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椪柑某基因全長擴增遇到困難,請大家指點指點,謝謝!
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現(xiàn)在在做椪柑HSF基因的克隆實驗,已有柑橘(椪柑屬于柑橘屬)全基因組序列,需要擴增的基因序列是在甜橙基因庫里搜索得到的(http://citrus.hzau.edu.cn/orange/index.php)。甜橙基因庫中找到目標(biāo)基因CDS區(qū)域,用primerp5頭尾數(shù)出長度為17-24bp的堿基作為引物(下游為互補),但都無法擴增出條帶(17-27bp的都試過了),已經(jīng)做將近一個月了,很想在過年前做完,很是苦惱。 酶用的是TAKARA的LA-taq酶; cDNA使用前用actenin檢測,感覺也沒啥大問題; 同屬不同品種的植物基因序列會不會出現(xiàn)差異導(dǎo)致無法擴增?; 引物設(shè)計基本原則也知道,但是需要克隆CDS區(qū)域全序列,只能在頭尾設(shè)計的引物,所以在primer5上的評分并不高,但若椪柑中存在該基因PCR擴增引物應(yīng)該也不會有多大問題呀!?; 大家以前有做過類似實驗嗎,請說出你們的想法和建議,謝謝! |
新蟲 (小有名氣)
銅蟲 (正式寫手)

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