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關(guān)于towhee 回答zhang_jaj的問題
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以下是zhang_jaj 的問題: 你好，我想用towhee做NVT下argon氣在surface面上nucleation過程，希望你給一些指導(dǎo)，首先我想把potential選為LJ，surface與particles也是LJ作用， 1）問題是這個surface是需要用particles來make嗎，如果是的話那么構(gòu)成它的particles該怎么固定 2 ）或者，直接用towhee里面的LJ9-3 wall嗎，想知道這種wall是與particles怎么作用的，它不是用小粒子構(gòu)成的嗎？ 3）模擬完成后，液體與固體的結(jié)構(gòu)判斷該怎么做，有什么程序代碼嗎？ 4）這個nucleation的rate該怎么算（是單位時間單位體積內(nèi)產(chǎn)生臨街晶核的個數(shù)），我想知道程序中怎么實現(xiàn)，我沒發(fā)現(xiàn)有那個參數(shù)相關(guān)的，或者是需要自己來加?xùn)|西嗎？ 5）還有這個nucleation barrier該怎么來實現(xiàn)？ 6）towhee不能并行，那么其實一個任務(wù)就是在一個process上處理的；如果我的個人電腦比服務(wù)器的主頻高，那么是不是用臺式機(jī)比服務(wù)器更快呢（因為臺式機(jī)是4核的，它是不是能自己把towhee的任務(wù)來用4核一起處理？）？ 7）希望您能給點(diǎn)關(guān)于towhee代碼學(xué)習(xí)的經(jīng)驗，就是對于我要做的這個方向的。 這是我的回答: 實在不敢當(dāng), 我現(xiàn)在也是學(xué)習(xí)階段, 因為沒做過類似的體系, 對于你的問題只能有一些建議. 1）問題是這個surface是需要用particles來make嗎，如果是的話那么構(gòu)成它的particles該怎么固定 可以使用particle模型來模擬, 固定比較簡單, 在move設(shè)置中不讓這些粒子移動就行了. 2 ）或者，直接用towhee里面的LJ9-3 wall嗎，想知道這種wall是與particles怎么作用的，它不是用小粒子構(gòu)成的嗎？ 這個我以前沒有用過, 不過文獻(xiàn)當(dāng)中確實有人這樣做. 這種勢能的使用情況可以參考例子Fris_Walls, 另外上網(wǎng)搜了一下, 這幾個帖子和文章可能對你有用. http://jcp.aip.org/resource/1/jcpsa6/v67/i5/p2384_s1 http://jcp.aip.org/resource/1/jcpsa6/v73/i8/p4050_s1 http://lammps.sandia.gov/threads/msg24356.html http://www.sklogwiki.org/SklogWi ... ard-Jones_potential 這種勢是粒子勢能轉(zhuǎn)化而來的, 第四個參考文獻(xiàn)有推導(dǎo)過程, 主要的優(yōu)勢是可以大大提高速度. lammps 的帖子跟你的情況有點(diǎn)像, 使用MD做的, 可以借鑒. 3）模擬完成后，液體與固體的結(jié)構(gòu)判斷該怎么做，有什么程序代碼嗎？ 這個主要是分析RDF吧, 代碼在 utils 中有, 可以根據(jù)你的情況進(jìn)行修改. 4）這個nucleation的rate該怎么算（是單位時間單位體積內(nèi)產(chǎn)生臨街晶核的個數(shù)），我想知道程序中怎么實現(xiàn)，我沒發(fā)現(xiàn)有那個參數(shù)相關(guān)的，或者是需要自己來加?xùn)|西嗎？ 這個是需要后處理才能得到的吧. towhee本身不是計算成核過程的. 應(yīng)該需要編寫代碼實現(xiàn). 不過MC 如何計算時間呢? 如果用MC步數(shù)是不是會有問題? 是不是用MD更合適一點(diǎn)? 5）還有這個nucleation barrier該怎么來實現(xiàn)？ 這個應(yīng)該是進(jìn)行不同溫度點(diǎn)的模擬, 作速率-溫度關(guān)系圖, 然后通過擬合熱力學(xué)公式得到吧. 