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lirry1991銅蟲 (初入文壇)
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[求助]
請問應該如何進行VMD配位數(shù)著色， 已有2人參與
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 哎哎哎 |
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luftf
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【答案】應助回帖
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參加這個帖子，里面有詳細解釋： http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=20716 ======================================== 最近論壇里許多朋友都想使用vmd來顯示lammps運算中原子的輔助性質，比如將原子根據(jù)其應力、能量、溫度等輔助性質進行著色，下面的帖子進行了很詳細的討論http://www.mdbbs.org/viewthread. ... ;amp;highlight=user 在這個帖子的基礎上我分享一下具體的實現(xiàn)過程。 1>首先要在lammps的input script里設定要輸出的輔助性質并將其輸出。這里我們以中心對稱參數(shù)csp為例 ................. compute csp all centro/atom ................. dump pe all custom 1000 dump.pe id type x y z c_csp 2>將得到的dump.csp文件使用附件里的csp2pdb.awk工具轉換為PDB格式 gawk -f csp2pdb.awk dump.csp > dump.csp.pdb 3>為了使用vmd里的user選項來使原子根據(jù)csp值進行著色，需要通過附件里的pdbofactor.tcl工具將PDB格式里的bfactor轉換成vmd里的user。操作如下： 打開vmd后，在vmd的命令行里依次敲入以下兩行命令即可讀入轉換后的PDB文件： source pdbofactor.tcl pdbofactor dump.csp.pdb (注意：需要先進入到包含pdbofactor.tcl和dump.csp.pdb的路徑) 4>接下來就是使用user來使原子根據(jù)其csp值顯示顏色了。 Graphical Representations窗口里，draw style里的coloring method選擇user，這個時候圖形里的原子就會根據(jù)csp值來顯示不同顏色了。 你也可以在Trajectory里調整Color scale data range來調整color map以達到最好的顯示效果。 下圖就是我使用vmd顯示的Ni3Al納米壓痕過程的一個圖片。 |
2樓2015-11-23 19:57:13
xbb20121991
銀蟲 (小有名氣)
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【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★
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lirry1991: 金幣+5, ★★★很有幫助 2015-12-04 11:16:20
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lirry1991: 金幣+5, ★★★很有幫助 2015-12-04 11:16:20
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樓上說的這個之外，我之前還找到了另兩個處理辦法跟大家分享。 http://dxli75.blog.163.com/blog/static/106768289201032004249763/ 這個需要把你著色那行參數(shù)單獨提取出來 http://blog.sciencenet.cn/blog-566436-823784.html 這個對應則可以直接對于lammpstrj這類軌跡文件直接計算 |
3樓2015-11-24 06:53:57
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