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feiye2214木蟲 (正式寫手)
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[求助]
關于DNASP軟件設置including gaps，插入位點導致新單倍型產生
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分析群體數據時發(fā)現問題了，希望有人幫我看看怎么解決。 一組DNA序列，其中有幾個序列因為插入突變導致一個新的單倍型出現，目前的單倍型H2和H3之間就是這個插入位點的差異，大致是這樣的: H1：ATGAATGCATGC--ATGCATGCATGCATGC H2：*************AT*************A**** H3：*************--**************A**** 我的問題是我在DNA polymorphism時總是缺失一個單倍型，軟件直接把H2、H3合并為一個單倍型了，就是說“excluded gaps”，而我想怎么設置才能“including gaps”? 如上圖所示，單倍型數量不一致，我要的Haplotype (gene) diversity, Hd Variance of Haplotype diversity Standard Deviation of Haplotype diversity都會不一樣。 我點擊上圖的這兩個設置，也沒有用，DNA polymorphism還是自動去除了gaps/missing 有人能幫我一下嗎？現在基本卡住了，沒法繼續(xù)分析了。 |
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jcj723
木蟲 (初入文壇)
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- 專業(yè): 畜牧學與草地科學
3樓2015-04-08 21:34:39
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