6）towhee不能并行，那么其實一個任務(wù)就是在一個process上處理的；如果我的個人電腦比服務(wù)器的主頻高，那么是不是用臺式機(jī)比服務(wù)器更快呢（因為臺式機(jī)是4核的，它是不是能自己把towhee的任務(wù)來用4核一起處理？）？ towhee的不能用多個核并行計算一個任務(wù), 而事實上也不需要. 一般來說, 模擬多個任務(wù)可以等價于模擬一個大任務(wù), MC的本質(zhì)決定它是這樣的性質(zhì), MD可不行. 所以盡量還是使用towhee提供的并行模式. 注意選擇不同的隨機(jī)種子. 7）希望您能給點(diǎn)關(guān)于towhee代碼學(xué)習(xí)的經(jīng)驗，就是對于我要做的這個方向的。 關(guān)于代碼, 其實我也沒有太多經(jīng)驗. 我主要是對結(jié)果進(jìn)行后處理. towhee 本身是一個general Monte Carlo code, 不是專門為某些體系設(shè)計的, 但是對于你的體系應(yīng)該是可以勝任的. 主要針對體系的代碼, 差別也主要是建模和分析結(jié)果兩個過程, 核心代碼都是類似的. 我個人認(rèn)為如果時間有限, 不要陷到源代碼中去.當(dāng)然能夠多了解一些代碼對于軟件的使用也是非常有好處的. towhee 的代碼由于需要我簡單的讀過一些, 還是比較清楚的. 可以嘗試從總體上去學(xué)習(xí)下. 對于結(jié)果的后處理的代碼, 建議從修改towhee 提供的代碼開始. 使用語言以自己最熟悉的為準(zhǔn), 如果都湊合, 推薦 fortran90. 多學(xué)習(xí) linux bash 腳本也是很有好處的, 我現(xiàn)在簡單的數(shù)據(jù)處理基本都用它. 最后強(qiáng)調(diào), 不要陷到代碼中去, 能夠完成自己的用途就可以了, 越簡單越直接越好. 多多思考跟你體系相關(guān)的問題, 多查文獻(xiàn). ///希望能多多向你學(xué)習(xí)towhee知識，導(dǎo)師不管，自己一個人摸索。擔(dān)心畢業(yè)十大問題啊，謝謝了 大家基本都差不多, 堅定信心, 可以做的很好. 其實模擬計算這個方向比起做實驗還是比較透明的, 重復(fù)文獻(xiàn)一般沒有問題, 技術(shù)問題一般論壇上都會回答. 我也是在學(xué)習(xí)的過程, 大家多多討論, 相互學(xué)習(xí). [ Last edited by 043114076 on 2012-4-26 at 09:55 ] |
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 towhee精華 | towhee的運(yùn)用討論�。� |
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27樓2012-07-04 10:45:34
29樓2012-07-04 19:36:01
2樓2012-04-26 19:15:47
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你好，我是按照你之前一個帖子直接編譯的并行towhee-7版的，但是這個里面沒有那個towheebase的目錄（應(yīng)該是6版以前才有的把）。在做練習(xí)的時候，我把towhee_input文件的forcefield改成了自己的絕對路徑 /public/software/towhee/Forcefield/() 然后towhee_parallel如下 1 towhee.log /public/software/towhee/Examples/Canonical/Amber_Villin 之后執(zhí)行了mpirun -np 4 towhee 顯示出來的為 Number ofjobs:0 Simulations complete Total time:0.000059 seconds 而且沒有towhee.log文件 還有官網(wǎng)說安裝需要的autoconf與automake文件是不是可以不用？ example中的makefile文件用來編譯什么的？ 非常感謝�。ㄒ驗橐恍┰�?qū)嶒炇也荒苌暇W(wǎng)，只能晚上回來求助） [ Last edited by zhang_jaj on 2012-4-26 at 20:25 ] |
3樓2012-04-26 20:24:20
4樓2012-04-26 21:53:51
