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chufengj新蟲 (正式寫手)
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dump命令無法導(dǎo)出文件 已有1人參與
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-------------------------------------------------------以下是疑惑--------------------------------------------------------------------------- 我想做的是導(dǎo)出不同溫度弛豫時(shí)，銅原子的勢能，用compute計(jì)算然后用dump導(dǎo)出。 可是現(xiàn)在dump無法導(dǎo)出，但是它又沒報(bào)錯，所以在想會不會是導(dǎo)出到其他文件夾里面了。 還有，我用thermo輸出熱力學(xué)信息，里面的E_Pair、E_mol分別代表什么？ 請各位指導(dǎo)，謝謝！ in 1.png in2.png out1.png out2.png |
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2樓2015-11-21 18:24:20
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5樓2015-11-23 22:37:45
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1，關(guān)于能量 etotal是系統(tǒng)總能量=系統(tǒng)勢能+動能 E_pair是對勢的能量。比如你只用LJ勢函數(shù)，就統(tǒng)計(jì)的全部是對勢 E_mol是分子能，包括鍵長、鍵角、二面角變化需要的能量。 如果要模擬碳管、石墨之類的或者碳?xì)浠衔�、烴類等，就可能需要統(tǒng)計(jì)鍵長、鍵角、二面角能量 而就你上傳的算例而言，銅是金屬，用的是EAM勢函數(shù)，所以無所謂鍵長、鍵角、二面角能量 如果要做一個能量隨時(shí)間或者溫度的變化曲線，直接用etotal好了 2，關(guān)于輸出文件， 打不開是啥意思？難道你是雙擊*.atom文件？如果是雙擊的話，肯定打不開。。。 如果你想要查看系統(tǒng)的形貌隨時(shí)間的演化，去下載vmd或atomeye打開 如果你想要統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)，下載個文本編輯器，例如ultraedit之類的 3，另外幫你檢查了輸入文件，其中可能的問題： （1）timestep, 0.01太大了，系統(tǒng)容易崩潰，一般用0.001 （2）勢函數(shù)，銅的勢函數(shù)不要用系統(tǒng)自帶的Cu_u3.eam，當(dāng)然如果只是拿來練手就沒事，如果用來發(fā)paper可能會被審稿人揪著不放的 （3）系統(tǒng)的溫控并不好，3000步的時(shí)候389度，懷疑系統(tǒng)是否已經(jīng)平衡，建議增加弛豫時(shí)間，或者調(diào)整nvt那一行的參數(shù)。 |
6樓2015-11-24 00:22:09
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10樓2015-11-27 23:06:27
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