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dreamfly_ykf木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
nvt模擬要求表示壓力，如何回答？
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如題，使用nvt模擬了一個(gè)晶體，審稿人問(wèn)題如下： If the NVT runs were production run, please show the pressure variation during simulation run as supporting information 做模擬的都知道壓力波動(dòng)很大，盡管輸出文件中有壓力值，基本上都是在幾百M(fèi)pa波動(dòng)，和實(shí)驗(yàn)值是相差很大的 要做圖獲得模擬期間壓力的變化，這樣結(jié)果很不好看，說(shuō)不定審稿人又提出，壓力和實(shí)際不符和等問(wèn)題 請(qǐng)問(wèn)有人發(fā)文章時(shí)候，被問(wèn)及壓力波動(dòng)嗎，如何回答啊。 |
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 分子動(dòng)力學(xué)模擬 |
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2樓2016-02-02 16:46:16
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
dreamfly_ykf: 金幣+20, ★★★很有幫助, 謝謝 2016-02-24 09:09:18
dreamfly_ykf: 金幣+20, ★★★很有幫助, 謝謝 2016-02-24 09:09:18
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瞬時(shí)壓力波動(dòng)大是NVE/NVT模擬中很常見(jiàn)的現(xiàn)象，為了減小波動(dòng)最有效的方法是增加體系尺寸，因?yàn)榻y(tǒng)計(jì)力學(xué)中漲落是和粒子數(shù)的平方根成反比的。 http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Pressure 這個(gè)問(wèn)題之前在lammps mailing list里也有人問(wèn)過(guò)，唯一的解決方法就是增加體系尺寸，你可以看看這個(gè)帖子及相關(guān)回帖 http://lammps.sandia.gov/threads/msg33152.html 如果你的體系比較小，那么瞬時(shí)壓力波動(dòng)大是再正常不過(guò)了。 你可以計(jì)算一下你的壓力均值，看看跟設(shè)定值有多大差距�；蛘�，可以像下面這張圖，每隔一定步數(shù)（比如每100步）對(duì)壓力取平均作圖，如果這樣計(jì)算出來(lái)的壓力和你設(shè)定值差距不大就沒(méi)問(wèn)題。 http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... zyme/07_equil2.html |
3樓2016-02-04 07:27:33
oxox6085
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4樓2016-02-06 08:38:40
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