【求助/交流】熒光定量PCR的引物怎么設(shè)計(jì)
各位大牛，熒光定量PCR的引物怎么設(shè)計(jì)？
我的序列已得到了500bp，無(wú)內(nèi)含子，但是我上次設(shè)計(jì)的引物定量的擴(kuò)增圖有幾個(gè)基本都沒(méi)有起峰。
很茫然，我用primer 5設(shè)計(jì)的。請(qǐng)問(wèn)有什么要注意的嗎？
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即使引物不好也會(huì)起很多雜峰！ 是不是引物設(shè)計(jì)問(wèn)題啊 重新設(shè)計(jì)引物吧
設(shè)計(jì)熒光定量的引物其實(shí)和普通的引物設(shè)計(jì)是一樣的，只是注意要片段控制在100-250之內(nèi)，并且特異性要強(qiáng)，還有就是最好跨內(nèi)含子設(shè)計(jì)引物，這樣一般不會(huì)有問(wèn)題的。你的沒(méi)起峰，應(yīng)該是引物沒(méi)設(shè)計(jì)好！
我在takara訂購(gòu)過(guò)realtimePCR引物，他們給免費(fèi)設(shè)計(jì)。你可以試試。
先用普通pcr驗(yàn)證引物
如果你們用的是ABI公司的儀器，他們有購(gòu)機(jī)贈(zèng)送的軟件，Primer Express，用來(lái)設(shè)計(jì)定量PCR的引物是蠻好的，這個(gè)軟件只要買ABI定量PCR儀都會(huì)送的，單獨(dú)買是很貴的，所以要好好利用資源，不要浪費(fèi)呢！
如果沒(méi)有的話，可以用primer5或者6。個(gè)人覺(jué)得，跟primer同一個(gè)公司開(kāi)發(fā)的AlleleID軟件也是挺好用的，AlleleID有不同的設(shè)計(jì)程序，可以讓你選擇是設(shè)計(jì)Taqman探針和引物、SYBY Green的引物，還是分子信標(biāo)等方法用的引物，里面的默認(rèn)參數(shù)設(shè)置都是針對(duì)不同方法的要求，例如用SYBY Green法的引物，設(shè)計(jì)出來(lái)再用其他的軟件分析，發(fā)現(xiàn)確實(shí)不容易產(chǎn)生引物二聚體，實(shí)際做實(shí)驗(yàn)的效果也是挺理想的，具體這些軟解的下載破解可以在論壇里面搜一下，有很多蟲(chóng)友提供了資源
也可以短信我~~~祝實(shí)驗(yàn)順利，