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hxswdl至尊木蟲 (文壇精英)
Tortoise
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[求助]
有一批基因組的NC號，求助批量下載對應(yīng)的基因文件 已有1人參與
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想下載線粒體基因組數(shù)據(jù)庫對應(yīng)的所有基因，已經(jīng)批量下載了基因組數(shù)據(jù)，但是基因只知道單個的怎么下，真心求教！ 單個下載基因是這樣的： 比如這個基因組：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_001224.1 只需要選擇send==>coding sequences==>fasta就可以了。 但是這樣的基因組有點(diǎn)多，幾百個，請問怎么批量下載呢？ |
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hxswdl
至尊木蟲 (文壇精英)
Tortoise
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送紅花一朵 
3樓2016-01-03 22:47:14
【答案】應(yīng)助回帖
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簡單粗暴的方法： 用你的例子下載了一個文件, 觀察到下載鏈接是： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/svie ... 6&maxplex=3 這個下載鏈接其實是有格式的，比如說val=49643087這個參數(shù)就是gene的GI number,所以所以想下載哪個gene就用哪個gene的GI number在此處替換。很簡單的腳本就能完成。 官方一點(diǎn)的NCBI大批量處理數(shù)據(jù)的工具Entrez Programming Utilities 給個鏈接：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25500/ 自己慢慢研究吧 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
2樓2016-01-03 22:32:10
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