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zeroon木蟲 (正式寫手)
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[求助]
高分求助大神幫我優(yōu)化密碼子，能不能解決，進來看看也是學(xué)習 已有2人參與
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背景情況是這樣的，我現(xiàn)在有一個菌株，已經(jīng)做了全基因組測序和幾個轉(zhuǎn)錄組測序，數(shù)據(jù)都有。 然后呢，我有一段來自酵母的基因序列，要把這段基因放在我這個菌里表達。 前期工作發(fā)現(xiàn)，直接把這個基因轉(zhuǎn)入我的菌里，表達量有點低，已經(jīng)確認啟動子沒問題，現(xiàn)在判斷是密碼子沒有優(yōu)化造成的。 而我這個菌目前在各個在線的密碼子優(yōu)化網(wǎng)站中都沒有數(shù)據(jù)。 現(xiàn)在我想優(yōu)化密碼子，請大神指導(dǎo)下，我該具體怎么做？ |
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zeroon
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2樓2016-01-09 16:20:25
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3樓2016-01-09 17:06:42
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5樓2016-01-10 12:11:59
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6樓2016-01-11 08:55:26
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密碼子優(yōu)化 密碼子是一方面，還有其他條件優(yōu)化，比如特定功能的Motif，GC含量，mRNA二級結(jié)構(gòu)，限制性酶切位點，及后續(xù)的蛋白表達條件優(yōu)化，對表達量都有影響（關(guān)于密碼子優(yōu)化 文章 http://www.detaibio.com/gene-expression-optimization.html） 如果單針對密碼子的話，根據(jù)氨基酸密碼子的簡并性可知，替換密碼子表達的蛋白不會改變，因此針對特定的表達系統(tǒng)（原核表達，酵母表達或哺乳動物細胞）將現(xiàn)有序列中個系統(tǒng)不喜歡的密碼子替換掉，得到新的基因序列即可，這只是針對密碼子優(yōu)化序列的優(yōu)化，當然也還有其他的，就另說了 |
7樓2016-01-11 10:52:51
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