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[交流] 求教vasp中的PBS腳本如何實(shí)現(xiàn)循環(huán)？已有4人參與

比如我想實(shí)現(xiàn)以下的循環(huán)，用PBS腳本提交任務(wù)的話，應(yīng)該怎么編寫(xiě)？
新人，沒(méi)金幣，不好意思了

#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 150 200 250 300 350 400
do
cat > INCAR <<!
SYSTEM = Si-Diamond
ENCUT = $i
ISTART = 0 ; ICHARG = 2
ISMEAR = -5
PREC = Accurate
!
echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp
E=‘grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk ’{printf "%12.6f \n", $5 }’‘
echo $i $E >>comment
done

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1樓 2015-12-10 21:54:03

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afan0012

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cat > INCAR <<!，這里我都是寫(xiě)成cat > INCAR <<EOF，不知道有什么區(qū)別。準(zhǔn)備好輸入文件，再加上qsub命令就可以了。比如cat INCAR 結(jié)束后，加上qsub job.pbs(即提交任務(wù)用的腳本)。

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2樓2015-12-11 08:44:56

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引用回帖:

2樓: Originally posted by afan0012 at 2015-12-11 08:44:56
cat > INCAR <<!，這里我都是寫(xiě)成cat > INCAR <<EOF，不知道有什么區(qū)別。準(zhǔn)備好輸入文件，再加上qsub命令就可以了。比如cat INCAR 結(jié)束后，加上qsub job.pbs(即提交任務(wù)用的腳本)。

沒(méi)太看懂，到底qsub job.pbs加在哪呢？

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3樓2015-12-14 19:39:49

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busstop

禁蟲(chóng) (小有名氣)

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4樓2015-12-15 16:18:33

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jiangph

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大致就是你寫(xiě)的這樣，但是要加vasp運(yùn)行的命令
手機(jī)回復(fù)，不方便添加我自己的腳本，如果有需要的話回頭給你貼一個(gè)

發(fā)自小木蟲(chóng)IOS客戶端

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5樓2015-12-15 21:22:25

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引用回帖:

5樓: Originally posted by jiangph at 2015-12-15 21:22:25
大致就是你寫(xiě)的這樣，但是要加vasp運(yùn)行的命令
手機(jī)回復(fù)，不方便添加我自己的腳本，如果有需要的話回頭給你貼一個(gè)

不是啊，我這是sh的腳本，我們提交作業(yè)用的是PBS腳本

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6樓2015-12-15 23:59:00

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jiangph

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6樓: Originally posted by 635585968 at 2015-12-15 23:59:00
不是啊，我這是sh的腳本，我們提交作業(yè)用的是PBS腳本...

PBS腳本不是shell腳本么？
這是我們用來(lái)測(cè)試K點(diǎn)的腳本，題主可以參考一下

#!/bin/bash
#PBS -N kpoints
#PBS -j oe
#PBS -l nodes=2:ppn=20
#PBS -l walltime=800:00:00
#PBS -q lhj

nprocs=`wc -l < $PBS_NODEFILE`
cd $PBS_O_WORKDIR

for i in 3 5 7 9 11 13 15
do
cat >KPOINTS <<!
auto generate
0
M
$i $i 1
0 0 0
!

/public/intel/impi/4.1.0.024/intel64/bin/mpirun -np $nprocs ~/bin/vasp.5.3

E=`grep "entropy =" OUTCAR |tail -1| awk '{printf "%12.6f \n",$5}'`

echo $i $E >>newkpoints
rm WAVECAR CHG*
done

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7樓2015-12-16 09:58:00

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7樓: Originally posted by jiangph at 2015-12-16 09:58:00
PBS腳本不是shell腳本么？
這是我們用來(lái)測(cè)試K點(diǎn)的腳本，題主可以參考一下

#!/bin/bash
#PBS -N kpoints
#PBS -j oe
#PBS -l nodes=2:ppn=20
#PBS -l walltime=800:00:00
#PBS -q lhj

nprocs=`wc -l &l ...

謝了，我去算下

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8樓2015-12-16 22:03:42

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qiqiangong

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樓主請(qǐng)問(wèn)能提供一下正確的腳本嗎？不勝感激，這個(gè)問(wèn)題已經(jīng)困擾很久了。

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9樓2019-10-02 15:17:05

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因?yàn)榭偸且床贿\(yùn)行要么運(yùn)行出來(lái)是錯(cuò)的

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10樓2019-10-02 15:34:18

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