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關(guān)于towhee 回答zhang_jaj的問題
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以下是zhang_jaj 的問題: 你好，我想用towhee做NVT下argon氣在surface面上nucleation過程，希望你給一些指導(dǎo)，首先我想把potential選為LJ，surface與particles也是LJ作用， 1）問題是這個surface是需要用particles來make嗎，如果是的話那么構(gòu)成它的particles該怎么固定 2 ）或者，直接用towhee里面的LJ9-3 wall嗎，想知道這種wall是與particles怎么作用的，它不是用小粒子構(gòu)成的嗎？ 3）模擬完成后，液體與固體的結(jié)構(gòu)判斷該怎么做，有什么程序代碼嗎？ 4）這個nucleation的rate該怎么算（是單位時間單位體積內(nèi)產(chǎn)生臨街晶核的個數(shù)），我想知道程序中怎么實現(xiàn)，我沒發(fā)現(xiàn)有那個參數(shù)相關(guān)的，或者是需要自己來加?xùn)|西嗎？ 5）還有這個nucleation barrier該怎么來實現(xiàn)？ 6）towhee不能并行，那么其實一個任務(wù)就是在一個process上處理的；如果我的個人電腦比服務(wù)器的主頻高，那么是不是用臺式機比服務(wù)器更快呢（因為臺式機是4核的，它是不是能自己把towhee的任務(wù)來用4核一起處理？）？ 7）希望您能給點關(guān)于towhee代碼學習的經(jīng)驗，就是對于我要做的這個方向的。 這是我的回答: 實在不敢當, 我現(xiàn)在也是學習階段, 因為沒做過類似的體系, 對于你的問題只能有一些建議. 1）問題是這個surface是需要用particles來make嗎，如果是的話那么構(gòu)成它的particles該怎么固定 可以使用particle模型來模擬, 固定比較簡單, 在move設(shè)置中不讓這些粒子移動就行了. 2 ）或者，直接用towhee里面的LJ9-3 wall嗎，想知道這種wall是與particles怎么作用的，它不是用小粒子構(gòu)成的嗎？ 這個我以前沒有用過, 不過文獻當中確實有人這樣做. 這種勢能的使用情況可以參考例子Fris_Walls, 另外上網(wǎng)搜了一下, 這幾個帖子和文章可能對你有用. http://jcp.aip.org/resource/1/jcpsa6/v67/i5/p2384_s1 http://jcp.aip.org/resource/1/jcpsa6/v73/i8/p4050_s1 http://lammps.sandia.gov/threads/msg24356.html http://www.sklogwiki.org/SklogWi ... ard-Jones_potential 這種勢是粒子勢能轉(zhuǎn)化而來的, 第四個參考文獻有推導(dǎo)過程, 主要的優(yōu)勢是可以大大提高速度. lammps 的帖子跟你的情況有點像, 使用MD做的, 可以借鑒. 3）模擬完成后，液體與固體的結(jié)構(gòu)判斷該怎么做，有什么程序代碼嗎？ 這個主要是分析RDF吧, 代碼在 utils 中有, 可以根據(jù)你的情況進行修改. 4）這個nucleation的rate該怎么算（是單位時間單位體積內(nèi)產(chǎn)生臨街晶核的個數(shù)），我想知道程序中怎么實現(xiàn)，我沒發(fā)現(xiàn)有那個參數(shù)相關(guān)的，或者是需要自己來加?xùn)|西嗎？ 這個是需要后處理才能得到的吧. towhee本身不是計算成核過程的. 應(yīng)該需要編寫代碼實現(xiàn). 不過MC 如何計算時間呢? 如果用MC步數(shù)是不是會有問題? 是不是用MD更合適一點? 5）還有這個nucleation barrier該怎么來實現(xiàn)？ 這個應(yīng)該是進行不同溫度點的模擬, 作速率-溫度關(guān)系圖, 然后通過擬合熱力學公式得到吧. 6）towhee不能并行，那么其實一個任務(wù)就是在一個process上處理的；如果我的個人電腦比服務(wù)器的主頻高，那么是不是用臺式機比服務(wù)器更快呢（因為臺式機是4核的，它是不是能自己把towhee的任務(wù)來用4核一起處理？）？ towhee的不能用多個核并行計算一個任務(wù), 而事實上也不需要. 