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dxyan木蟲 (正式寫手)
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[求助]
做單分子結(jié)構(gòu)優(yōu)化的困惑，求達(dá)人解答。 已有1人參與
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以前做過小分子構(gòu)型優(yōu)化，是通過調(diào)節(jié)鍵長(zhǎng)和鍵角，設(shè)計(jì)一系列初始結(jié)構(gòu)，然后分別計(jì)算構(gòu)型優(yōu)化和頻率計(jì)算，然后通過能量+頻率來判斷最優(yōu)結(jié)構(gòu)。而對(duì)于雙分子體系，根據(jù)可能的作用位點(diǎn)來擺放不同的初始結(jié)構(gòu)，也是通過能量+頻率來判斷最優(yōu)結(jié)構(gòu)。然而現(xiàn)在要算結(jié)構(gòu)較為復(fù)雜的大分子，對(duì)于這個(gè)單分子的優(yōu)化有些束手無策。不知道該如何設(shè)置初始的構(gòu)型。有以下幾個(gè)問題還請(qǐng)達(dá)人多多指教。 1 。對(duì)于結(jié)構(gòu)優(yōu)化是不是計(jì)算后四個(gè)收斂標(biāo)準(zhǔn)都是YES，就肯定是最優(yōu)結(jié)構(gòu). 2 。對(duì)于結(jié)構(gòu)復(fù)雜的分子從哪些角度設(shè)計(jì)初始構(gòu)型，由于是學(xué)化工的，化學(xué)功底薄弱，這方面有些無從下手。 3。另外看到有些帖子講確定最優(yōu)結(jié)構(gòu)可以進(jìn)行勢(shì)能面掃面，這個(gè)用剛性掃描好還是柔性掃描好？具體通過gaussview怎么設(shè)置？ |
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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1.四個(gè)Yes也可能只是極小值，而不是最小值，只是相對(duì)優(yōu)化的結(jié)構(gòu)，從來沒有最優(yōu)化的說法，只有在相應(yīng)的方法下得到的優(yōu)化結(jié)構(gòu) 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
2樓2016-02-08 17:24:01
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2.設(shè)計(jì)分子的初始結(jié)構(gòu)可以通過參考文獻(xiàn)獲得相應(yīng)的鍵長(zhǎng)，角度信息，使得初始結(jié)構(gòu)更接近于實(shí)驗(yàn)值，這樣，優(yōu)化的時(shí)間會(huì)縮短，優(yōu)化的結(jié)果可能也會(huì)更理想 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
3樓2016-02-08 17:25:54
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dxyan: 金幣+20, ★★★很有幫助 2016-02-08 18:31:53
dxyan: 金幣+20, ★★★很有幫助 2016-02-08 18:31:53
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3.聽你的意思你不是專門做計(jì)算的，那通常就沒有必要做勢(shì)能面掃描，要知道，勢(shì)能面掃描所需要的工作量和得到的結(jié)果的意義不成正比，甚至，很多時(shí)候，外行人在不知道該算什么的情況下，一味的就勢(shì)能面掃描，一副工作量很大的樣子，這是有些滑稽的，實(shí)際上，只要你的方法，基組恰當(dāng)，優(yōu)化得到的結(jié)果就已經(jīng)夠用了，我不知道樓主是否知道什么是勢(shì)能面掃描，但我可以簡(jiǎn)單的告訴你，越復(fù)雜的分子，做這個(gè)就越困難，結(jié)果的意義甚至越小，一句話，直接優(yōu)化就可以了 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
4樓2016-02-08 17:30:36
dxyan
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那是不是也就是說4個(gè)YES就表示是在勢(shì)能面上是能量比較低的點(diǎn)，如果是極小值得話是否應(yīng)該也達(dá)到優(yōu)化要求了？是要在在相應(yīng)的方法下得到一個(gè)優(yōu)化的結(jié)構(gòu)，可是這個(gè)優(yōu)化結(jié)構(gòu)如何確定就是可以接受的構(gòu)型？因?yàn)椴煌某跏冀Y(jié)構(gòu)算出來可能都是一個(gè)可以收斂但是構(gòu)型不同的結(jié)構(gòu)。我的主要目的是想得到不同分子的優(yōu)化結(jié)構(gòu)（比如3個(gè)不同的分子），再分別和第四個(gè)分子算相互作用能，NOB等，來比較相互作用的強(qiáng)弱。如果前面3個(gè)單分子的結(jié)構(gòu)都不是優(yōu)化結(jié)構(gòu)的話，這樣和后面第四個(gè)分子算出來的相互作用的結(jié)果不是可能不正確，這樣的話不是無法比較？ |
5樓2016-02-08 18:18:50
dxyan
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如果是文獻(xiàn)沒有算過的分子那該如何設(shè)計(jì)初始結(jié)構(gòu)呢？有些文獻(xiàn)上也沒給出鍵長(zhǎng)和角度信息。我這次算的分子別人做過相似的結(jié)構(gòu)，就是母核是2個(gè)環(huán)狀的結(jié)構(gòu)，連了一個(gè)長(zhǎng)的脂肪鏈。別人優(yōu)化的結(jié)構(gòu)中長(zhǎng)的脂肪鏈?zhǔn)且粋�(gè)偏向環(huán)的蜷曲結(jié)構(gòu)。我要算的分子不同處在于這個(gè)長(zhǎng)脂肪鏈上多了3個(gè)雙鍵，其他都是一樣的。結(jié)果按照他的優(yōu)化構(gòu)型加上雙鍵優(yōu)化后，脂肪鏈完全展開。而且第一次優(yōu)化結(jié)果全部是4個(gè)YES，不知道為什么？其他不同的初始構(gòu)型我也不知道怎么擺�；仡^看看自己以前算的小分子，設(shè)計(jì)了不同初始構(gòu)型，然后分別計(jì)算構(gòu)型優(yōu)化和頻率計(jì)算，然后通過能量+頻率來判斷最優(yōu)結(jié)構(gòu)�，F(xiàn)在發(fā)現(xiàn)當(dāng)時(shí)我所選的那些優(yōu)化構(gòu)型，收斂結(jié)構(gòu)居然都是4個(gè)NO（當(dāng)時(shí)還不懂這點(diǎn)），所以現(xiàn)在非常困惑。 |
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6樓2016-02-08 18:30:19
dxyan
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通常的做法是每個(gè)分子單獨(dú)要先優(yōu)化，然后再算多個(gè)分子，因?yàn)槟阍谟?jì)算相互作用能的時(shí)候也要用到單個(gè)分子的能量，另外，你在計(jì)算多個(gè)分子的時(shí)候，實(shí)際上也會(huì)對(duì)每個(gè)分子進(jìn)行優(yōu)化。也有的作者是這樣做的，將多個(gè)分子中的單個(gè)分子提取出來，固定左邊，算單點(diǎn)能獲得單獨(dú)分子的能量 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
8樓2016-02-08 18:33:56
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送紅花一朵 |
你所說的通過能量和頻率來查看是否會(huì)優(yōu)化完畢，我不知道你說的是不是查看虛頻，你之前的算的結(jié)構(gòu)可能有虛頻，如果你算的不是過度態(tài)，那這樣的結(jié)果是不合理的，必須消除虛頻 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
9樓2016-02-08 18:36:30
dxyan
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10樓2016-02-08 18:45:46
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