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043114076木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[資源]
關(guān)于towhee 回答zhang_jaj的問(wèn)題
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以下是zhang_jaj 的問(wèn)題: 你好，我想用towhee做NVT下argon氣在surface面上nucleation過(guò)程，希望你給一些指導(dǎo)，首先我想把potential選為L(zhǎng)J，surface與particles也是LJ作用， 1）問(wèn)題是這個(gè)surface是需要用particles來(lái)make嗎，如果是的話那么構(gòu)成它的particles該怎么固定 2 ）或者，直接用towhee里面的LJ9-3 wall嗎，想知道這種wall是與particles怎么作用的，它不是用小粒子構(gòu)成的嗎？ 3）模擬完成后，液體與固體的結(jié)構(gòu)判斷該怎么做，有什么程序代碼嗎？ 4）這個(gè)nucleation的rate該怎么算（是單位時(shí)間單位體積內(nèi)產(chǎn)生臨街晶核的個(gè)數(shù)），我想知道程序中怎么實(shí)現(xiàn)，我沒(méi)發(fā)現(xiàn)有那個(gè)參數(shù)相關(guān)的，或者是需要自己來(lái)加?xùn)|西嗎？ 5）還有這個(gè)nucleation barrier該怎么來(lái)實(shí)現(xiàn)？ 6）towhee不能并行，那么其實(shí)一個(gè)任務(wù)就是在一個(gè)process上處理的；如果我的個(gè)人電腦比服務(wù)器的主頻高，那么是不是用臺(tái)式機(jī)比服務(wù)器更快呢（因?yàn)榕_(tái)式機(jī)是4核的，它是不是能自己把towhee的任務(wù)來(lái)用4核一起處理？）？ 7）希望您能給點(diǎn)關(guān)于towhee代碼學(xué)習(xí)的經(jīng)驗(yàn)，就是對(duì)于我要做的這個(gè)方向的。 這是我的回答: 實(shí)在不敢當(dāng), 我現(xiàn)在也是學(xué)習(xí)階段, 因?yàn)闆](méi)做過(guò)類似的體系, 對(duì)于你的問(wèn)題只能有一些建議. 1）問(wèn)題是這個(gè)surface是需要用particles來(lái)make嗎，如果是的話那么構(gòu)成它的particles該怎么固定 可以使用particle模型來(lái)模擬, 固定比較簡(jiǎn)單, 在move設(shè)置中不讓這些粒子移動(dòng)就行了. 2 ）或者，直接用towhee里面的LJ9-3 wall嗎，想知道這種wall是與particles怎么作用的，它不是用小粒子構(gòu)成的嗎？ 這個(gè)我以前沒(méi)有用過(guò), 不過(guò)文獻(xiàn)當(dāng)中確實(shí)有人這樣做. 這種勢(shì)能的使用情況可以參考例子Fris_Walls, 另外上網(wǎng)搜了一下, 這幾個(gè)帖子和文章可能對(duì)你有用. http://jcp.aip.org/resource/1/jcpsa6/v67/i5/p2384_s1 http://jcp.aip.org/resource/1/jcpsa6/v73/i8/p4050_s1 http://lammps.sandia.gov/threads/msg24356.html http://www.sklogwiki.org/SklogWi ... ard-Jones_potential 這種勢(shì)是粒子勢(shì)能轉(zhuǎn)化而來(lái)的, 第四個(gè)參考文獻(xiàn)有推導(dǎo)過(guò)程, 主要的優(yōu)勢(shì)是可以大大提高速度. lammps 的帖子跟你的情況有點(diǎn)像, 使用MD做的, 可以借鑒. 3）模擬完成后，液體與固體的結(jié)構(gòu)判斷該怎么做，有什么程序代碼嗎？ 這個(gè)主要是分析RDF吧, 代碼在 utils 中有, 可以根據(jù)你的情況進(jìn)行修改. 4）這個(gè)nucleation的rate該怎么算（是單位時(shí)間單位體積內(nèi)產(chǎn)生臨街晶核的個(gè)數(shù)），我想知道程序中怎么實(shí)現(xiàn)，我沒(méi)發(fā)現(xiàn)有那個(gè)參數(shù)相關(guān)的，或者是需要自己來(lái)加?xùn)|西嗎？ 這個(gè)是需要后處理才能得到的吧. towhee本身不是計(jì)算成核過(guò)程的. 應(yīng)該需要編寫(xiě)代碼實(shí)現(xiàn). 