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[求助]
MS分子動(dòng)力學(xué)模擬 已有1人參與
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| 用MS的discover模塊進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬，一共進(jìn)行200PS的模擬，前100ps用于平衡，后100ps用于動(dòng)態(tài)分析，為什么第二階段開(kāi)始時(shí)就不平衡了，是不是兩個(gè)階段需要一步完成，直接200ps？ |
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ninitongtong
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我也是新手，不知道你的分析結(jié)構(gòu)是否復(fù)雜？如果體系復(fù)雜的話200ps是不是有點(diǎn)短？ 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
2樓2016-03-28 20:15:53
月只藍(lán)
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16樓2016-03-30 16:26:54
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4樓2016-03-29 10:59:04
5樓2016-03-30 09:16:08
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6樓2016-03-30 12:28:12
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一般是一步完成，根據(jù)構(gòu)象的穩(wěn)定性，確定提取數(shù)據(jù)的范圍。只有大致穩(wěn)定了就行。 發(fā)自小木蟲(chóng)IOS客戶端 |
7樓2016-03-30 12:30:02
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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不需要兩個(gè)階段一起完成，分開(kāi)也不影響。 不要人為規(guī)定計(jì)算用多少時(shí)間，如果系統(tǒng)沒(méi)平衡，再計(jì)算一段時(shí)間即可。平衡階段用時(shí)應(yīng)當(dāng)有彈性，直到平衡達(dá)到了，再進(jìn)行下一步的數(shù)據(jù)分析。 此外，建議舍棄用Discover模塊，用Forcite模塊替代，前者計(jì)算效率太低下，費(fèi)時(shí)費(fèi)力。而且不管什么模塊（Dmol3 CASTEP GULP）產(chǎn)生的MD結(jié)果文件，最終都得在Focite模塊中進(jìn)行分析。 |
8樓2016-03-30 12:43:01
9樓2016-03-30 16:00:58
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本帖內(nèi)容被屏蔽 |
10樓2016-03-30 16:09:58
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