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feiye2214木蟲 (正式寫手)
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[求助]
關(guān)于DNASP軟件設(shè)置including gaps，插入位點導(dǎo)致新單倍型產(chǎn)生
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分析群體數(shù)據(jù)時發(fā)現(xiàn)問題了，希望有人幫我看看怎么解決。 一組DNA序列，其中有幾個序列因為插入突變導(dǎo)致一個新的單倍型出現(xiàn)，目前的單倍型H2和H3之間就是這個插入位點的差異，大致是這樣的: H1：ATGAATGCATGC--ATGCATGCATGCATGC H2：*************AT*************A**** H3：*************--**************A**** 我的問題是我在DNA polymorphism時總是缺失一個單倍型，軟件直接把H2、H3合并為一個單倍型了，就是說“excluded gaps”，而我想怎么設(shè)置才能“including gaps”? 如上圖所示，單倍型數(shù)量不一致，我要的Haplotype (gene) diversity, Hd Variance of Haplotype diversity Standard Deviation of Haplotype diversity都會不一樣。 我點擊上圖的這兩個設(shè)置，也沒有用，DNA polymorphism還是自動去除了gaps/missing 有人能幫我一下嗎？現(xiàn)在基本卡住了，沒法繼續(xù)分析了。 |
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4樓2018-07-27 00:55:37
2樓2015-04-06 14:19:20
jcj723
木蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 2756.9
- 紅花: 1
- 帖子: 29
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- 蟲號: 1822043
- 注冊: 2012-05-17
- 性別: GG
- 專業(yè): 畜牧學(xué)與草地科學(xué)
3樓2015-04-08 21:34:39
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