 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2957 | 回復(fù): 2 | ||||
lirry1991銅蟲 (初入文壇)
|
[求助]
請(qǐng)問應(yīng)該如何進(jìn)行VMD配位數(shù)著色， 已有2人參與
|
| RT |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 哎哎哎 |
» 猜你喜歡
招08考數(shù)學(xué)
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
291求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
276求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
一志愿070300浙大化學(xué)358分，求調(diào)劑！
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
一志愿中南大學(xué)化學(xué)學(xué)碩0703總分337求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
一志愿北京化工大學(xué) 070300 學(xué)碩 336分 求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
323求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
352求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
一志愿東華大學(xué)化學(xué)070300，求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
277材料科學(xué)與工程080500求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
luftf
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 51 (初中生)
- 金幣: 3257.7
- 散金: 685
- 紅花: 19
- 帖子: 541
- 在線: 200.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 821742
- 注冊(cè): 2009-08-04
- 性別: GG
- 專業(yè): 金屬材料的力學(xué)行為
【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
|
參加這個(gè)帖子，里面有詳細(xì)解釋： http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=20716 ======================================== 最近論壇里許多朋友都想使用vmd來顯示lammps運(yùn)算中原子的輔助性質(zhì)，比如將原子根據(jù)其應(yīng)力、能量、溫度等輔助性質(zhì)進(jìn)行著色，下面的帖子進(jìn)行了很詳細(xì)的討論http://www.mdbbs.org/viewthread. ... ;amp;highlight=user 在這個(gè)帖子的基礎(chǔ)上我分享一下具體的實(shí)現(xiàn)過程。 1>首先要在lammps的input script里設(shè)定要輸出的輔助性質(zhì)并將其輸出。這里我們以中心對(duì)稱參數(shù)csp為例 ................. compute csp all centro/atom ................. dump pe all custom 1000 dump.pe id type x y z c_csp 2>將得到的dump.csp文件使用附件里的csp2pdb.awk工具轉(zhuǎn)換為PDB格式 gawk -f csp2pdb.awk dump.csp > dump.csp.pdb 3>為了使用vmd里的user選項(xiàng)來使原子根據(jù)csp值進(jìn)行著色，需要通過附件里的pdbofactor.tcl工具將PDB格式里的bfactor轉(zhuǎn)換成vmd里的user。操作如下： 打開vmd后，在vmd的命令行里依次敲入以下兩行命令即可讀入轉(zhuǎn)換后的PDB文件： source pdbofactor.tcl pdbofactor dump.csp.pdb (注意：需要先進(jìn)入到包含pdbofactor.tcl和dump.csp.pdb的路徑) 4>接下來就是使用user來使原子根據(jù)其csp值顯示顏色了。 Graphical Representations窗口里，draw style里的coloring method選擇user，這個(gè)時(shí)候圖形里的原子就會(huì)根據(jù)csp值來顯示不同顏色了。 你也可以在Trajectory里調(diào)整Color scale data range來調(diào)整color map以達(dá)到最好的顯示效果。 下圖就是我使用vmd顯示的Ni3Al納米壓痕過程的一個(gè)圖片。 |
2樓2015-11-23 19:57:13
xbb20121991
銀蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 18 (小學(xué)生)
- 金幣: 443.6
- 紅花: 7
- 帖子: 140
- 在線: 114.1小時(shí)
- 蟲號(hào): 3435358
- 注冊(cè): 2014-09-23
- 專業(yè): 金屬材料的微觀結(jié)構(gòu)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
lirry1991: 金幣+5, ★★★很有幫助 2015-12-04 11:16:20
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
lirry1991: 金幣+5, ★★★很有幫助 2015-12-04 11:16:20
|
樓上說的這個(gè)之外，我之前還找到了另兩個(gè)處理辦法跟大家分享。 http://dxli75.blog.163.com/blog/static/106768289201032004249763/ 這個(gè)需要把你著色那行參數(shù)單獨(dú)提取出來 http://blog.sciencenet.cn/blog-566436-823784.html 這個(gè)對(duì)應(yīng)則可以直接對(duì)于lammpstrj這類軌跡文件直接計(jì)算 |
3樓2015-11-24 06:53:57
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 lirry1991 的主題更新
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 323求調(diào)劑 +6 | 洼小桶 2026-03-18 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 307求調(diào)劑 +11 | 冷笙123 2026-03-17 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 324求調(diào)劑 +6 | lucky呀呀呀鴨 2026-03-20 | 6/300 |
|
|
[考研] 070300化學(xué)求調(diào)劑 +3 | 苑豆豆 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +4 | 來好運(yùn)來來來 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料 271求調(diào)劑 +5 | 展信悅_ 2026-03-21 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 299求調(diào)劑 +5 | shxchem 2026-03-20 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 266求調(diào)劑 +3 | 哇呼哼呼哼 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 316求調(diào)劑 +6 | 梁茜雯 2026-03-19 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 070300化學(xué)319求調(diào)劑 +7 | 錦鯉0909 2026-03-17 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 303求調(diào)劑 +5 | 睿08 2026-03-17 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 083200學(xué)碩321分一志愿暨南大學(xué)求調(diào)劑 +3 | innocenceF 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 二本跨考鄭大材料306英一數(shù)二 +3 | z1z2z3879 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 321求調(diào)劑 +9 | 何潤(rùn)采123 2026-03-18 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 330求調(diào)劑 +4 | 小材化本科 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿 南京航空航天大學(xué)大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩 +5 | @taotao 2026-03-20 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | @taotao 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料與化工專碩調(diào)劑 +7 | heming3743 2026-03-16 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿南理工085701環(huán)境302求調(diào)劑院校 +3 | 葵梓衛(wèi)隊(duì) 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085601求調(diào)劑 +4 | Du.11 2026-03-16 | 4/200 |
|