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Silicane靜態(tài)計算之后利用Bader分析發(fā)現(xiàn)兩個Si的電荷數(shù)居然不等，還相差很大…… 已有1人參與
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前幾天計算Silicane（單層Silicene兩邊用H飽和的結構，Silicene是一種二維材料），發(fā)現(xiàn)一個問題…… 結構優(yōu)化，靜態(tài)計算之後，進行Bader分析，結果相當出人意料，兩個Si的電荷數(shù)居然不等！ 要知道，這兩個Si是完全等價的…… 分析結果如下： # X Y Z CHARGE MIN DIST ATOMIC VOL -------------------------------------------------------------------------------- 1 2.2286 0.0000 9.5609 3.5469 0.7023 20.9265 2 4.4571 0.0000 10.2849 3.2780 0.7023 19.4710 3 2.2286 0.0000 8.0619 1.5876 0.7280 107.8755 4 4.4571 0.0000 11.7838 1.5876 0.7280 107.8053 -------------------------------------------------------------------------------- VACUUM CHARGE: 0.0000 VACUUM VOLUME: 0.0000 NUMBER OF ELECTRONS: 10.0000 一個Si是3.5469，另一個是3.2780，這兩個數(shù)值相差的還挺大 開始以為是精度不夠，但是加大K點到45X45X1，還是不等…… 嘗試加大NGX, NGY, NGZ 還是不行 將原胞擴展成2X2超胞之后，也還是不行，Si原子之間的電子數(shù)就是不等…… 不知道有沒有前輩遇到過這個問題，還請各位多多賜教…… |
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【答案】應助回帖
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甲斐之虎: 金幣+100, ★★★★★最佳答案 2016-02-03 11:27:41
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這也正常，因為Bader以電荷密度極小處做為原子邊界分割點，這種方法其實是不適合共價體系。Si-Si鍵當中有較大電荷密度，如以下文章圖1(b)： http://journals.aps.org/prb/abstract/10.1103/PhysRevB.91.205433 所以Bader方法在分割原子邊界時，可定會避開Si-Si中間電荷極大點，而選擇靠近其中一個原子的某個地方做為邊界，所以會導致兩個原子不均等了。 |
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3樓2016-01-30 06:34:00
lfhuang
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應該很多人已經在VASP上實現(xiàn)了瑪麗肯，但我不知道是否有人公開他們的代碼，樓主可以搜索一下看看。 巴德也是UT Ausdin那幫人做的，只是他們公開了他們的代碼而已。個人淺見，對于量子化學鄰域，最常用的還是原子軌道投影的一些方法，只是不同方法所用的原子軌道和處理細節(jié)不一樣罷了，比如:Mulliken和Loewdin population analyses是最有名的兩種。用原子軌道感覺比較物理，無論得到的結果是否符合預期，都有跡可循。用Mulliken和Loewdin方法得到的軌道投影，還可以進一步用來計算bond order，這個可以用來指示材料的共價性。比如如下文章里的公式(2)和其中參考文獻[68-73]： http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jpcc.5b04669 PS: 謝謝樓主的慷慨金幣！可以多下半本書了。  |
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呵呵，我計算了硅稀與硅烷(silicene,silicane)異質結，即將硅稀層放在硅烷層的上面。后來我也用了那個bader charge 分析，結果在最后一步bader CHGRG -ref CHGCAR_sum卻出現(xiàn)了錯誤，should be no new maxima in edge refinement。不知道樓上大神遇見過這種情況沒有，拜求解惑 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
9樓2016-02-06 22:41:45
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franch: 金幣+4, 謝謝回帖交流。。。。 2016-02-17 12:11:37
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http://schmidt.chem.wisc.edu/nbosoftware可以將平面波投影到AO上，該組提供了程序，然后另一個程序可以進行NBO。Mulliken可以在投影之后做，目測得自己寫程序，理論上Mulliken少了正交化，還是Hirshfeld靠得住一些。 |
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10樓2016-02-07 01:48:18
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