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你好，您知道towhee用intel的編譯器好呢還是PGI的好，因為我看官方給的是PGI的。還有我在運(yùn)行例子的時候，提交大于3個任務(wù)并行時（如16），從倒數(shù)第三個就會顯示出 Job # 14 Insufficient entres in towhee_parallel file 后面就沒了，但是前13個job都順利。不知道是怎么回事。 當(dāng)小于三時也會有最后一個job顯示Insufficient entres in towhee_parallel file 還有想問下，mpich2的并行環(huán)境好像不能編譯是嗎？ 還有想問下，如果在./configrue時，不給CC，F(xiàn)77等賦值，編譯好的不會是用GNU的編譯器吧？ 麻煩了，不甚感激！ |
5樓2012-05-04 22:00:07
送鮮花一朵 |
你好，想再請教下您。關(guān)于towhee參數(shù)設(shè)置問題： 1）.pm*的值是不是按照從小到大進(jìn)行排列的呢。example中有個是 pmtraat 1.0 pmtracm 0.67 pmrotate 1.0 這種情況，當(dāng)要判斷是進(jìn)行哪種move時，是不是只進(jìn)行pmtraat呢？ 2）.給體系加上一個LJ-9-3 wall時，里面有一個參數(shù)是ljfrho（the number density of atoms in the integrateed wall potential）是wall上與體系內(nèi)分子作用的點(diǎn)密度嗎？還有l(wèi)jfsig與ljfeps都是人為的指定大小嗎？ 非常感謝！ |
6樓2012-05-24 20:14:55
7樓2012-05-24 22:56:08
8樓2012-05-25 06:55:15
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你好，還想向您請教個問題關(guān)于hmatrix參數(shù)的。mannul上說這個坐標(biāo)矩陣可以不正交，但是必須是right hand rule的。我在想如果用其他非正交的坐標(biāo)矩陣時，程序在運(yùn)行過程中是不是速度就低了很多？？？（因為個人認(rèn)為正交坐標(biāo)里各個原子間進(jìn)行距離計算時要方便的多（如我在一個面上固定一個單層石墨烯）） 還有個問題是，對于NVT系宗，如果我先讓N=1000，T=50K后，該怎么選取box的大小呢（氣體），這時不同的box大小應(yīng)該就對應(yīng)不同的P吧。是利用PV=NRT嗎？這個box的大小是依據(jù)我想要的P用那個公式來調(diào)節(jié)嗎？，還是normal atmosphere下算個大約的box大�。� 非常感謝�。�！  |
9樓2012-06-02 21:41:54
10樓2012-06-03 13:33:26
11樓2012-06-03 22:48:22
12樓2012-06-05 22:28:48
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這個看了還是不太明白。按照mannul應(yīng)該是把wall當(dāng)做一種一般性的surface，而這個ljfrho就是這個面上的點(diǎn)分布密度。還有下面的那個sigma和epislon都是這個wall與體系中粒子的作用參數(shù)。（這個參數(shù)該怎么定義呢），還有如果把這個wall當(dāng)做Si之類的來計算ljfrho，那么這些Si原子的排列該怎么確定(或者說這是一個無序的surface嗎)？你之前給的那個文章鏈接我一直下不了，不知道你有嗎，可以給我一份嗎（zhjjaj@163.com）？關(guān)于LJ9-3的文章非常感謝！http://jcp.aip.org/resource/1/jc ... _s1?isAuthorized=no |
13樓2012-06-06 23:01:36
