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一張七塊的新蟲 (初入文壇)
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[求助]
求助，只有CDS序列，如何設(shè)計(jì)引物擴(kuò)增全長(zhǎng)基因？ 已有4人參與
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用來構(gòu)建載體的，導(dǎo)師只給了CDS的序列，放在DNAman里設(shè)計(jì)出的引物擴(kuò)增出的都不是全長(zhǎng)可咋整？ 不是全長(zhǎng)沒法用吧。。。 直接用這個(gè)基因兩端的序列設(shè)計(jì)引物行嗎？ 必須要知道基因兩端外的序列嗎？ 怎么才能弄到兩端的序列？ 新人求罩。。。 |
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jackyoung
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我年輕的時(shí)候也總是覺得可以一步到位，不懂的到處問，嫌麻煩的就按最理想的情況搞，然而現(xiàn)實(shí)跟理想和瞎想不一樣，這本身也是個(gè)實(shí)驗(yàn)科學(xué)。年輕人不要怕失敗，用心自己去做一回就明白了。你可以設(shè)計(jì)幾套不同的方案同時(shí)搞，看看效果做做比較，也算是交個(gè)學(xué)費(fèi)吧。 簡(jiǎn)單的東西或者是運(yùn)氣好怎么搞都能成，真正有難度的全招呼上了可能還要反復(fù)幾遍。這種事兒就是你步入科研大門的辛酸，有的人不屑的一個(gè)基因克隆，你卻實(shí)實(shí)在在搞了一月有余… 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
11樓2016-02-21 13:15:13
生化與分子
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2樓2016-02-20 20:12:45
jackyoung
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西門吹雪170: 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流 2016-02-21 22:30:38
西門吹雪170: 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流 2016-02-21 22:30:38
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CDS是編碼序列，如果確定給的是全長(zhǎng)編碼序列，括增出來構(gòu)建載體（如果是為了表達(dá)蛋白的話）是沒有問題的。 如果不是說一定要帶編碼區(qū)以外的序列（比如研究?jī)?nèi)含子保留或UTR的調(diào)控功能），沒有必要得到全長(zhǎng)mRNA/cDNA序列。 如果一定要得到，建議先查詢數(shù)據(jù)庫(kù)找信息，實(shí)在不行再RACE。其實(shí)直接從文庫(kù)中篩選也是個(gè)不錯(cuò)的方法。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
5樓2016-02-21 00:06:05
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13樓2016-02-21 13:52:45
williamwjj
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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你的意思是要獲得mrna全長(zhǎng)嗎？要做Race PCR，分別得到5'utr和3'utr 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
3樓2016-02-20 21:22:26
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4樓2016-02-20 21:41:53
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直接用CDS兩端的序列設(shè)計(jì)引物嗎?我用軟件試了一下，會(huì)有引物二聚體和發(fā)卡結(jié)構(gòu)怎么辦? 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
6樓2016-02-21 12:40:30
jackyoung
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一張七塊的: 金幣+5, ★★★★★最佳答案 2016-02-23 07:59:57
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這種方法挺呵呵的，以前也這么搞，那個(gè)雜帶啊… 你就不能查查信息從UTR區(qū)域設(shè)計(jì)引物從cDNA里搞出來么？搞到T-載體上隨便招呼。雖然看著麻煩，但是我們組都這么干，感覺最靠譜。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
7樓2016-02-21 12:44:50
jackyoung
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還有 引物設(shè)計(jì)軟件是軟件，實(shí)際括增去用才是王道。你想想看那么大的基因組，轉(zhuǎn)錄出來亂七八糟也不少，錯(cuò)配什么的都再正常不過了。我們的經(jīng)驗(yàn)是用最特異的引物搞出來，弄到T-載體上隨便玩。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
8樓2016-02-21 12:48:54
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哦，那就從兩端的UTR區(qū)設(shè)計(jì)引物哈~還要連酶切位點(diǎn)和保護(hù)堿基什么的，不知多長(zhǎng)的引物比較合適呢? 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
9樓2016-02-21 12:58:55
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另外，這個(gè)CDS是兩段，中間是有一段內(nèi)含子的，做轉(zhuǎn)基因，需要把內(nèi)含子去掉嗎?如果需要的話，怎么去掉? 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
10樓2016-02-21 13:09:56
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