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chufengj新蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
dump命令無(wú)法導(dǎo)出文件 已有1人參與
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-------------------------------------------------------以下是疑惑--------------------------------------------------------------------------- 我想做的是導(dǎo)出不同溫度弛豫時(shí)，銅原子的勢(shì)能，用compute計(jì)算然后用dump導(dǎo)出。 可是現(xiàn)在dump無(wú)法導(dǎo)出，但是它又沒(méi)報(bào)錯(cuò)，所以在想會(huì)不會(huì)是導(dǎo)出到其他文件夾里面了。 還有，我用thermo輸出熱力學(xué)信息，里面的E_Pair、E_mol分別代表什么？ 請(qǐng)各位指導(dǎo)，謝謝！ in 1.png in2.png out1.png out2.png |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
chufengj: 金幣+50, ★★★★★最佳答案, 解決問(wèn)題了 2015-11-23 22:27:43
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lammps是從上到下逐行執(zhí)行的，所以得注意命令的順序 你的run在dump前面，已經(jīng)run了，所以就不dump了 把dump那一行剪切貼到run的前面就行了 |
2樓2015-11-21 18:24:20
chufengj
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3樓2015-11-23 22:31:20
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4樓2015-11-23 22:31:43
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5樓2015-11-23 22:37:45
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1，關(guān)于能量 etotal是系統(tǒng)總能量=系統(tǒng)勢(shì)能+動(dòng)能 E_pair是對(duì)勢(shì)的能量。比如你只用LJ勢(shì)函數(shù)，就統(tǒng)計(jì)的全部是對(duì)勢(shì) E_mol是分子能，包括鍵長(zhǎng)、鍵角、二面角變化需要的能量。 如果要模擬碳管、石墨之類(lèi)的或者碳?xì)浠衔�、烴類(lèi)等，就可能需要統(tǒng)計(jì)鍵長(zhǎng)、鍵角、二面角能量 而就你上傳的算例而言，銅是金屬，用的是EAM勢(shì)函數(shù)，所以無(wú)所謂鍵長(zhǎng)、鍵角、二面角能量 如果要做一個(gè)能量隨時(shí)間或者溫度的變化曲線(xiàn)，直接用etotal好了 2，關(guān)于輸出文件， 打不開(kāi)是啥意思？難道你是雙擊*.atom文件？如果是雙擊的話(huà)，肯定打不開(kāi)。。。 如果你想要查看系統(tǒng)的形貌隨時(shí)間的演化，去下載vmd或atomeye打開(kāi) 如果你想要統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)，下載個(gè)文本編輯器，例如ultraedit之類(lèi)的 3，另外幫你檢查了輸入文件，其中可能的問(wèn)題： （1）timestep, 0.01太大了，系統(tǒng)容易崩潰，一般用0.001 （2）勢(shì)函數(shù)，銅的勢(shì)函數(shù)不要用系統(tǒng)自帶的Cu_u3.eam，當(dāng)然如果只是拿來(lái)練手就沒(méi)事，如果用來(lái)發(fā)paper可能會(huì)被審稿人揪著不放的 （3）系統(tǒng)的溫控并不好，3000步的時(shí)候389度，懷疑系統(tǒng)是否已經(jīng)平衡，建議增加弛豫時(shí)間，或者調(diào)整nvt那一行的參數(shù)。 |
6樓2015-11-24 00:22:09
kenybin
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7樓2015-11-24 07:09:15
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8樓2015-11-24 07:09:38
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9樓2015-11-27 23:02:40
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10樓2015-11-27 23:06:27
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