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[求助] MS模擬中的一些問(wèn)題，望大神幫幫忙！

我在用MS做環(huán)氧樹(shù)脂的交聯(lián)反應(yīng)，先是建立一個(gè)AC盒子，在里面放入反應(yīng)物，然后，我自己手動(dòng)交聯(lián)之后，需要在這個(gè)交聯(lián)體系中放入一些有害物質(zhì)的小分子，但是在AC的construction模塊中，無(wú)法加入這個(gè)交聯(lián)體系，所以，我就沒(méi)有辦法將小分子放入到聚合體中，求各位大神幫忙解答！謝謝各位了！

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1樓 2015-11-25 16:39:26

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月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流 2015-11-26 14:29:00

ac的功能主要是把沒(méi)晶胞的小分子組合到一起放到一個(gè)晶胞，你的聚合物已經(jīng)在盒子里了，所以不能作為ac task的輸入文件

2種方法
adsorption locator，可以在晶胞中直接添加小分子
聚合物盒子把聚合物鏈復(fù)制出來(lái)做個(gè)新的xsd，新的xsd和小分子xsd作為ac task的輸入文件

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2樓2015-11-25 16:48:28

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4樓: Originally posted by 鬼斗1990 at 2015-11-26 09:26:39
大神！你說(shuō)的以上的方法都必須是這個(gè)交聯(lián)體系是一個(gè)整體，然而，我在進(jìn)行交聯(lián)反應(yīng)時(shí)，整個(gè)AC盒子里面它是沒(méi)有辦法成為一個(gè)整體的，它是有一些長(zhǎng)鏈，中短鏈組合而成的，如果是這樣，那該怎么往這個(gè)體系中添加另外的 ...

那就用adsorption locator，打開(kāi)你的AC盒子，選adsorption locator功能，adsorbate里選擇要放進(jìn)去的小分子的xsd

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5樓2015-11-26 09:58:42

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6樓: Originally posted by 鬼斗1990 at 2015-11-28 11:09:11
大神，我在操作adsorption locator時(shí)，我想知道Task中模擬退火的設(shè)置是不是就是我以后退火的設(shè)置，或者是以后操作退火時(shí)的補(bǔ)充設(shè)置。在AC盒子中添加小分子對(duì)于AC盒子本身有什么要求嗎？還有，我在添加時(shí)老是出現(xiàn)任 ...

這里的退火和以后做forcite的退火不一樣

我也不清楚你這個(gè)哪里錯(cuò)誤了，你點(diǎn)提示框的yes，download的一些文件里會(huì)有錯(cuò)誤的信息

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7樓2015-11-30 10:39:05

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2樓: Originally posted by pigrass at 2015-11-25 16:48:28
ac的功能主要是把沒(méi)晶胞的小分子組合到一起放到一個(gè)晶胞，你的聚合物已經(jīng)在盒子里了，所以不能作為ac task的輸入文件

2種方法
adsorption locator，可以在晶胞中直接添加小分子
聚合物盒子把聚合物鏈復(fù)制出來(lái)做 ...

大神！你說(shuō)的以上的方法都必須是這個(gè)交聯(lián)體系是一個(gè)整體，然而，我在進(jìn)行交聯(lián)反應(yīng)時(shí)，整個(gè)AC盒子里面它是沒(méi)有辦法成為一個(gè)整體的，它是有一些長(zhǎng)鏈，中短鏈組合而成的，如果是這樣，那該怎么往這個(gè)體系中添加另外的小分子？
謝謝大神的幫忙！

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3樓2015-11-26 09:26:28

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4樓2015-11-26 09:26:39

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5樓: Originally posted by pigrass at 2015-11-26 09:58:42
那就用adsorption locator，打開(kāi)你的AC盒子，選adsorption locator功能，adsorbate里選擇要放進(jìn)去的小分子的xsd...

大神，我在操作adsorption locator時(shí)，我想知道Task中模擬退火的設(shè)置是不是就是我以后退火的設(shè)置，或者是以后操作退火時(shí)的補(bǔ)充設(shè)置。在AC盒子中添加小分子對(duì)于AC盒子本身有什么要求嗎？還有，我在添加時(shí)老是出現(xiàn)任務(wù)終止，大神幫我看看為什么？謝謝大神了
大神這次回應(yīng)助孝敬大神金幣謝謝多次幫忙

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6樓2015-11-28 11:09:11

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7樓: Originally posted by pigrass at 2015-11-30 10:39:05
這里的退火和以后做forcite的退火不一樣

我也不清楚你這個(gè)哪里錯(cuò)誤了，你點(diǎn)提示框的yes，download的一些文件里會(huì)有錯(cuò)誤的信息...

大神，幫我看看，這是我點(diǎn)了yes之后的結(jié)果，也就是我的操做失敗的原因，我是新手，知道的太少了，問(wèn)了這么多，麻煩了，謝謝

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8樓2015-12-01 21:18:36

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8樓: Originally posted by 鬼斗1990 at 2015-12-01 21:18:36
大神，幫我看看，這是我點(diǎn)了yes之后的結(jié)果，也就是我的操做失敗的原因，我是新手，知道的太少了，問(wèn)了這么多，麻煩了，謝謝

LZA3OL96QJ5Y@8UO4EUHQOI.png
...

錯(cuò)誤描述很簡(jiǎn)單，你的BPA分子加不進(jìn)AC胞里面

可能原因有幾個(gè)：
100000步數(shù)太少
AC胞內(nèi)的空隙太小塞不進(jìn)BPA分子

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9樓2015-12-02 08:20:46

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大神，我前面的錯(cuò)誤，你說(shuō)是BPA分子加不進(jìn)AC盒子里面，所以，我就調(diào)節(jié)了聚合體的密度，使得AC盒子的體積變大，但是，仍然出現(xiàn)相同的錯(cuò)誤。
我如果直接在做聚合物時(shí)就把小分子單體放入到AC盒子中，顯示的AC盒子的尺寸還小于我把密度變小之后的體積，這是為什么？就是添加不進(jìn)去
求大神解答！謝謝

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10樓2015-12-02 18:54:20

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