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hxswdl至尊木蟲(chóng) (文壇精英)
Tortoise
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[求助]
有一批基因組的NC號(hào)，求助批量下載對(duì)應(yīng)的基因文件 已有1人參與
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想下載線粒體基因組數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)應(yīng)的所有基因，已經(jīng)批量下載了基因組數(shù)據(jù)，但是基因只知道單個(gè)的怎么下，真心求教！ 單個(gè)下載基因是這樣的： 比如這個(gè)基因組：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_001224.1 只需要選擇send==>coding sequences==>fasta就可以了。 但是這樣的基因組有點(diǎn)多，幾百個(gè)，請(qǐng)問(wèn)怎么批量下載呢？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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簡(jiǎn)單粗暴的方法： 用你的例子下載了一個(gè)文件, 觀察到下載鏈接是： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/svie ... 6&maxplex=3 這個(gè)下載鏈接其實(shí)是有格式的，比如說(shuō)val=49643087這個(gè)參數(shù)就是gene的GI number,所以所以想下載哪個(gè)gene就用哪個(gè)gene的GI number在此處替換。很簡(jiǎn)單的腳本就能完成。 官方一點(diǎn)的NCBI大批量處理數(shù)據(jù)的工具Entrez Programming Utilities 給個(gè)鏈接：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25500/ 自己慢慢研究吧 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
hxswdl2樓2016-01-03 22:32:10
hxswdl
至尊木蟲(chóng) (文壇精英)
Tortoise
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3樓2016-01-03 22:47:14
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