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小雨熊木蟲 (正式寫手)
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[求助]
vasp腳本問題 已有1人參與
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pbs提交任務(wù)的腳本 在單獨(dú)運(yùn)行vasp任務(wù)時可以用，但是在pbs腳本中調(diào)用force腳本，任務(wù)就不動了，是哪里搞錯了？ 未命名.JPG |
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2樓2016-01-23 17:29:23
小雨熊
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3樓2016-01-23 17:55:10
小雨熊
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#!/bin/sh for a in 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 do cp POSCAR-0$a POSCAR mpiexec -np 20 vasp >> log cp vasprun.xml vasprun.xml-0$a done 這個是force文件 正常執(zhí)行的結(jié)果應(yīng)該是在log文件中顯示 running on 2 nodes distr: one band on 2 nodes, 1 groups vasp.5.2.2 15Apr09 complex POSCAR found : 2 types and 16 ions LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup FFT: planning ...( 1 ) reading WAVECAR entering main loop N E dE d eps ncg rms rms(c) RMM: 1 0.709851747703E+03 0.70985E+03 -0.27547E+04 1640 0.141E+03 但是現(xiàn)在log文件顯示 POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected FFT: planning ... WAVECAR not read 然后卡住不動 |
4樓2016-01-23 18:26:19
5樓2016-01-23 19:54:01
6樓2016-01-23 23:32:48
7樓2016-01-23 23:39:00
小雨熊
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8樓2016-01-24 19:32:37
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
小雨熊: 金幣+15, ★★★很有幫助, 謝謝哦 2016-01-24 22:04:50
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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1 你有在每次qsub之前刪除log嗎？因?yàn)閒orce中的>>是追加哦。N次qsub的內(nèi)容會全部放到一個log中的。最好刪除log后再qsub一下看看。 2 你確定是卡在force上了嗎？你從管理節(jié)點(diǎn)用ssh命令登陸計算節(jié)點(diǎn)是否需要輸入密碼？還是比如 ssh c0101直接無需密碼登陸計算節(jié)點(diǎn)c0101？ |
9樓2016-01-24 21:41:09
10樓2016-01-24 21:43:57
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