不過(guò)MC 如何計(jì)算時(shí)間呢? 如果用MC步數(shù)是不是會(huì)有問(wèn)題? 是不是用MD更合適一點(diǎn)? 5）還有這個(gè)nucleation barrier該怎么來(lái)實(shí)現(xiàn)？ 這個(gè)應(yīng)該是進(jìn)行不同溫度點(diǎn)的模擬, 作速率-溫度關(guān)系圖, 然后通過(guò)擬合熱力學(xué)公式得到吧. 6）towhee不能并行，那么其實(shí)一個(gè)任務(wù)就是在一個(gè)process上處理的；如果我的個(gè)人電腦比服務(wù)器的主頻高，那么是不是用臺(tái)式機(jī)比服務(wù)器更快呢（因?yàn)榕_(tái)式機(jī)是4核的，它是不是能自己把towhee的任務(wù)來(lái)用4核一起處理？）？ towhee的不能用多個(gè)核并行計(jì)算一個(gè)任務(wù), 而事實(shí)上也不需要. 一般來(lái)說(shuō), 模擬多個(gè)任務(wù)可以等價(jià)于模擬一個(gè)大任務(wù), MC的本質(zhì)決定它是這樣的性質(zhì), MD可不行. 所以盡量還是使用towhee提供的并行模式. 注意選擇不同的隨機(jī)種子. 7）希望您能給點(diǎn)關(guān)于towhee代碼學(xué)習(xí)的經(jīng)驗(yàn)，就是對(duì)于我要做的這個(gè)方向的。 關(guān)于代碼, 其實(shí)我也沒(méi)有太多經(jīng)驗(yàn). 我主要是對(duì)結(jié)果進(jìn)行后處理. towhee 本身是一個(gè)general Monte Carlo code, 不是專門為某些體系設(shè)計(jì)的, 但是對(duì)于你的體系應(yīng)該是可以勝任的. 主要針對(duì)體系的代碼, 差別也主要是建模和分析結(jié)果兩個(gè)過(guò)程, 核心代碼都是類似的. 我個(gè)人認(rèn)為如果時(shí)間有限, 不要陷到源代碼中去.當(dāng)然能夠多了解一些代碼對(duì)于軟件的使用也是非常有好處的. towhee 的代碼由于需要我簡(jiǎn)單的讀過(guò)一些, 還是比較清楚的. 可以嘗試從總體上去學(xué)習(xí)下. 對(duì)于結(jié)果的后處理的代碼, 建議從修改towhee 提供的代碼開(kāi)始. 使用語(yǔ)言以自己最熟悉的為準(zhǔn), 如果都湊合, 推薦 fortran90. 多學(xué)習(xí) linux bash 腳本也是很有好處的, 我現(xiàn)在簡(jiǎn)單的數(shù)據(jù)處理基本都用它. 最后強(qiáng)調(diào), 不要陷到代碼中去, 能夠完成自己的用途就可以了, 越簡(jiǎn)單越直接越好. 多多思考跟你體系相關(guān)的問(wèn)題, 多查文獻(xiàn). ///希望能多多向你學(xué)習(xí)towhee知識(shí)，導(dǎo)師不管，自己一個(gè)人摸索。擔(dān)心畢業(yè)十大問(wèn)題啊，謝謝了 大家基本都差不多, 堅(jiān)定信心, 可以做的很好. 其實(shí)模擬計(jì)算這個(gè)方向比起做實(shí)驗(yàn)還是比較透明的, 重復(fù)文獻(xiàn)一般沒(méi)有問(wèn)題, 技術(shù)問(wèn)題一般論壇上都會(huì)回答. 我也是在學(xué)習(xí)的過(guò)程, 大家多多討論, 相互學(xué)習(xí). [ Last edited by 043114076 on 2012-4-26 at 09:55 ] |
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zhang_jaj
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2樓2012-04-26 19:15:47
zhang_jaj
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你好，我是按照你之前一個(gè)帖子直接編譯的并行towhee-7版的，但是這個(gè)里面沒(méi)有那個(gè)towheebase的目錄（應(yīng)該是6版以前才有的把）。在做練習(xí)的時(shí)候，我把towhee_input文件的forcefield改成了自己的絕對(duì)路徑 /public/software/towhee/Forcefield/() 然后towhee_parallel如下 1 towhee.log /public/software/towhee/Examples/Canonical/Amber_Villin 之后執(zhí)行了mpirun -np 4 towhee 顯示出來(lái)的為 Number ofjobs:0 Simulations complete Total time:0.000059 seconds 而且沒(méi)有towhee.log文件 還有官網(wǎng)說(shuō)安裝需要的autoconf與automake文件是不是可以不用？ example中的makefile文件用來(lái)編譯什么的？ 非常感謝�。ㄒ�?yàn)橐恍┰驅(qū)嶒?yàn)室不能上網(wǎng)，只能晚上回來(lái)求助） [ Last edited by zhang_jaj on 2012-4-26 at 20:25 ] |
