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安安安子

新蟲 (初入文壇)

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[求助] 從LAMMPS得到的原子速度，如何計算速度自相關(guān)函數(shù)（VAF）？求助已有3人參與

比如說我的系統(tǒng)里有4000個原子，在某個狀態(tài)下跑了100步，每一步的時間間隔是確定的（2fs），每一步時每個原子的三維速度都會輸出。我想計算這個系統(tǒng)的速度自相關(guān)函數(shù)VAF，計算公式是<v(0)·v(t)> 。我不太明白這個公式的含義是計算什么，用FORTRAN或MATLAB應(yīng)該如何編程實現(xiàn)呢？緊急求助，不勝感激。

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1樓 2016-03-22 14:09:17

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chuntao118

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

可以參考這本書《Understanding Molecular Simulation From Algorithms to Applications》

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2樓2016-03-22 14:32:44

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challenger9

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2樓: Originally posted by chuntao118 at 2016-03-22 14:32:44
可以參考這本書《Understanding Molecular Simulation From Algorithms to Applications》

這個問題你應(yīng)該早就破解了吧��！我現(xiàn)在在做苯的自相關(guān)，求助，求分享

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3樓2016-06-24 10:06:08

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brucefan

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【答案】應(yīng)助回帖

% a matlab script for calculating VACF from velocity data
clear;
load v.txt;
% assume your velocity data are in the above file and assume the format is (N is the number of atoms, M is the number of time points):
% vx_1 vy_1 vz_1    % time point 1
% vx_2 vy_2 vz_2    % time point 1
% ...                         % time point 1
% vx_N, vy_N, vz_N % time point 1
% vx_1 vy_1 vz_1    % time point 2
% vx_2 vy_2 vz_2    % time point 2
% ...                         % time point 2
% vx_N, vy_N, vz_N  % time point 2
% ...
% vx_1 vy_1 vz_1    % time point M
% vx_2 vy_2 vz_2    % time point M
% ...                         % time point M
% vx_N, vy_N, vz_N  % time point M

N = xxx; % number of atoms in your system
M = length(v)/N; % number of time points for your velocity data
dt = xxx; % the time interval between two set of velocities (in some unit)
Nt = xxx; % maximum length of the correlation your want (usually Nt = M/10 is a good choice)
time = dt*(0:Nt-1);
M = M-Nt; % you have to waste a small portion of data

vacf=zeros(Nt,1);
for nt=0:Nt-1
for m=1:M
   vacf(nt+1,

=sum(sum(v_all((m-1)*N+1:m*N,

.*v_all((m+nt-1)*N+1

m+nt)*N,

));
end
end
%vacf=vacf/M; % you can also normalize it by using [vacf=vacf(1);] if you want

% now you can plot the result:
close all;
figure;
plot(time, vacf,'o-');
xlabel('time (some unit)');
ylabel('VACF (some unit)');

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4樓2016-06-27 18:45:07

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brucefan

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【答案】應(yīng)助回帖

sorry, v_all should be v in some line of the code.

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5樓2016-06-27 18:52:22

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cuso4852cuoh

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【答案】應(yīng)助回帖

求助自相關(guān)函數(shù)和聲子態(tài)密度��？求樓主

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6樓2018-11-26 19:15:36

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looyady

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引用回帖:

6樓: Originally posted by cuso4852cuoh at 2018-11-26 19:15:36
求助自相關(guān)函數(shù)和聲子態(tài)密度��？求樓主

同求聲子態(tài)密度

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7樓2018-12-14 15:21:29

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流落的小貓

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這個我做過，主要是從lammps中導(dǎo)出數(shù)據(jù)，然后自己編寫程序來做，我通過計算得到的數(shù)據(jù)曲線還是比較滿意的，僅供樓主參考，這是一種方法。

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8樓2018-12-19 16:27:11

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三歲薇恩

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引用回帖:

6樓: Originally posted by cuso4852cuoh at 2018-11-26 19:15:36
求助自相關(guān)函數(shù)和聲子態(tài)密度�。壳髽侵�

求到了嗎兄弟

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9樓2019-04-10 15:39:51

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