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hjun79木蟲 (小有名氣)
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[求助]
Autodock分子對接問題請教
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| 要對接的蛋白質(zhì)含有輔酶磷酸吡哆醛（PLP），首先需要PLP與蛋白質(zhì)中的lys180殘基形成共價鍵，然后再和底物對接，請教在autodock中該怎樣設(shè)定，比如怎樣使lys與PLP形成共價鍵？謝謝！ |
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hjun792樓2016-02-17 18:35:36
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如果晶體結(jié)構(gòu)沒有輔酶的結(jié)構(gòu)，則需要先構(gòu)建含輔酶的受體結(jié)構(gòu)，然后md得到格式狀態(tài)后再對接底物 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
3樓2016-02-17 18:38:10
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可把輔酶與相連的氨基酸殘基當做一個非標準殘基處理，最好構(gòu)建該非標準氨基酸殘基的力場，跑一下MD，得到穩(wěn)定的結(jié)構(gòu)后再對接底物 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
6樓2016-02-18 13:44:05
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