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小木蟲論壇-學術(shù)科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » MS » cif文件中的原子電荷分配
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| 查看: 6905 | 回復(fù): 31 | ||
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明-明-金蟲 (小有名氣)
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[求助]
cif文件中的原子電荷分配 已有2人參與
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我在數(shù)據(jù)庫中找到了伊利石的cif文件，導(dǎo)入MS后，先點擊calculate bonds，每個原子的電荷為零，然后沒有進行手動分配電荷，構(gòu)建超胞后，根據(jù)文獻，采用UFF力場，Qeq算法來對其進行優(yōu)化，然后就出現(xiàn)報錯了。 This periodic system bears a net charge (-64.000000e) and the QEq calculation cannot be performed. This periodic system bears a net charge (-64.000000e) and the QEq calculation cannot be performed. Unable to calculate energy and gradients. Geometry optimization finished with an error condition. 查看報錯后的晶體文件，每個原子的力場類型都分配了，但是charge還是為零，用compass力場就不會出現(xiàn)這種現(xiàn)象，優(yōu)化后原子的電荷、力場均分配了。但查文獻，一般是用UFF+Qeq來進行優(yōu)化以及后續(xù)的吸附計算，請問這是什么原因？新人求助。。。是找來的cif文件構(gòu)建晶體模型時都必須先手動分配原子電荷信息嗎？ |
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海仙兒
銀蟲 (初入文壇)
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9樓2016-03-05 15:20:01
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
明-明-: 金幣+1, ★有幫助 2015-11-19 16:22:22
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明-明-: 金幣+1, ★有幫助 2015-11-19 16:22:22
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你好！應(yīng)該先初始化既先賦予電荷，再去優(yōu)化！你有沒有學過雅可比迭代，也要先賦予初始值的！同是想問問你的cif文件是在哪找到的？？？ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
2樓2015-11-19 15:00:15
明-明-
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3樓2015-11-19 16:21:49
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4樓2015-11-20 08:18:12
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