非正版的schrodinger缺了好多模塊，還有啥軟件好用?

請(qǐng)教大佬們，如果用非平衡分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算熱流時(shí)可以在nve和nvt聯(lián)合下統(tǒng)計(jì)熱流嗎？之前用朗之萬(wàn)熱浴統(tǒng)計(jì)過(guò)，但是看文獻(xiàn)也有人用N-H熱浴下統(tǒng)計(jì)熱流，請(qǐng)問(wèn)是否也可以？

大家好！我想攢一臺(tái)GPU工作站安裝AMBER20和DS用來(lái)進(jìn)行分子模擬研究，看了版塊里的帖子和網(wǎng)上的信息，打算買(mǎi)一塊新出的RTX3090來(lái)用，現(xiàn)在新出的amber20還有一部分工作需要CPU并行運(yùn)算，DS應(yīng)該是沒(méi)有GPU的版本發(fā)行，想請(qǐng)教大家CPU要如何選擇呢...

求教，我在MS里建了烷烴分子模型，用msi2lmp工具轉(zhuǎn)換為data格式后導(dǎo)入lammps，結(jié)果出現(xiàn)了“bondsdefinedbutnobondtypes”問(wèn)題，我感覺(jué)data文件沒(méi)什么問(wèn)題呀。網(wǎng)上相關(guān)的信息有點(diǎn)少，之前也碰到了類(lèi)似的問(wèn)題，但一直沒(méi)解決，da...

各位老師，大家好！想請(qǐng)教大家一個(gè)問(wèn)題：退火動(dòng)力學(xué)Annealdynamics和淬火動(dòng)力學(xué)Quenchdynamics各有什么優(yōu)缺點(diǎn)呢？我想模擬的體系是：尋找一個(gè)特定添加劑分子在特定晶面上的最佳吸附位點(diǎn)。應(yīng)該用退火動(dòng)力學(xué)更好，還是淬火動(dòng)力學(xué)更好呢？還望各位老師不...

MS軟件Forcite模塊做分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算，報(bào)錯(cuò)“Thejobhasfailed.Downloadanyresultsgeneratedsofar”。大神指教這是什么原因？

Sorption模塊在通過(guò)吸附等溫線計(jì)算溶解度系數(shù)時(shí)，縱坐標(biāo)的單位轉(zhuǎn)化問(wèn)題。percell如何轉(zhuǎn)化為cm3/cm3我再網(wǎng)上看轉(zhuǎn)化成mmol/g時(shí)，是除以吸附劑單胞分子量，再乘以1000。請(qǐng)問(wèn)除以的吸附劑單胞分子量具體是什么？（是吸附劑的相對(duì)分子質(zhì)量嗎）我計(jì)算的...

請(qǐng)教一下，計(jì)算界面導(dǎo)熱系數(shù)，想通過(guò)scalevelocity的方式施加恒定熱流，不知道應(yīng)該用什么命令，這個(gè)方法是lammps源文件example里的HEX例子嗎，還是別的方法？MD新手，望多包涵！謝謝～～

求甲烷在PAF中吸附的輸入文件（吸附溫度298K，吸附壓力0.01kPa～100kPa）

結(jié)構(gòu)在x和z方向加了的真空層，進(jìn)行了deformyz方向的變形并固定了邊界的原子用nvt優(yōu)化，通過(guò)thermo_style輸出的pyz要怎么處理得出對(duì)應(yīng)的yz方向的切應(yīng)力？我與不加真空層的結(jié)構(gòu)進(jìn)行了對(duì)比，發(fā)現(xiàn)輸出的pyz大小差不了多少，所以上述的pyz是否可以...

Lammps已經(jīng)安裝完成，但現(xiàn)在在運(yùn)行in文件時(shí)，一些命令需要的package并沒(méi)安裝，怎樣后續(xù)安裝？？？自己在src文件夾內(nèi)輸入makeyes-MANYBODY，雖然顯示安裝上了，但在使用命令時(shí)仍然顯示是未知的style，哪位高手會(huì)？？？？小弟求助了

unitsmetaldimension3boundaryffpatom_styleatomicneighbor2.0binneigh_modifyevery1delay5checkyesregionboxblock016901680400create_box2...

想問(wèn)下大家，我想要計(jì)算氣液表面張力，模型為氣液氣盒子。將z方向分塊，使用ave/chunk命令輸出每塊法向力和切向力的差值rk最后加和得到表面張力，但是在氣相和液相區(qū)域的切向力和法向力波動(dòng)比較大，特別是氣相。該怎么得到穩(wěn)定的表面張力值？還有就是得到每塊的str...

使用autodock進(jìn)行分子對(duì)接使，打開(kāi)的配體結(jié)構(gòu)化學(xué)鍵錯(cuò)亂（如下圖），但在pymol和chimera里面打開(kāi)是對(duì)的，請(qǐng)問(wèn)是什么原因呢？求助各位，非常感謝！

圖書(shū)作者:MichaelP.Allen圖書(shū)標(biāo)題:ComputerSimulationofLiquids出版社:OxfordUniversityPress出版日期:2017-8-22書(shū)籍頁(yè)數(shù):640書(shū)籍格式要求:PDF且可復(fù)制ISBN碼:978019880320...

各位老師和科研兄弟姐妹們，我想用MS計(jì)算水的自擴(kuò)散系數(shù)，但是算的值一直比實(shí)驗(yàn)值2.39e-9大兩倍左右。計(jì)算方法如下。1.Amorphous建立含有500個(gè)水分子的體系并進(jìn)行g(shù)eometry優(yōu)化，2.NPT系綜，COMPASS力場(chǎng)，控溫veolicity-sc...

本人分子模擬入門(mén)，目前正在做黏土礦物的模擬，求助用于materialsstudio的clayff力場(chǎng)文件

雙一流高校杰青團(tuán)隊(duì)的計(jì)算模擬方向今年招博士生1-2名，本小組致力于各類(lèi)無(wú)機(jī)材料、礦物材料的結(jié)構(gòu)模擬、以及新型礦物材料的微觀結(jié)構(gòu)調(diào)控和設(shè)計(jì)，主要涉及無(wú)機(jī)材料、層狀材料、納米材料、功能材料等，具體研究?jī)?nèi)容分為兩類(lèi)：1.利用castep、dmol、vasp、dftb...

請(qǐng)教各位大神用Forcite進(jìn)行幾何優(yōu)化時(shí)比較合理的步驟是什么，怎樣才能避免陷入局部最小化呢？

新手入門(mén)lammps有什么建議嗎？目前很懵，查了很多資料軟件還是安裝不好。