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dxyan木蟲 (正式寫手)
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[求助]
做單分子結構優(yōu)化的困惑，求達人解答。 已有1人參與
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以前做過小分子構型優(yōu)化，是通過調節(jié)鍵長和鍵角，設計一系列初始結構，然后分別計算構型優(yōu)化和頻率計算，然后通過能量+頻率來判斷最優(yōu)結構。而對于雙分子體系，根據(jù)可能的作用位點來擺放不同的初始結構，也是通過能量+頻率來判斷最優(yōu)結構。然而現(xiàn)在要算結構較為復雜的大分子，對于這個單分子的優(yōu)化有些束手無策。不知道該如何設置初始的構型。有以下幾個問題還請達人多多指教。 1 。對于結構優(yōu)化是不是計算后四個收斂標準都是YES，就肯定是最優(yōu)結構. 2 。對于結構復雜的分子從哪些角度設計初始構型，由于是學化工的，化學功底薄弱，這方面有些無從下手。 3。另外看到有些帖子講確定最優(yōu)結構可以進行勢能面掃面，這個用剛性掃描好還是柔性掃描好？具體通過gaussview怎么設置？ |
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送紅花一朵 |
你所說的通過能量和頻率來查看是否會優(yōu)化完畢，我不知道你說的是不是查看虛頻，你之前的算的結構可能有虛頻，如果你算的不是過度態(tài)，那這樣的結果是不合理的，必須消除虛頻 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
9樓2016-02-08 18:36:30
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【答案】應助回帖
感謝參與，應助指數(shù) +1
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1.四個Yes也可能只是極小值，而不是最小值，只是相對優(yōu)化的結構，從來沒有最優(yōu)化的說法，只有在相應的方法下得到的優(yōu)化結構 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
2樓2016-02-08 17:24:01
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【答案】應助回帖
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2.設計分子的初始結構可以通過參考文獻獲得相應的鍵長，角度信息，使得初始結構更接近于實驗值，這樣，優(yōu)化的時間會縮短，優(yōu)化的結果可能也會更理想 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
3樓2016-02-08 17:25:54
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dxyan: 金幣+20, ★★★很有幫助 2016-02-08 18:31:53
dxyan: 金幣+20, ★★★很有幫助 2016-02-08 18:31:53
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3.聽你的意思你不是專門做計算的，那通常就沒有必要做勢能面掃描，要知道，勢能面掃描所需要的工作量和得到的結果的意義不成正比，甚至，很多時候，外行人在不知道該算什么的情況下，一味的就勢能面掃描，一副工作量很大的樣子，這是有些滑稽的，實際上，只要你的方法，基組恰當，優(yōu)化得到的結果就已經(jīng)夠用了，我不知道樓主是否知道什么是勢能面掃描，但我可以簡單的告訴你，越復雜的分子，做這個就越困難，結果的意義甚至越小，一句話，直接優(yōu)化就可以了 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
4樓2016-02-08 17:30:36
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