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keke191045銅蟲 (初入文壇)
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[求助]
DS中solvation和minimization的具體問題
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用DS 在做一個蛋白的建模，建模的模型評價挺高。經(jīng)過優(yōu)化之后，評價就降得很低。 問題1：在做solvation的時候，我看書上要求體系和溶液的密度一致，選用長方形盒子這個怎么保證？Minimum Distance From Boundary具體是什么意思，是設(shè)置溶劑盒子大小的嗎？我計算的盒子L=42埃，但不知道怎樣設(shè)置 問題2：solvation之后試著做了minimization，優(yōu)化使用Steepest Descent和Conjugate Gradient兩種方法，Steepest Descent直至RMS Gradient <0.1 kcal/mol，Conjugate Gradient直至RMS Gradient <0.001 kcal/mol，不知道是不是我過分追求能量低，優(yōu)化的結(jié)果評價都不高，但是如果能量沒降下來，是不能做分子動力學(xué)模擬的 問題3：在優(yōu)化過程中設(shè)置3個束縛，最后再全釋放，比如說我先束縛重原子，優(yōu)化H，設(shè)置了constraint之后，要把minimization和dynamic的步驟都做完之后，再去設(shè)置另一個束縛，再做minimization和dynamic，是這樣的嗎？ |
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keke191045
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4樓2016-09-01 11:04:36
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