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我從頭講好了。 我們一般模擬時使用的是全粒子勢能比如UFF，amber等等，這種勢能每個原子作為獨(dú)立的粒子，有自己的力場參數(shù)。這樣在模擬時需要計算每一對粒子的相互作用能。如果我們的體系是氣體或者液體分子和一個表面的相互作用，當(dāng)然也可以使用全粒子勢能參數(shù)去模擬，但是我們也可以把表面所有粒子的力場參數(shù)積分使其變成一個整體。9-3 wall 勢能是從 12-6 粒子勢能進(jìn)行空間積分得到的。積分推導(dǎo)的過程見：http://www.sklogwiki.org/SklogWi ... ard-Jones_potential , 建議自己可以簡單推導(dǎo)一下。這樣做的好處是大大減少了粒子的數(shù)目（表面當(dāng)成了一個具有特定形狀的粒子），從而減少了計算量。推導(dǎo)過程中，原來12-6中的參數(shù)sigma ，epsilon意義沒有變化，直接繼承下來，另外新加入了一個參數(shù)ljfrhho，和體系的組成相關(guān)，即體相單位體積內(nèi)的粒子數(shù)目。 我只是以Si和SiO2 為例，你要根據(jù)你的體系去得到sigma epsilon和ljfrhho。請問你的體系中wall的組成是什么物質(zhì)？ 費(fèi)了這么大勁，不知講清楚了沒有。 那個文獻(xiàn)我也沒有，你可以求助一下 |
14樓2012-06-07 09:13:50
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感覺你講了后，確實對這個勢有了很多了解（之前特別迷糊）。我想用單層graphene和雙層graphene試著模擬Ar的nucleation過程。這個2D的如單層的a為2.46（Angstrom），那我算的時候是不是應(yīng)該就是2/（2.46*[sqrt（3）/2]*2.46）=0.38.... 再比如一個fcc的（111）面，加入他的a=2，那么計算出來的是不是應(yīng)該就是4/（2^3）=0.5？這樣的話就跟選fcc的哪個切面無關(guān)了呀（或者我還是理解錯了  ）？還有我以為加上一個LJ9-3wall（如graphene）就是一個虛擬的wall；但如果我再在其他位置加一個同樣組成的如graphene-wall時，并且給出這個graphene中各原子的坐標(biāo)，而且這個wall不是LJ9-3的勢�；蛘哒f在towhee中模擬的只要是加了一個用來吸附的表面，那么它就應(yīng)該是當(dāng)做LJ9-3wall來處理嗎。這樣他的原子排列還是不好確定（如模擬外延生長時要選不同的面）？ 所以加入一個自己引入的面是不是應(yīng)該和加一個LJ9-3是完全兩個概念吧？ 還有，以你的經(jīng)驗，你覺得像graphene有近1000作用的碳原子，這個得當(dāng)做一個獨(dú)立的大分子來建立初始文件，你覺得應(yīng)該用哪種方式建呢，這樣就得在input_style下面有1000個作用的vibration手動參數(shù)輸入，感覺太恐怖了。 最近在這幾個問題上實在搞不定，就只能想到麻煩你了 |
15樓2012-06-07 12:44:42
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還有一個問題是，我用ms建了graphene的模型，導(dǎo)出pdb文件格式，但是他是以ATOM位頭的，pdb2towhee轉(zhuǎn)換好像只能是HETATM打頭的，這個格式轉(zhuǎn)換是個問題啊。是不是應(yīng)該自己編一個轉(zhuǎn)換的腳本呢。 還有就是如Ar氣在graphene上nucleation的問題，我是把Ar放在towhee_coords里，然后把graphene放在towhee_tempalte里面，這個石墨烯用的是trappe-ua的力場，問題是每個碳原子都要輸入一個vibration成鍵的參數(shù)，感覺工作量特別大。不知道石墨烯有沒有比較好的輸入方式。謝謝！ |
16樓2012-06-07 13:42:50
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單層和雙層石墨烯使用9-3 Wall 勢能模擬可能不太合適，因為積分推導(dǎo)過程中是認(rèn)為表面厚度無限大。1000個C原子使用全原子勢能也是可以接受的吧。 你理解密度的計算還是不太正確。9-3 wall 積分時認(rèn)為表面厚度無限大，那么它的密度就等于體相的密度，跟切的表面沒有關(guān)系。 沒有明白你第二段的意思。你能再簡單地講一下嗎？ towhee中大分子的建模確實比較頭疼。不過，如果你的graphene在模擬過程中是固定不動的，那就簡單了。你把1000個原子的石墨烯當(dāng)作1000個獨(dú)立的分子，這樣就不需要輸入vibration 參數(shù)了。 |
17樓2012-06-07 17:01:28
18樓2012-06-07 17:07:53
