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張德濤木蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
Gromacs中，小分子力場(chǎng)的生成 已有2人參與
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大家好 ，初學(xué)GROMACS，在分子力場(chǎng)方面遇到了一個(gè)棘手的問(wèn)題 。我做的是小分子藥物與另一分子對(duì)接之后的動(dòng)力學(xué)模擬 。首先我采用autodock將兩分子對(duì)接，對(duì)接結(jié)果采用Pymol保存成復(fù)合物pdb格式的輸入文件；然后用Gromscs進(jìn)行動(dòng)力學(xué)模擬。GMX中第一步是pdb2gmx，之后會(huì)提示選擇力場(chǎng)，我選擇gromos力場(chǎng)（其實(shí)各個(gè)力場(chǎng)都試了），出現(xiàn)報(bào)錯(cuò)（ 學(xué)的不是很明白，希望大家能在gromacs中生成小分子力場(chǎng)的方法或者實(shí)例（實(shí)例的鏈接也可以）or解決殘基fetal error方法方面給出幫助。Sample Text，鄙人在此感謝大家 輸入命令.png |
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10樓2016-05-20 10:32:35
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2樓2016-01-21 09:04:25
張德濤
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3樓2016-01-22 00:14:37
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4樓2016-01-22 08:44:37
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謝謝你，我又查了查資料，pdb2gmx工具，是gromacs通用工具，只能用于蛋白質(zhì)，DNA、RNA等的生物分子，其他的要用其他的方法。 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
5樓2016-01-22 09:27:06
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6樓2016-01-22 21:25:02
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8樓2016-05-14 13:34:01
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你先下載amber,其中他的ambertools板塊是免費(fèi)的，然后百度amber和gromacs獲取小分子力場(chǎng)，有個(gè)人的博客講的很清楚，記住多百度幾個(gè)關(guān)鍵詞 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
9樓2016-05-15 13:29:45
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