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heihei2866鐵蟲 (正式寫手)
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[求助]
基因組測序結(jié)果提交NCBI的困惑 已有1人參與
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| 各位大神，本人前期委托公司對一個細(xì)菌的基因組進(jìn)行了測序，想在genome announcement上發(fā)表一個小文章，但是前提是要公布基因組，在提交的過程中遇到了幾個問題，1. 是否需要在SRA提交原始數(shù)據(jù)？2. 我拿到的數(shù)據(jù)是拼接到scaffold的，論文里面也提到了scaffold，我現(xiàn)在只想提交contig，可以嗎？因?yàn)楣緵]有提供AGP文件，我無法將contig和scaffold對應(yīng)；3. 是否必須要提交基因組注釋文件，要是提供的話需要轉(zhuǎn)化成sqn嗎？怎么轉(zhuǎn)化�。勘救思兺庑幸粋�，所以問題比較多，希望高手能提供幫助，不勝感激啊 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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我去年提交的部分全基因組序列。序列可以提交至ncbi，我采用的在線提交，未提交的原始序列，可以僅僅提交contig�？梢圆蛔⑨�。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
4樓2015-11-20 02:42:11
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5樓2015-11-20 08:34:02
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6樓2015-11-20 08:41:49
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7樓2015-11-20 08:44:19
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就是提取了出來，然后去跑液相，用乙腈:水15:85跑出來比較好的峰形，有大概八個峰，然后用凝膠柱接了100瓶，可是只在32瓶得到了比較純的亞油酸，不是我需要的活性產(chǎn)物，我現(xiàn)在就想知道里面有哪些東西，大神有辦法嗎？ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
8樓2015-11-20 09:29:12
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9樓2015-11-20 14:33:27
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液質(zhì)聯(lián)用還沒做，可是做了好像也只知道分子量，制備色譜上只有一個峰，不知道是不是我們這邊的制備色譜壞了，亞油酸是過凝膠柱分離出來了單體做ei鑒定出來的，可是過凝膠柱其他的樣都是混合的，無法鑒別�。� 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
10樓2015-11-20 14:47:03
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