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非常感謝啊，我今天下午去把這個大分子上的每個原子當(dāng)做獨(dú)立的分子，程序成功運(yùn)行了。我想了下，其實每個c原子在力場都是一個獨(dú)立體對待的，所以固定不動時把它當(dāng)做很多歌分子也是可行的（下午給我樂的，呵呵）。 其實這個LJ-9-3我發(fā)現(xiàn)它就是一個彌散的surface吧，我那段話說的意思主要是為了確定這個surface表面的原子排布不好確定，現(xiàn)在我想通了，它應(yīng)該沒有這個原子排列的概念吧。 希望你能給我舉個例子，比如我分別用bcc與fcc的鐵的來做這個LJ-9-3 wall，加入他們的晶格常數(shù)都是2（Angtrosm），那么這個ljfrho分別是怎么求的，值時多少？ 而ljfrho下面那個ljgsig與ljfeps的值，是不是需要重新建個模型用Fe的勢與體系的勢進(jìn)行一個cycle，然后從towhee-out中看Fe與體系中各原子的sigma和epsilon值？ 還有towhee mannul中關(guān)于lj-9-3介紹下面那個公式里的sigma與epsilon應(yīng)該就是ljfntypes下面的一系列l(wèi)jfsig與ljfeps值吧，這樣的話，如果體系有n種與surface作用的原子，那么在積分過程中就應(yīng)該有n中l(wèi)j-9-3的積分式（參數(shù)不同）吧 關(guān)于那個pdb2towhee的我也搞定了，用":1, $s/ATOM /HETATM /g"，然后就可以了。 |
19樓2012-06-07 18:39:00
20樓2012-06-07 22:15:20
21樓2012-06-07 22:30:14
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關(guān)于涉及到石墨烯的建模，因為石墨烯是固定的，所以我按照你說的那種方法把每個原子當(dāng)做一個獨(dú)立的分子來建模。這樣存在著問題： 1.由于突然分子數(shù)多了所以對于inix， iniy， iniz 那三個值就需要增加，但是不知道這三個值到底是什么意思，把盒子劃分開有意義嗎（因為原子坐標(biāo)都是從towhee_coords中讀取的）？ 2.當(dāng)我用c60試驗的時候，這種方法一切正常，但是當(dāng)我用涉及到1000多碳原子的石墨烯用這方法時，運(yùn)行什么的都正常，但是在輸出文件中有問題：信息只輸出到關(guān)于各原子間勢那塊就沒了，也就是顯示了LJ公式，然后是sigma epsilon這一列，下面沒東西了。。。不知道怎么回事，但是程序確實還在運(yùn)行中，而且還不停有box_*.pdb文件產(chǎn)生，好生納悶啊 希望你能幫我排除下故障，謝謝啊 |
22樓2012-06-08 12:19:11
23樓2012-06-08 18:46:49
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樓主你好，我也是剛剛接觸到towhee軟件的，我是做三元萃取體系氣液平衡的，現(xiàn)在需要模擬純組分噻吩(thiophene)的氣液平衡情況，在模擬之前看了一下要用的力場文件，發(fā)現(xiàn)里面缺少一部分我所需要的鍵長鍵角文件，請問那個力場文件是不是沒有顯示全部可以處理的鍵長鍵角數(shù)據(jù)呢？（因為之前讀過一篇文獻(xiàn)說towhee鐘的Trappe-EH力場可以處理N原子的問題，但是我進(jìn)入到towhee 7.0.2版本的那個力場文件后發(fā)現(xiàn)里面根本沒有N原子的數(shù)據(jù)。所以才有這種疑問##）。 如果真的沒有我該自己添加力場的數(shù)據(jù)么？需要的話是簡單地從別的聯(lián)合原子力場中找到N原子數(shù)據(jù)，然后粘貼我現(xiàn)在用的這個力場中嗎？ 小弟初學(xué)，麻煩你了！ |
24樓2012-06-11 17:58:17
25樓2012-06-12 09:09:15
