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hjun79木蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
Autodock分子對(duì)接問(wèn)題請(qǐng)教
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| 要對(duì)接的蛋白質(zhì)含有輔酶磷酸吡哆醛（PLP），首先需要PLP與蛋白質(zhì)中的lys180殘基形成共價(jià)鍵，然后再和底物對(duì)接，請(qǐng)教在autodock中該怎樣設(shè)定，比如怎樣使lys與PLP形成共價(jià)鍵？謝謝！ |
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jjlex
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2樓2016-02-17 18:35:36
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如果晶體結(jié)構(gòu)沒(méi)有輔酶的結(jié)構(gòu)，則需要先構(gòu)建含輔酶的受體結(jié)構(gòu)，然后md得到格式狀態(tài)后再對(duì)接底物 發(fā)自小木蟲(chóng)IOS客戶(hù)端 |
3樓2016-02-17 18:38:10
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4樓2016-02-17 18:39:29
hjun79
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請(qǐng)問(wèn)構(gòu)建含的受體結(jié)構(gòu)時(shí)，輔酶和蛋白通過(guò)共價(jià)鍵連接怎樣設(shè)定 發(fā)自小木蟲(chóng)IOS客戶(hù)端 |
5樓2016-02-18 07:24:53
jjlex
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可把輔酶與相連的氨基酸殘基當(dāng)做一個(gè)非標(biāo)準(zhǔn)殘基處理，最好構(gòu)建該非標(biāo)準(zhǔn)氨基酸殘基的力場(chǎng)，跑一下MD，得到穩(wěn)定的結(jié)構(gòu)后再對(duì)接底物 發(fā)自小木蟲(chóng)IOS客戶(hù)端 |
6樓2016-02-18 13:44:05
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