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feiye2214木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
關(guān)于DNASP軟件設(shè)置including gaps，插入位點(diǎn)導(dǎo)致新單倍型產(chǎn)生
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分析群體數(shù)據(jù)時(shí)發(fā)現(xiàn)問(wèn)題了，希望有人幫我看看怎么解決。 一組DNA序列，其中有幾個(gè)序列因?yàn)椴迦胪蛔儗?dǎo)致一個(gè)新的單倍型出現(xiàn)，目前的單倍型H2和H3之間就是這個(gè)插入位點(diǎn)的差異，大致是這樣的: H1：ATGAATGCATGC--ATGCATGCATGCATGC H2：*************AT*************A**** H3：*************--**************A**** 我的問(wèn)題是我在DNA polymorphism時(shí)總是缺失一個(gè)單倍型，軟件直接把H2、H3合并為一個(gè)單倍型了，就是說(shuō)“excluded gaps”，而我想怎么設(shè)置才能“including gaps”? 如上圖所示，單倍型數(shù)量不一致，我要的Haplotype (gene) diversity, Hd Variance of Haplotype diversity Standard Deviation of Haplotype diversity都會(huì)不一樣。 我點(diǎn)擊上圖的這兩個(gè)設(shè)置，也沒(méi)有用，DNA polymorphism還是自動(dòng)去除了gaps/missing 有人能幫我一下嗎？現(xiàn)在基本卡住了，沒(méi)法繼續(xù)分析了。 |
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jcj723
木蟲(chóng) (初入文壇)
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- 帖子: 29
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- 蟲(chóng)號(hào): 1822043
- 注冊(cè): 2012-05-17
- 性別: GG
- 專(zhuān)業(yè): 畜牧學(xué)與草地科學(xué)
3樓2015-04-08 21:34:39
2樓2015-04-06 14:19:20
4樓2018-07-27 00:55:37
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