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[求助]
求助，只有CDS序列，如何設(shè)計引物擴(kuò)增全長基因？ 已有4人參與
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用來構(gòu)建載體的，導(dǎo)師只給了CDS的序列，放在DNAman里設(shè)計出的引物擴(kuò)增出的都不是全長可咋整？ 不是全長沒法用吧。。。 直接用這個基因兩端的序列設(shè)計引物行嗎？ 必須要知道基因兩端外的序列嗎？ 怎么才能弄到兩端的序列？ 新人求罩。。。 |
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jackyoung
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我年輕的時候也總是覺得可以一步到位，不懂的到處問，嫌麻煩的就按最理想的情況搞，然而現(xiàn)實(shí)跟理想和瞎想不一樣，這本身也是個實(shí)驗(yàn)科學(xué)。年輕人不要怕失敗，用心自己去做一回就明白了。你可以設(shè)計幾套不同的方案同時搞，看看效果做做比較，也算是交個學(xué)費(fèi)吧。 簡單的東西或者是運(yùn)氣好怎么搞都能成，真正有難度的全招呼上了可能還要反復(fù)幾遍。這種事兒就是你步入科研大門的辛酸，有的人不屑的一個基因克隆，你卻實(shí)實(shí)在在搞了一月有余… 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
11樓2016-02-21 13:15:13
生化與分子
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2樓2016-02-20 20:12:45
jackyoung
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西門吹雪170: 金幣+3, 鼓勵回帖交流 2016-02-21 22:30:38
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CDS是編碼序列，如果確定給的是全長編碼序列，括增出來構(gòu)建載體（如果是為了表達(dá)蛋白的話）是沒有問題的。 如果不是說一定要帶編碼區(qū)以外的序列（比如研究內(nèi)含子保留或UTR的調(diào)控功能），沒有必要得到全長mRNA/cDNA序列。 如果一定要得到，建議先查詢數(shù)據(jù)庫找信息，實(shí)在不行再RACE。其實(shí)直接從文庫中篩選也是個不錯的方法。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
5樓2016-02-21 00:06:05
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13樓2016-02-21 13:52:45
williamwjj
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3樓2016-02-20 21:22:26
4樓2016-02-20 21:41:53
6樓2016-02-21 12:40:30
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【答案】應(yīng)助回帖
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這種方法挺呵呵的，以前也這么搞，那個雜帶啊… 你就不能查查信息從UTR區(qū)域設(shè)計引物從cDNA里搞出來么？搞到T-載體上隨便招呼。雖然看著麻煩，但是我們組都這么干，感覺最靠譜。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
7樓2016-02-21 12:44:50
jackyoung
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還有 引物設(shè)計軟件是軟件，實(shí)際括增去用才是王道。你想想看那么大的基因組，轉(zhuǎn)錄出來亂七八糟也不少，錯配什么的都再正常不過了。我們的經(jīng)驗(yàn)是用最特異的引物搞出來，弄到T-載體上隨便玩。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
8樓2016-02-21 12:48:54
9樓2016-02-21 12:58:55
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另外，這個CDS是兩段，中間是有一段內(nèi)含子的，做轉(zhuǎn)基因，需要把內(nèi)含子去掉嗎?如果需要的話，怎么去掉? 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
10樓2016-02-21 13:09:56
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