3樓2012-04-26 20:24:20
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4樓2012-04-26 21:53:51
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你好，您知道towhee用intel的編譯器好呢還是PGI的好，因?yàn)槲铱垂俜浇o的是PGI的。還有我在運(yùn)行例子的時(shí)候，提交大于3個(gè)任務(wù)并行時(shí)（如16），從倒數(shù)第三個(gè)就會(huì)顯示出 Job # 14 Insufficient entres in towhee_parallel file 后面就沒(méi)了，但是前13個(gè)job都順利。不知道是怎么回事。 當(dāng)小于三時(shí)也會(huì)有最后一個(gè)job顯示Insufficient entres in towhee_parallel file 還有想問(wèn)下，mpich2的并行環(huán)境好像不能編譯是嗎？ 還有想問(wèn)下，如果在./configrue時(shí)，不給CC，F(xiàn)77等賦值，編譯好的不會(huì)是用GNU的編譯器吧？ 麻煩了，不甚感激！ |
5樓2012-05-04 22:00:07
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送鮮花一朵 |
你好，想再請(qǐng)教下您。關(guān)于towhee參數(shù)設(shè)置問(wèn)題： 1）.pm*的值是不是按照從小到大進(jìn)行排列的呢。example中有個(gè)是 pmtraat 1.0 pmtracm 0.67 pmrotate 1.0 這種情況，當(dāng)要判斷是進(jìn)行哪種move時(shí)，是不是只進(jìn)行pmtraat呢？ 2）.給體系加上一個(gè)LJ-9-3 wall時(shí)，里面有一個(gè)參數(shù)是ljfrho（the number density of atoms in the integrateed wall potential）是wall上與體系內(nèi)分子作用的點(diǎn)密度嗎？還有l(wèi)jfsig與ljfeps都是人為的指定大小嗎？ 非常感謝！ |
6樓2012-05-24 20:14:55
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7樓2012-05-24 22:56:08
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你好，還想向您請(qǐng)教個(gè)問(wèn)題關(guān)于hmatrix參數(shù)的。mannul上說(shuō)這個(gè)坐標(biāo)矩陣可以不正交，但是必須是right hand rule的。我在想如果用其他非正交的坐標(biāo)矩陣時(shí)，程序在運(yùn)行過(guò)程中是不是速度就低了很多？？？（因?yàn)閭�(gè)人認(rèn)為正交坐標(biāo)里各個(gè)原子間進(jìn)行距離計(jì)算時(shí)要方便的多（如我在一個(gè)面上固定一個(gè)單層石墨烯）） 還有個(gè)問(wèn)題是，對(duì)于NVT系宗，如果我先讓N=1000，T=50K后，該怎么選取box的大小呢（氣體），這時(shí)不同的box大小應(yīng)該就對(duì)應(yīng)不同的P吧。是利用PV=NRT嗎？這個(gè)box的大小是依據(jù)我想要的P用那個(gè)公式來(lái)調(diào)節(jié)嗎？，還是normal atmosphere下算個(gè)大約的box大�。� 非常感謝�。。�  |
9樓2012-06-02 21:41:54
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12樓2012-06-05 22:28:48
