to calculate energy and gradients. Geometry optimization finished with an error condition. 查看報(bào)錯(cuò)后的晶體文件，每個(gè)原子的力場(chǎng)類(lèi)型都分配了，但是charge還是為零，用compass力場(chǎng)就不會(huì)出現(xiàn)這種現(xiàn)象，優(yōu)化后原子的電荷、力場(chǎng)均分配了。但查文獻(xiàn)，一般是用UFF+Qeq來(lái)進(jìn)行優(yōu)化以及后續(xù)的吸附計(jì)算，請(qǐng)問(wèn)這是什么原因？新人求助。。。是找來(lái)的cif文件構(gòu)建晶體模型時(shí)都必須先手動(dòng)分配原子電荷信息嗎？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
明-明-: 金幣+1, ★有幫助 2015-11-19 16:22:22
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你好！應(yīng)該先初始化既先賦予電荷，再去優(yōu)化！你有沒(méi)有學(xué)過(guò)雅可比迭代，也要先賦予初始值的！同是想問(wèn)問(wèn)你的cif文件是在哪找到的？？？ 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
2樓2015-11-19 15:00:15
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我再問(wèn)一下，賦予電荷是需要我查文獻(xiàn)，找到各個(gè)原子的電荷信息后，直接在properties里面的charge中直接改嗎？還是用某一task直接賦予電荷，看文章里（關(guān)于蒙脫石的）是說(shuō)引用的電荷參數(shù)。 但優(yōu)化時(shí)選擇compass,以及forcefield assigned,正常運(yùn)行，優(yōu)化后電荷，力場(chǎng)都有了。 晶體文件是在這個(gè)網(wǎng)站上找的http://www.crystallography.net/index.php 另外，F(xiàn)indit軟件中也可以找到，直接生成cif文件。我裝的08版 |
3樓2015-11-19 16:21:49
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直接改聽(tīng)我?guī)熜终f(shuō)，好像是不行的，應(yīng)該用某種規(guī)折賦予，不然后期會(huì)模擬不下去 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
4樓2015-11-20 08:18:12
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6樓2016-01-10 11:00:32
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7樓2016-01-10 16:14:14
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8樓2016-01-10 16:27:35
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9樓2016-03-05 15:20:01
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