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zeroon木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
高分求助大神幫我優(yōu)化密碼子，能不能解決，進(jìn)來(lái)看看也是學(xué)習(xí) 已有2人參與
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背景情況是這樣的，我現(xiàn)在有一個(gè)菌株，已經(jīng)做了全基因組測(cè)序和幾個(gè)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，數(shù)據(jù)都有。 然后呢，我有一段來(lái)自酵母的基因序列，要把這段基因放在我這個(gè)菌里表達(dá)。 前期工作發(fā)現(xiàn)，直接把這個(gè)基因轉(zhuǎn)入我的菌里，表達(dá)量有點(diǎn)低，已經(jīng)確認(rèn)啟動(dòng)子沒(méi)問(wèn)題，現(xiàn)在判斷是密碼子沒(méi)有優(yōu)化造成的。 而我這個(gè)菌目前在各個(gè)在線(xiàn)的密碼子優(yōu)化網(wǎng)站中都沒(méi)有數(shù)據(jù)。 現(xiàn)在我想優(yōu)化密碼子，請(qǐng)大神指導(dǎo)下，我該具體怎么做？ |
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密碼子優(yōu)化 密碼子是一方面，還有其他條件優(yōu)化，比如特定功能的Motif，GC含量，mRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)，限制性酶切位點(diǎn)，及后續(xù)的蛋白表達(dá)條件優(yōu)化，對(duì)表達(dá)量都有影響（關(guān)于密碼子優(yōu)化 文章 http://www.detaibio.com/gene-expression-optimization.html） 如果單針對(duì)密碼子的話(huà)，根據(jù)氨基酸密碼子的簡(jiǎn)并性可知，替換密碼子表達(dá)的蛋白不會(huì)改變，因此針對(duì)特定的表達(dá)系統(tǒng)（原核表達(dá)，酵母表達(dá)或哺乳動(dòng)物細(xì)胞）將現(xiàn)有序列中個(gè)系統(tǒng)不喜歡的密碼子替換掉，得到新的基因序列即可，這只是針對(duì)密碼子優(yōu)化序列的優(yōu)化，當(dāng)然也還有其他的，就另說(shuō)了 |
7樓2016-01-11 10:52:51
zeroon
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 16 (小學(xué)生)
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2樓2016-01-09 16:20:25
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3樓2016-01-09 17:06:42
a13515517892
木蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 74 (初中生)
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5樓2016-01-10 12:11:59
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