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這個(gè)看了還是不太明白。按照mannul應(yīng)該是把wall當(dāng)做一種一般性的surface，而這個(gè)ljfrho就是這個(gè)面上的點(diǎn)分布密度。還有下面的那個(gè)sigma和epislon都是這個(gè)wall與體系中粒子的作用參數(shù)。（這個(gè)參數(shù)該怎么定義呢），還有如果把這個(gè)wall當(dāng)做Si之類的來(lái)計(jì)算ljfrho，那么這些Si原子的排列該怎么確定(或者說(shuō)這是一個(gè)無(wú)序的surface嗎)？你之前給的那個(gè)文章鏈接我一直下不了，不知道你有嗎，可以給我一份嗎（zhjjaj@163.com）？關(guān)于LJ9-3的文章非常感謝！http://jcp.aip.org/resource/1/jc ... _s1?isAuthorized=no |
13樓2012-06-06 23:01:36
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我從頭講好了。 我們一般模擬時(shí)使用的是全粒子勢(shì)能比如UFF，amber等等，這種勢(shì)能每個(gè)原子作為獨(dú)立的粒子，有自己的力場(chǎng)參數(shù)。這樣在模擬時(shí)需要計(jì)算每一對(duì)粒子的相互作用能。如果我們的體系是氣體或者液體分子和一個(gè)表面的相互作用，當(dāng)然也可以使用全粒子勢(shì)能參數(shù)去模擬，但是我們也可以把表面所有粒子的力場(chǎng)參數(shù)積分使其變成一個(gè)整體。9-3 wall 勢(shì)能是從 12-6 粒子勢(shì)能進(jìn)行空間積分得到的。積分推導(dǎo)的過(guò)程見(jiàn)：http://www.sklogwiki.org/SklogWi ... ard-Jones_potential , 建議自己可以簡(jiǎn)單推導(dǎo)一下。這樣做的好處是大大減少了粒子的數(shù)目（表面當(dāng)成了一個(gè)具有特定形狀的粒子），從而減少了計(jì)算量。推導(dǎo)過(guò)程中，原來(lái)12-6中的參數(shù)sigma ，epsilon意義沒(méi)有變化，直接繼承下來(lái)，另外新加入了一個(gè)參數(shù)ljfrhho，和體系的組成相關(guān)，即體相單位體積內(nèi)的粒子數(shù)目。 我只是以Si和SiO2 為例，你要根據(jù)你的體系去得到sigma epsilon和ljfrhho。請(qǐng)問(wèn)你的體系中wall的組成是什么物質(zhì)？ 費(fèi)了這么大勁，不知講清楚了沒(méi)有。 那個(gè)文獻(xiàn)我也沒(méi)有，你可以求助一下 |
14樓2012-06-07 09:13:50
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感覺(jué)你講了后，確實(shí)對(duì)這個(gè)勢(shì)有了很多了解（之前特別迷糊）。我想用單層graphene和雙層graphene試著模擬Ar的nucleation過(guò)程。這個(gè)2D的如單層的a為2.46（Angstrom），那我算的時(shí)候是不是應(yīng)該就是2/（2.46*[sqrt（3）/2]*2.46）=0.38.... 再比如一個(gè)fcc的（111）面，加入他的a=2，那么計(jì)算出來(lái)的是不是應(yīng)該就是4/（2^3）=0.5？這樣的話就跟選fcc的哪個(gè)切面無(wú)關(guān)了呀（或者我還是理解錯(cuò)了  ）？還有我以為加上一個(gè)LJ9-3wall（如graphene）就是一個(gè)虛擬的wall；但如果我再在其他位置加一個(gè)同樣組成的如graphene-wall時(shí)，并且給出這個(gè)graphene中各原子的坐標(biāo)，而且這個(gè)wall不是LJ9-3的勢(shì)�；蛘哒f(shuō)在towhee中模擬的只要是加了一個(gè)用來(lái)吸附的表面，那么它就應(yīng)該是當(dāng)做LJ9-3wall來(lái)處理嗎。這樣他的原子排列還是不好確定（如模擬外延生長(zhǎng)時(shí)要選不同的面）？ 所以加入一個(gè)自己引入的面是不是應(yīng)該和加一個(gè)LJ9-3是完全兩個(gè)概念吧？ 還有，以你的經(jīng)驗(yàn)，你覺(jué)得像graphene有近1000作用的碳原子，這個(gè)得當(dāng)做一個(gè)獨(dú)立的大分子來(lái)建立初始文件，你覺(jué)得應(yīng)該用哪種方式建呢，這樣就得在input_style下面有1000個(gè)作用的vibration手動(dòng)參數(shù)輸入，感覺(jué)太恐怖了。 最近在這幾個(gè)問(wèn)題上實(shí)在搞不定，就只能想到麻煩你了 |
15樓2012-06-07 12:44:42
zhang_jaj