一般來說, 模擬多個任務(wù)可以等價于模擬一個大任務(wù), MC的本質(zhì)決定它是這樣的性質(zhì), MD可不行. 所以盡量還是使用towhee提供的并行模式. 注意選擇不同的隨機種子. 7）希望您能給點關(guān)于towhee代碼學習的經(jīng)驗，就是對于我要做的這個方向的。 關(guān)于代碼, 其實我也沒有太多經(jīng)驗. 我主要是對結(jié)果進行后處理. towhee 本身是一個general Monte Carlo code, 不是專門為某些體系設(shè)計的, 但是對于你的體系應(yīng)該是可以勝任的. 主要針對體系的代碼, 差別也主要是建模和分析結(jié)果兩個過程, 核心代碼都是類似的. 我個人認為如果時間有限, 不要陷到源代碼中去.當然能夠多了解一些代碼對于軟件的使用也是非常有好處的. towhee 的代碼由于需要我簡單的讀過一些, 還是比較清楚的. 可以嘗試從總體上去學習下. 對于結(jié)果的后處理的代碼, 建議從修改towhee 提供的代碼開始. 使用語言以自己最熟悉的為準, 如果都湊合, 推薦 fortran90. 多學習 linux bash 腳本也是很有好處的, 我現(xiàn)在簡單的數(shù)據(jù)處理基本都用它. 最后強調(diào), 不要陷到代碼中去, 能夠完成自己的用途就可以了, 越簡單越直接越好. 多多思考跟你體系相關(guān)的問題, 多查文獻. ///希望能多多向你學習towhee知識，導(dǎo)師不管，自己一個人摸索。擔心畢業(yè)十大問題啊，謝謝了 大家基本都差不多, 堅定信心, 可以做的很好. 其實模擬計算這個方向比起做實驗還是比較透明的, 重復(fù)文獻一般沒有問題, 技術(shù)問題一般論壇上都會回答. 我也是在學習的過程, 大家多多討論, 相互學習. [ Last edited by 043114076 on 2012-4-26 at 09:55 ] |
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你好，還想向您請教個問題關(guān)于hmatrix參數(shù)的。mannul上說這個坐標矩陣可以不正交，但是必須是right hand rule的。我在想如果用其他非正交的坐標矩陣時，程序在運行過程中是不是速度就低了很多？？？（因為個人認為正交坐標里各個原子間進行距離計算時要方便的多（如我在一個面上固定一個單層石墨烯）） 還有個問題是，對于NVT系宗，如果我先讓N=1000，T=50K后，該怎么選取box的大小呢（氣體），這時不同的box大小應(yīng)該就對應(yīng)不同的P吧。是利用PV=NRT嗎？這個box的大小是依據(jù)我想要的P用那個公式來調(diào)節(jié)嗎？，還是normal atmosphere下算個大約的box大�。� 非常感謝�。。�  |
9樓2012-06-02 21:41:54
2樓2012-04-26 19:15:47
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你好，我是按照你之前一個帖子直接編譯的并行towhee-7版的，但是這個里面沒有那個towheebase的目錄（應(yīng)該是6版以前才有的把）。在做練習的時候，我把towhee_input文件的forcefield改成了自己的絕對路徑 /public/software/towhee/Forcefield/() 然后towhee_parallel如下 1 towhee.log /public/software/towhee/Examples/Canonical/Amber_Villin 之后執(zhí)行了mpirun -np 4 towhee 顯示出來的為 Number ofjobs:0 Simulations complete Total time:0.000059 seconds 而且沒有towhee.log文件 還有官網(wǎng)說安裝需要的autoconf與automake文件是不是可以不用？ example中的makefile文件用來編譯什么的？ 非常感謝�。ㄒ驗橐恍┰�?qū)嶒炇也荒苌暇W(wǎng)，只能晚上回來求助） [ Last edited by zhang_jaj on 2012-4-26 at 20:25 ] |
3樓2012-04-26 20:24:20
4樓2012-04-26 21:53:51
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