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樓主師兄你好，我又有幾個問題想問一下你。 1.兩個力場的混合規(guī)則不同，可不可以用什么方法給其中一個導(dǎo)入一種混合規(guī)則呢？如果可以怎么做？ 2.對于手動輸入電荷時，如果關(guān)于力場的描述文件中的Coulombic interactions項下有電荷值，我是不是就該輸入此電荷值，如果Coulombic interactions沒有值，我是不是就不輸入電荷值呢，即為0.0d0？入Dubb2004勢，用來建立SiO2分子時？ 3,在建立一個分子時，如果有多個units的atom組成，那么對于towhee_coords文件里面是不是應(yīng)該按照input_style下的unit值對應(yīng)的把一種atom輸入完再輸入另一種呢？ 4，您知道這個程序的結(jié)果文件pdb或者movie文件里怎么判斷材料是fcc還是bcc之類的嗎，或者您知道那個軟件有這個功能嗎？ 5.（補(bǔ)充的）對于不同的力場文件，如argon的epsilon值都不相同，是不是意味著argon在固體情況下，對于不同的力場他的晶格常數(shù)不同呢？ 6，對于涉及同位素的，就拿H和D來說吧，如果我又H的力場文件，可不可以把H的mass修改一下當(dāng)做D的立場文件來用呢？（對于LJ勢） 非常感謝！ [ Last edited by zhang_jaj on 2012-7-3 at 22:01 ] |
26樓2012-07-03 21:41:04
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你好： 1.我不知道混合規(guī)則不同的能不能用，所以就沒用，下午可以去試一試 2.也就是說，只要我的體系不想考了庫倫作用，我就可以都不寫電荷值吧 3.問題解決，因為當(dāng)時我導(dǎo)出來的sio2的pdb文件里si和o是間隔的寫的，對于towhee需要把si的坐標(biāo)寫完，再寫o的坐標(biāo)。 4.因為我做的是氣體低溫結(jié)晶過程，所以需要判斷到底是凍結(jié)成了什么結(jié)構(gòu)，這個很郁悶啊 6.關(guān)于這個我知道對于vasp是可以這么修改的，但是對于LJ勢的力場文件，因為不知道參數(shù)和原子的質(zhì)量有沒有關(guān)系，所以不知道這么修改得到的同位素力場可不可以用。 問題：還想問一下，不知道您對形核過程了解嗎，我不知道該怎么在模擬過程中計算體系的形核勢壘。如果說是用成核時的體系總能量與初始的總能量相減的話，那么這個勢壘是不是特別依賴與初始模型的原子排布（因為我是看您的教程用packmol生成的文件，所以不知道這個生成的排列對于計算勢壘時是否具有一般性） towhee里面有umbrella sampling和flux forwar sampling兩種抽樣嗎？如果沒有想要加的話是在編譯后的程序里加呢，還是加了之后重新編譯呢？ 非常感謝�。。�！ |
28樓2012-07-04 12:41:52
30樓2012-07-04 20:36:21
31樓2012-07-05 10:52:47
32樓2012-07-05 12:01:35
33樓2012-07-12 12:24:16
34樓2012-07-12 18:50:44
35樓2012-07-12 23:07:02
36樓2012-07-13 09:28:27
37樓2012-07-13 13:55:05
38樓2012-07-13 15:34:09
39樓2012-07-13 15:38:04
40樓2012-09-16 10:35:10
41樓2012-09-17 15:22:48
42樓2012-09-18 12:41:22
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你好，又要麻煩您了！ 之前和您討論過建立石墨烯的模型，當(dāng)時是把所有的C原子當(dāng)做獨(dú)立的molecular來對待，即勢函數(shù)只考慮了非鍵參數(shù)，沒有考慮鍵參數(shù)。這個的前提是讓石墨烯不參與move（這樣的話把C-C作用搞成0更好，還不知道該怎么來做，難道要單獨(dú)由幾何法得到C-Ar參數(shù)做一個力場？）。 但是最近一個師兄說我的模型太理想了，應(yīng)該讓C原子也move，如果這樣的話，就需要考慮石墨烯中的非鍵作用。如果這樣的話不知道這個石墨烯的模型該怎么建？ 如果把所有的鍵都算上的話，在towhee_input下面得輸太多太多行了。。。 關(guān)于這個問題，學(xué)長，你怎么看？ |
43樓2012-11-29 20:18:22
44樓2013-10-19 21:45:54
45樓2014-11-10 15:04:53
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