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還有一個(gè)問(wèn)題是，我用ms建了graphene的模型，導(dǎo)出pdb文件格式，但是他是以ATOM位頭的，pdb2towhee轉(zhuǎn)換好像只能是HETATM打頭的，這個(gè)格式轉(zhuǎn)換是個(gè)問(wèn)題啊。是不是應(yīng)該自己編一個(gè)轉(zhuǎn)換的腳本呢。 還有就是如Ar氣在graphene上nucleation的問(wèn)題，我是把Ar放在towhee_coords里，然后把graphene放在towhee_tempalte里面，這個(gè)石墨烯用的是trappe-ua的力場(chǎng)，問(wèn)題是每個(gè)碳原子都要輸入一個(gè)vibration成鍵的參數(shù)，感覺(jué)工作量特別大。不知道石墨烯有沒(méi)有比較好的輸入方式。謝謝！ |
16樓2012-06-07 13:42:50
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單層和雙層石墨烯使用9-3 Wall 勢(shì)能模擬可能不太合適，因?yàn)榉e分推導(dǎo)過(guò)程中是認(rèn)為表面厚度無(wú)限大。1000個(gè)C原子使用全原子勢(shì)能也是可以接受的吧。 你理解密度的計(jì)算還是不太正確。9-3 wall 積分時(shí)認(rèn)為表面厚度無(wú)限大，那么它的密度就等于體相的密度，跟切的表面沒(méi)有關(guān)系。 沒(méi)有明白你第二段的意思。你能再簡(jiǎn)單地講一下嗎？ towhee中大分子的建模確實(shí)比較頭疼。不過(guò)，如果你的graphene在模擬過(guò)程中是固定不動(dòng)的，那就簡(jiǎn)單了。你把1000個(gè)原子的石墨烯當(dāng)作1000個(gè)獨(dú)立的分子，這樣就不需要輸入vibration 參數(shù)了。 |
17樓2012-06-07 17:01:28
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18樓2012-06-07 17:07:53
zhang_jaj
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非常感謝啊，我今天下午去把這個(gè)大分子上的每個(gè)原子當(dāng)做獨(dú)立的分子，程序成功運(yùn)行了。我想了下，其實(shí)每個(gè)c原子在力場(chǎng)都是一個(gè)獨(dú)立體對(duì)待的，所以固定不動(dòng)時(shí)把它當(dāng)做很多歌分子也是可行的（下午給我樂(lè)的，呵呵）。 其實(shí)這個(gè)LJ-9-3我發(fā)現(xiàn)它就是一個(gè)彌散的surface吧，我那段話說(shuō)的意思主要是為了確定這個(gè)surface表面的原子排布不好確定，現(xiàn)在我想通了，它應(yīng)該沒(méi)有這個(gè)原子排列的概念吧。 希望你能給我舉個(gè)例子，比如我分別用bcc與fcc的鐵的來(lái)做這個(gè)LJ-9-3 wall，加入他們的晶格常數(shù)都是2（Angtrosm），那么這個(gè)ljfrho分別是怎么求的，值時(shí)多少？ 而ljfrho下面那個(gè)ljgsig與ljfeps的值，是不是需要重新建個(gè)模型用Fe的勢(shì)與體系的勢(shì)進(jìn)行一個(gè)cycle，然后從towhee-out中看Fe與體系中各原子的sigma和epsilon值？ 還有towhee mannul中關(guān)于lj-9-3介紹下面那個(gè)公式里的sigma與epsilon應(yīng)該就是ljfntypes下面的一系列l(wèi)jfsig與ljfeps值吧，這樣的話，如果體系有n種與surface作用的原子，那么在積分過(guò)程中就應(yīng)該有n中l(wèi)j-9-3的積分式（參數(shù)不同）吧 關(guān)于那個(gè)pdb2towhee的我也搞定了，用":1, $s/ATOM /HETATM /g"，然后就可以了。 |
19樓2012-06-07 18:39:00
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20樓2012-06-07 22:15:20
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21樓2012-06-07 22:30:14
