各位蟲友好，初次安裝lammps軟件，已形成lmp_serial可執(zhí)行文件，采用example中in文件可正常運(yùn)行。但運(yùn)行自己寫的文件時(shí)，出現(xiàn)以下錯(cuò)誤。error:unrecognizedatomstyle\'full\'ispartofthemolecule...

做MD模擬的時(shí)候，兩個(gè)體系之間的相互作用勢參數(shù)咋找啊，找了很久沒找到

上圖表示平行于xy平面，也就是z方向上徑向分布函數(shù)，沒看懂什么意思，有人知道如何計(jì)算嗎

求助大神幫忙計(jì)算正十六烷和2甲基十五烷的動(dòng)力學(xué)直徑，如果能有文獻(xiàn)參考更好

哪位蟲友能分享一下比較新版本的Ms軟件嗎？非常感謝！

請問按照文獻(xiàn)中所說：給出原子的能量求速度，滿足麥克斯韋分布的方式，這種有什么辦法實(shí)現(xiàn)嗎？在lammps里能實(shí)現(xiàn)嗎？還是需要借助外部程序呢？求指點(diǎn)

想了解下國內(nèi)外做共價(jià)有機(jī)骨架COF理論計(jì)算相關(guān)的課題組有哪些

各位道友，有償尋求MS，Lamps的安裝包

我的模型和圖片中的類似，我對物塊兩端固定，xyz采用周期性邊界條件，對兩物塊其余部分分別使用同樣的npt，溫度設(shè)置為698K，壓力為1個(gè)大氣壓。為什么溫度達(dá)不到設(shè)定的698K，并且兩部分溫度還不一樣，求大神幫幫我

我想使用cpptraj從動(dòng)力學(xué)軌跡文件中提取某一幀作為下一個(gè)動(dòng)力學(xué)窗口的起始rst文件。指令操作如下：cpptrajparmmodel.prmtoptrajinxxx.cdf200020001trajout2000.rst7restartgo結(jié)果會生成一個(gè)20...

實(shí)驗(yàn)室的電腦計(jì)算很慢，想知道哪里可以租到超算，工作站？淘寶的看了要排到節(jié)后…

具體來說又是用哪個(gè)模塊，感覺是sorption，但是吸水和滲水又不太一樣

我做對接時(shí)遇到的一個(gè)問題，提示錯(cuò)誤：autogrid4:ERROR:ToomanyatomsinreceptorPDBQTfilemacro.pdbqt;autogrid4:ERROR:--themaximumnumberofatoms,AG_MAX_ATOM...

在SYBYL中查看mleuculardocking分子對接結(jié)果時(shí)，在resultsbrowser中默認(rèn)情況下顯示的是打分最高的分子的構(gòu)象，但是Cscore得分卻很低，所以想換成Cscore較高的構(gòu)象進(jìn)行分析，但是不知道怎么換，請各位老師幫幫忙。謝謝

各位大神好，小弟急需模擬光在皮膚中的傳輸，如果有會的，愿意教我或者代做，必有重謝。

[分子模擬書籍][中英文兩本][Frenkel著汪文川譯,2002,分子模擬-從算法到應(yīng)用][Frenkel,2002,UnderstandingMolecularSimulationFromAlgorithmstoApplicati]之前資源沒有下載鏈接了。...

請問大佬們，用什么軟件可以顯示出小分子和蛋白質(zhì)之間產(chǎn)生的疏水作用、范德華力啊？我用pymol只顯現(xiàn)氫鍵T_T

我想計(jì)算不同溫度下，聚乳酸高聚物的比熱容，請問如何用Forcite模塊進(jìn)行計(jì)算請各位大神提供一下思路，先進(jìn)行哪種計(jì)算，然后再進(jìn)行哪種計(jì)算。這個(gè)模塊我現(xiàn)在會用，主要是不知道如何能計(jì)算出比熱容，請大神指導(dǎo)，謝謝。

如題，做了一個(gè)單軸拉伸的分子動(dòng)力學(xué)模擬，想要分析位錯(cuò)線密度隨著應(yīng)變變化的曲線，初級新手實(shí)在是沒搞懂，請大佬賜教

蟲友好，本人采用分子動(dòng)力學(xué)模擬冶金氧化物體系熔體（為液態(tài)體系，非晶態(tài)結(jié)構(gòu)，結(jié)構(gòu)類似于玻璃體系）的結(jié)構(gòu)和性質(zhì)�？紤]到很多文獻(xiàn)上都采用NVT系綜，因此模擬全程采用NVT系綜。現(xiàn)在被問選擇NVT系綜的合理性，請問該如何回答？最好推薦教材或文獻(xiàn)等參考材料。

gromacs使用新手，想問下各位有沒有用過gromacs進(jìn)行有機(jī)小分子模擬的？不考慮與蛋白結(jié)合，只是單純考慮小分子在有機(jī)溶劑中構(gòu)象的變化，不知道怎么建立除了水之外其他有機(jī)的溶劑體系，希望有了解的大神不吝賜教

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