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fmying

銀蟲 (小有名氣)

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這樣遇上ppn不是20的時(shí)候也沒(méi)問(wèn)題。
2 推薦盡量用-machinefile，少用或不用-np。-machinefile使用了就不用制定-np了，而對(duì)于跨結(jié)點(diǎn)的計(jì)算，只能用-machinefile，這個(gè)參數(shù)的適用范圍更廣。

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上善若水

11樓2016-01-24 21:44:56

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小雨熊

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9樓: Originally posted by fmying at 2016-01-24 21:41:09
1 你有在每次qsub之前刪除log嗎？因?yàn)閒orce中的>>是追加哦。N次qsub的內(nèi)容會(huì)全部放到一個(gè)log中的。最好刪除log后再qsub一下看看。
2 你確定是卡在force上了嗎？你從管理節(jié)點(diǎn)用ssh命令登陸計(jì)算節(jié)點(diǎn)是否需要輸 ...

1. 每次qsub 之前都會(huì)刪除log文件
2. 我猜是卡在force上了，log文件中有錯(cuò)誤信息
VERY BAD NEWS! internal error in subroutine IBZKPT:
Reciprocal lattice and k-lattice belong to different class of lattices. Often results are still useful... 168
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected
FFT: planning ...
WAVECAR not read

但反復(fù)修改之后還是有這樣的信息之后就卡著不動(dòng) 他是有占用內(nèi)存和cpu的
另外登陸節(jié)點(diǎn)是要輸入密碼的

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12樓2016-01-24 22:08:16

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小雨熊

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引用回帖:

11樓: Originally posted by fmying at 2016-01-24 21:44:56
這樣遇上ppn不是20的時(shí)候也沒(méi)問(wèn)題。
2 推薦盡量用-machinefile，少用或不用-np。-machinefile使用了就不用制定-np了，而對(duì)于跨結(jié)點(diǎn)的計(jì)算，只能用-machinefile，這個(gè)參數(shù)的適用范圍更廣。

好的謝謝你
另外有個(gè)問(wèn)題單獨(dú)運(yùn)行pbs的腳本是沒(méi)有問(wèn)題可以進(jìn)行計(jì)算的但是像這種要調(diào)用其他腳本的任務(wù)可以運(yùn)行但是計(jì)算速度是不對(duì)的請(qǐng)問(wèn)這個(gè)？

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13樓2016-01-24 22:13:27

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afan0012

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8樓: Originally posted by 小雨熊 at 2016-01-24 19:32:37
qsub 提交

直接執(zhí)行./force就可以了。但是還要做一些修改。準(zhǔn)備好必備的輸入文件，以及POSCAR-00x，有必要的話，修改一下force文件里VASP的執(zhí)行路徑。但是考慮到計(jì)算效率，最好還是加上qsub *.pbs命令，去掉mpiexe那一行，然后修改a的范圍。現(xiàn)在這個(gè)force只能等得到一個(gè)vasprun之后才能執(zhí)行下一個(gè)任務(wù)，而且，也沒(méi)有判斷任務(wù)是否執(zhí)行完的語(yǔ)句，這樣是不對(duì)的。

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14樓2016-01-24 23:33:40

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i19870503

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引用回帖:

13樓: Originally posted by 小雨熊 at 2016-01-24 22:13:27
好的謝謝你
另外有個(gè)問(wèn)題單獨(dú)運(yùn)行pbs的腳本是沒(méi)有問(wèn)題可以進(jìn)行計(jì)算的但是像這種要調(diào)用其他腳本的任務(wù)可以運(yùn)行但是計(jì)算速度是不對(duì)的請(qǐng)問(wèn)這個(gè)？...