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關(guān)于涉及到石墨烯的建模，因?yàn)槭┦枪潭ǖ�，所以我按照你說(shuō)的那種方法把每個(gè)原子當(dāng)做一個(gè)獨(dú)立的分子來(lái)建模。這樣存在著問(wèn)題： 1.由于突然分子數(shù)多了所以對(duì)于inix， iniy， iniz 那三個(gè)值就需要增加，但是不知道這三個(gè)值到底是什么意思，把盒子劃分開(kāi)有意義嗎（因?yàn)樵幼鴺?biāo)都是從towhee_coords中讀取的）？ 2.當(dāng)我用c60試驗(yàn)的時(shí)候，這種方法一切正常，但是當(dāng)我用涉及到1000多碳原子的石墨烯用這方法時(shí)，運(yùn)行什么的都正常，但是在輸出文件中有問(wèn)題：信息只輸出到關(guān)于各原子間勢(shì)那塊就沒(méi)了，也就是顯示了LJ公式，然后是sigma epsilon這一列，下面沒(méi)東西了。。。不知道怎么回事，但是程序確實(shí)還在運(yùn)行中，而且還不停有box_*.pdb文件產(chǎn)生，好生納悶啊 希望你能幫我排除下故障，謝謝啊 |
22樓2012-06-08 12:19:11
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23樓2012-06-08 18:46:49
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樓主你好，我也是剛剛接觸到towhee軟件的，我是做三元萃取體系氣液平衡的，現(xiàn)在需要模擬純組分噻吩(thiophene)的氣液平衡情況，在模擬之前看了一下要用的力場(chǎng)文件，發(fā)現(xiàn)里面缺少一部分我所需要的鍵長(zhǎng)鍵角文件，請(qǐng)問(wèn)那個(gè)力場(chǎng)文件是不是沒(méi)有顯示全部可以處理的鍵長(zhǎng)鍵角數(shù)據(jù)呢？（因?yàn)橹白x過(guò)一篇文獻(xiàn)說(shuō)towhee鐘的Trappe-EH力場(chǎng)可以處理N原子的問(wèn)題，但是我進(jìn)入到towhee 7.0.2版本的那個(gè)力場(chǎng)文件后發(fā)現(xiàn)里面根本沒(méi)有N原子的數(shù)據(jù)。所以才有這種疑問(wèn)##）。 如果真的沒(méi)有我該自己添加力場(chǎng)的數(shù)據(jù)么？需要的話是簡(jiǎn)單地從別的聯(lián)合原子力場(chǎng)中找到N原子數(shù)據(jù)，然后粘貼我現(xiàn)在用的這個(gè)力場(chǎng)中嗎？ 小弟初學(xué)，麻煩你了！ |
24樓2012-06-11 17:58:17
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25樓2012-06-12 09:09:15
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送鮮花一朵 |
樓主師兄你好，我又有幾個(gè)問(wèn)題想問(wèn)一下你。 1.兩個(gè)力場(chǎng)的混合規(guī)則不同，可不可以用什么方法給其中一個(gè)導(dǎo)入一種混合規(guī)則呢？如果可以怎么做？ 2.對(duì)于手動(dòng)輸入電荷時(shí)，如果關(guān)于力場(chǎng)的描述文件中的Coulombic interactions項(xiàng)下有電荷值，我是不是就該輸入此電荷值，如果Coulombic interactions沒(méi)有值，我是不是就不輸入電荷值呢，即為0.0d0？入Dubb2004勢(shì)，用來(lái)建立SiO2分子時(shí)？ 3,在建立一個(gè)分子時(shí)，如果有多個(gè)units的atom組成，那么對(duì)于towhee_coords文件里面是不是應(yīng)該按照input_style下的unit值對(duì)應(yīng)的把一種atom輸入完再輸入另一種呢？ 4，您知道這個(gè)程序的結(jié)果文件pdb或者movie文件里怎么判斷材料是fcc還是bcc之類的嗎，或者您知道那個(gè)軟件有這個(gè)功能嗎？ 5.（補(bǔ)充的）對(duì)于不同的力場(chǎng)文件，如argon的epsilon值都不相同，是不是意味著argon在固體情況下，對(duì)于不同的力場(chǎng)他的晶格常數(shù)不同呢？ 6，對(duì)于涉及同位素的，就拿H和D來(lái)說(shuō)吧，如果我又H的力場(chǎng)文件，可不可以把H的mass修改一下當(dāng)做D的立場(chǎng)文件來(lái)用呢？（對(duì)于LJ勢(shì)） 非常感謝！ [ Last edited by zhang_jaj on 2012-7-3 at 22:01 ] |
26樓2012-07-03 21:41:04
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27樓2012-07-04 10:45:34
