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泛分子木蟲 (初入文壇)
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[求助]
為什么Amber跑的模擬前半段正常，后半段變成了二維平面？
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NPT的輸入文件設(shè)置如下—— stage1: 200ns npt &cntrl imin=0,ntb=2,cut=12, ntc=2,ntf=2, nstlim=100000000,dt=0.002, ntpr=1000,ntwx=1000, ntt=1,tautp=1, ntp=1,taup=1.2,pres0=1, tempi=300,temp0=300, irest=1,ntx=5 / 跑出來的結(jié)果前八萬七千多幀正常，后面全變成了二位平面，RMSD值看起來基本正常，但會(huì)影響結(jié)合能等分析，報(bào)錯(cuò)原因是原子不匹配。 請(qǐng)問各位大神這到底是怎么回事？ 54820幀.png 93500幀.png |
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泛分子
木蟲 (初入文壇)
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4樓2016-03-24 19:56:24
G、sir
木蟲 (小有名氣)
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把管子fixed 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
3樓2016-03-24 00:15:33
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