 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2136 | 回復: 6 | |||
| 當前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
趙紅霞鐵桿木蟲 (著名寫手)
|
[求助]
聚合物的pdb文件生成psf文件用于NAMD動力學計算 已有1人參與
|
||
|
想用全原子做聚合物（聚電解質）在溶液里的構象，因為體系大，materials studio算起來慢，想在NAMD里算。在生成psf文件時遇到問題，請各位支招。 1. 先在materials studio構建好了聚合物分子，導出為pdb格式。 2. 下一步生成psf文件，不知道哪種方法好用，我暫且先選擇在VMD里借助psfgen轉化。pgn文件如下： package require psfgen topology par_all27_prot_lipid_na.inp segment U {pdb PCE1_period30nm11.pdb} coordpdb PCE1_period30nm11.pdb U guesscoord writepdb PCE1_period30nm11.pdb writepsf PCE1_period30nm11.psf 問題來了，因為charmm或者amber力場主要針對蛋白和核酸體系，里面規(guī)定了標準的殘基名，根據(jù)殘基來規(guī)定殘基里每個原子的力場參數(shù)。 我的polymer的殘基名無法識別。請問如何解決？ PS：雖然charmm或者amber力場主要針對蛋白和核酸體系，但是我看到文獻里仍然有人拿它們做別的polymer。那么psf如何生成呢？ |
回復此樓» 猜你喜歡
一志愿西電085401數(shù)一英一299求調劑 六級521
已經(jīng)有3人回復
-
生物考研337分求調劑
已經(jīng)有5人回復
-
求調劑：085600材料與化工，考材科基，總分319
已經(jīng)有14人回復
-
285求調劑
已經(jīng)有10人回復
-
化學工程085602 305分求調劑
已經(jīng)有29人回復
-
理學07化學 303求調劑
已經(jīng)有5人回復
-
081200-11408-276學碩求調劑
已經(jīng)有3人回復
-
土木304求調劑
已經(jīng)有5人回復
-
一志愿中國科學院大學265求調劑
已經(jīng)有7人回復
-
286求調劑
已經(jīng)有8人回復
» 本主題相關商家推薦: (我也要在這里推廣)
王飯飯_
新蟲 (初入文壇)
- 應助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 129
- 散金: 10
- 帖子: 41
- 在線: 6.5小時
- 蟲號: 28174891
- 注冊: 2022-01-16
- 性別: MM
- 專業(yè): 計算機軟件
7樓2023-02-06 20:27:49
趙紅霞
鐵桿木蟲 (著名寫手)
- 應助: 73 (初中生)
- 金幣: 6119.9
- 散金: 141
- 紅花: 33
- 帖子: 1541
- 在線: 700.9小時
- 蟲號: 1544094
- 注冊: 2011-12-20
- 性別: MM
- 專業(yè): 理論和計算化學
2樓2015-12-17 22:57:38
lsloneil
專家顧問 (正式寫手)
-
專家經(jīng)驗: +49 - 模擬EPI: 2
- 應助: 148 (高中生)
- 金幣: 8640.9
- 散金: 507
- 紅花: 30
- 帖子: 505
- 在線: 598.4小時
- 蟲號: 556471
- 注冊: 2008-05-11
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學
- 管轄: 分子模擬
3樓2015-12-18 01:35:44
趙紅霞
鐵桿木蟲 (著名寫手)
- 應助: 73 (初中生)
- 金幣: 6119.9
- 散金: 141
- 紅花: 33
- 帖子: 1541
- 在線: 700.9小時
- 蟲號: 1544094
- 注冊: 2011-12-20
- 性別: MM
- 專業(yè): 理論和計算化學
4樓2015-12-18 07:29:07
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿南昌大學324求調劑 +5 | hanamiko 2026-03-30 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 085600 295分求調劑 +8 | W55j 2026-03-30 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 考研生物與醫(yī)藥調劑 +3 | 鐵憨憨123425 2026-03-31 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿鄭大材料工程290求調劑 +12 | Youth_ 2026-03-30 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 311求調劑 +7 | 藍月亮亮 2026-03-30 | 7/350 |
|
|
|
[考研]
 105500藥學求調劑，一志愿山東大學藥學，348分
+3
|
gr哈哈哈 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 考研調劑 +7 | 小蠟新筆 2026-03-29 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 343求調劑085601 +3 | 要努力學習x 2026-03-29 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 081200-11408-276學碩求調劑 +6 | 崔wj 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 315求調劑 +4 | akie... 2026-03-28 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 394求調劑 +3 | 好事多磨靜候佳?/a> 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求調劑 +6 | 蘆lty 2026-03-25 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 286求調劑 +12 | PolarBear11 2026-03-26 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 330一志愿中國海洋大學 化學工程 085602 有讀博意愿 求調劑 +3 | wywy.. 2026-03-27 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 安徽大學專碩生物與醫(yī)藥專業(yè)(086000)324分，英語已過四六級，六級521，求調劑 +4 | 美味可樂雞翅 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 348求調劑 +4 | 小懶蟲不懶了 2026-03-27 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 考研調劑 +10 | 呼呼？~+123456 2026-03-24 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 調劑推薦 +5 | 清酒714 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 考研調劑 +9 | 小蠟新筆 2026-03-26 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 求調劑 一志愿 本科 北科大 化學 343 +6 | 13831862839 2026-03-24 | 7/350 |
|