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你好： 1.我不知道混合規(guī)則不同的能不能用，所以就沒(méi)用，下午可以去試一試 2.也就是說(shuō)，只要我的體系不想考了庫(kù)倫作用，我就可以都不寫(xiě)電荷值吧 3.問(wèn)題解決，因?yàn)楫?dāng)時(shí)我導(dǎo)出來(lái)的sio2的pdb文件里si和o是間隔的寫(xiě)的，對(duì)于towhee需要把si的坐標(biāo)寫(xiě)完，再寫(xiě)o的坐標(biāo)。 4.因?yàn)槲易龅氖菤怏w低溫結(jié)晶過(guò)程，所以需要判斷到底是凍結(jié)成了什么結(jié)構(gòu)，這個(gè)很郁悶啊 6.關(guān)于這個(gè)我知道對(duì)于vasp是可以這么修改的，但是對(duì)于LJ勢(shì)的力場(chǎng)文件，因?yàn)椴恢绤?shù)和原子的質(zhì)量有沒(méi)有關(guān)系，所以不知道這么修改得到的同位素力場(chǎng)可不可以用。 問(wèn)題：還想問(wèn)一下，不知道您對(duì)形核過(guò)程了解嗎，我不知道該怎么在模擬過(guò)程中計(jì)算體系的形核勢(shì)壘。如果說(shuō)是用成核時(shí)的體系總能量與初始的總能量相減的話，那么這個(gè)勢(shì)壘是不是特別依賴與初始模型的原子排布（因?yàn)槲沂强茨慕坛逃胮ackmol生成的文件，所以不知道這個(gè)生成的排列對(duì)于計(jì)算勢(shì)壘時(shí)是否具有一般性） towhee里面有umbrella sampling和flux forwar sampling兩種抽樣嗎？如果沒(méi)有想要加的話是在編譯后的程序里加呢，還是加了之后重新編譯呢？ 非常感謝！�。�！ |
28樓2012-07-04 12:41:52
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37樓2012-07-13 13:55:05
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39樓2012-07-13 15:38:04
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8樓2012-05-25 06:55:15
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32樓2012-07-05 12:01:35
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40樓2012-09-16 10:35:10
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41樓2012-09-17 15:22:48
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42樓2012-09-18 12:41:22
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你好，又要麻煩您了！ 之前和您討論過(guò)建立石墨烯的模型，當(dāng)時(shí)是把所有的C原子當(dāng)做獨(dú)立的molecular來(lái)對(duì)待，即勢(shì)函數(shù)只考慮了非鍵參數(shù)，沒(méi)有考慮鍵參數(shù)。這個(gè)的前提是讓石墨烯不參與move（這樣的話把C-C作用搞成0更好，還不知道該怎么來(lái)做，難道要單獨(dú)由幾何法得到C-Ar參數(shù)做一個(gè)力場(chǎng)？）。 但是最近一個(gè)師兄說(shuō)我的模型太理想了，應(yīng)該讓C原子也move，如果這樣的話，就需要考慮石墨烯中的非鍵作用。如果這樣的話不知道這個(gè)石墨烯的模型該怎么建？ 如果把所有的鍵都算上的話，在towhee_input下面得輸太多太多行了。。。 關(guān)于這個(gè)問(wèn)題，學(xué)長(zhǎng)，你怎么看？ |
43樓2012-11-29 20:18:22
sandy03
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[考研] 312，生物學(xué)求調(diào)劑 +3 | 小譯同學(xué)abc 2026-03-28 | 3/150 |
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[考研] 調(diào)劑求院校招收 +4 | 鶴鯨鴿 2026-03-28 | 4/200 |
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[考研] 求化學(xué)調(diào)劑 +4 | wulanna 2026-03-28 | 4/200 |