嘛…雖然不太了解你那軟件，因?yàn)閱蝹€(gè)運(yùn)行沒(méi)問(wèn)題，shell是可以進(jìn)行并行處理計(jì)算的，如果配置可以的話

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15樓2016-01-25 11:54:34

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14樓: Originally posted by afan0012 at 2016-01-24 23:33:40
直接執(zhí)行./force就可以了。但是還要做一些修改。準(zhǔn)備好必備的輸入文件，以及POSCAR-00x，有必要的話，修改一下force文件里VASP的執(zhí)行路徑。但是考慮到計(jì)算效率，最好還是加上qsub *.pbs命令，去掉mpiexe那一行，然 ...

這個(gè)vasp計(jì)算的目的是通過(guò)POSCAR-00x得到對(duì)應(yīng)的vasprun，這兩個(gè)腳本在A服務(wù)器上是可用的，轉(zhuǎn)到B服務(wù)器上就會(huì)遇到這樣的問(wèn)題
而在pbs腳本中沒(méi)有最后的./force，qsub提交任務(wù)是可以正常運(yùn)算的

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16樓2016-01-25 14:22:51

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16樓: Originally posted by 小雨熊 at 2016-01-25 14:22:51
這個(gè)vasp計(jì)算的目的是通過(guò)POSCAR-00x得到對(duì)應(yīng)的vasprun，這兩個(gè)腳本在A服務(wù)器上是可用的，轉(zhuǎn)到B服務(wù)器上就會(huì)遇到這樣的問(wèn)題
而在pbs腳本中沒(méi)有最后的./force，qsub提交任務(wù)是可以正常運(yùn)算的

...

可以參考phonopy某個(gè)使用說(shuō)明里的腳本�；蛘吖烙�(jì)一下一個(gè)任務(wù)跑完的時(shí)間，如果一小時(shí)能跑完，就在force里面加上sleep 3600 ，之后再跟上cp vasprun* vasprun_00$a。

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17樓2016-01-25 17:28:19

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17樓: Originally posted by afan0012 at 2016-01-25 17:28:19
可以參考phonopy某個(gè)使用說(shuō)明里的腳本。或者估計(jì)一下一個(gè)任務(wù)跑完的時(shí)間，如果一小時(shí)能跑完，就在force里面加上sleep 3600 ，之后再跟上cp vasprun* vasprun_00$a。...

其實(shí)這就是vasp+phonopy運(yùn)算的腳本，運(yùn)算量挺大，一個(gè)小時(shí)跑不完，怎么處理？把sleep后面的數(shù)值改大？謝謝你

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18樓2016-01-25 18:57:33

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15樓: Originally posted by i19870503 at 2016-01-25 11:54:34
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19樓2016-01-25 18:57:55

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18樓: Originally posted by 小雨熊 at 2016-01-25 18:57:33
其實(shí)這就是vasp+phonopy運(yùn)算的腳本，運(yùn)算量挺大，一個(gè)小時(shí)跑不完，怎么處理？把sleep后面的數(shù)值改大？謝謝你...

是的。可以先提交幾個(gè)，統(tǒng)計(jì)過(guò)運(yùn)行時(shí)間后就可以把sleep 后面的數(shù)值改成相應(yīng)的時(shí)間。如果你可以一次提交幾個(gè)任務(wù)，按照phonopy.pdf里面的腳本設(shè)置比較合適，只要把提交任務(wù)的命令改成qsub *.pbs就可以了。如果一次只能運(yùn)行一個(gè)任務(wù)，用sleep 命令，同時(shí)在執(zhí)行寫成 ./force & 讓它后臺(tái)排隊(duì)比較好。即使把force的內(nèi)容寫到vasp腳本里，它也是執(zhí)行不了的。按照你最開始那個(gè)截圖提交腳本的話，就變成了 qsub job.pbs（假設(shè)是這個(gè)名字），然后force開始執(zhí)行，那么你的工作目錄下POSCAR將從01到 30挨個(gè)的換，然后每次都會(huì)提交。連續(xù)提交30個(gè)任務(wù)，不卡住才怪了。。你可以試一下，看看最后的POSCAR是不是和POSCAR-030一樣。

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20樓2016-01-25 19:37:39

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