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[考研] 311求調(diào)劑 +9 | lin0039 2026-03-26 | 9/450 |
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[考研] 張芳銘-中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)-環(huán)境工程專碩-298 +4 | 手機(jī)用戶 2026-03-26 | 4/200 |
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[考研] 070300化學(xué)求調(diào)劑 +4 | 起個(gè)名咋這么難 2026-03-27 | 4/200 |
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[考研] 求調(diào)劑 +4 | 零八# 2026-03-27 | 4/200 |
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[考研] 材料與化工085600，總分304，本科有兩篇sci參與，求調(diào)劑 +10 | 幸運(yùn)的醬醬 2026-03-22 | 12/600 |
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[考研] 283求調(diào)劑（080500） +4 | A child 2026-03-27 | 4/200 |
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[考研] 085600，材料與化工321分調(diào)劑 +4 | 大饞小子 2026-03-27 | 6/300 |
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[考研] 調(diào)劑推薦 +5 | 清酒714 2026-03-26 | 6/300 |
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[考研] 求調(diào)劑 +6 | 林之夕 2026-03-24 | 6/300 |
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[考研]
 304材料求調(diào)劑
+4
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鐘llll 2026-03-26 | 4/200 |
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[考研] 081200-11408-276學(xué)碩求調(diào)劑 +3 | 崔wj 2026-03-26 | 3/150 |
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[考研] 資源與環(huán)境 調(diào)劑申請(qǐng)(333分) +9 | holy J 2026-03-21 | 9/450 |
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[考研] 材料與化工304求B區(qū)調(diào)劑 +3 | 邱gl 2026-03-25 | 3/150 |
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[考研] 上海電力大學(xué)材料防護(hù)與新材料重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室招收調(diào)劑研究生（材料、化學(xué)、電化學(xué)，環(huán)境） +4 | 我愛(ài)學(xué)電池 2026-03-23 | 4/200 |
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[考博] 26申博自薦 +3 | whh869393 2026-03-24 | 3/150 |
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[考研] 環(huán)境學(xué)碩288求調(diào)劑 +8 | 皮皮皮123456 2026-03-22 | 8/400 |
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[考研] 328求調(diào)劑 +4 | LHHL66 2026-03-23 | 4/200 |
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