 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 查看: 6665 | 回復(fù): 10 | |||
sunny0819新蟲 (小有名氣)
|
[求助]
MLST分析大神 已有1人參與
|
||
|
已測(cè)序完，想要和MLST官網(wǎng)上序列進(jìn)行比對(duì)確定ST分型，可是要怎么比對(duì)，百度了好多，都沒(méi)有詳細(xì)的步驟，進(jìn)入MLST官網(wǎng)發(fā)現(xiàn)數(shù)據(jù)分析那塊網(wǎng)頁(yè)打不開(kāi)呢，是在那里分析嗎？還是我找錯(cuò)了，金幣不多，做過(guò)的麻煩解答下吧！�。」蛑x！��！ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)中的趣事：實(shí)驗(yàn)器材的 “烏龍”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)中的趣事：和實(shí)驗(yàn)材料的 “斗智斗勇”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)論文潤(rùn)色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有133人回復(fù)
-
蛋白質(zhì)檢測(cè)：精準(zhǔn)分析，解鎖生物分子的密碼
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之小鼠實(shí)驗(yàn)：嚴(yán)謹(jǐn)設(shè)計(jì)，解析生命機(jī)制的重要載體
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之重金屬檢測(cè)：精準(zhǔn)篩查，守護(hù)健康與環(huán)境的防線
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“蛙測(cè)重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標(biāo)南京
已經(jīng)有0人回復(fù)
binge920612
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 26.5
- 帖子: 3
- 在線: 1.6小時(shí)
- 蟲號(hào): 4015836
- 注冊(cè): 2015-08-10
- 專業(yè): 獸醫(yī)傳染病學(xué)
★ ★ ★
西門吹雪170: 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流 2016-05-12 08:14:31
西門吹雪170: 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流 2016-05-12 08:14:31
|
我也是剛剛學(xué)會(huì)，敘述不對(duì)的地方請(qǐng)諒解。 下面已單增李斯特菌為例： 1、將測(cè)序完的堿基序列復(fù)制到次網(wǎng)站窗口中http://bigsdb.web.pasteur.fr/perl/bigsdb/bigsdb.pl?db=pubmlst_listeria_seqdef_public&page=sequenceQuery，選擇位點(diǎn)，然后提交。 2、將所有看家引物提交結(jié)果輸入此網(wǎng)站中http://bigsdb.web.pasteur.fr/perl/bigsdb/bigsdb.pl?db=pubmlst_listeria_seqdef_public&page=sequenceQuery，提交得到MLST型。 3、在這里http://bigsdb.web.pasteur.fr/選擇你要測(cè)定的菌。進(jìn)入后點(diǎn)Sequences and profiles database 下的[Public] ，點(diǎn)Sequence query - query an allele sequence.進(jìn)入上面的1，點(diǎn)Search profiles進(jìn)入2,。 知道的就這些了。 |
2樓2016-04-21 17:34:12
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
西門吹雪170: 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流 2016-05-12 08:15:38
西門吹雪170: 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流 2016-05-12 08:15:38
|
你先找到你的菌的marker gene都有哪些（比如有的菌用的除了16s rRNA還有g(shù)dp什么的） 具體的你可以去MLST王章上找 應(yīng)該有說(shuō)一些reference marker 其次這些marker的基因長(zhǎng)度是需要跟mlst網(wǎng)站里的一樣的，比如有的基因他網(wǎng)站的reference長(zhǎng)度是100，但是我們手頭的這個(gè)基因由于一些原因（比如注釋）可能是135或者別的 這種情況需要先Blast把手頭基因處理成100 把他要求的marker按照同樣長(zhǎng)度輸進(jìn)去就出來(lái)了 #大概去年用過(guò)，也出過(guò)類似問(wèn)題，是這么解決的# |
3樓2016-05-02 17:00:34
solomon7811
新蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 335.8
- 紅花: 4
- 帖子: 248
- 在線: 19小時(shí)
- 蟲號(hào): 908367
- 注冊(cè): 2009-11-20
- 專業(yè): 傳染病流行病學(xué)
|
不同的菌可能在不同的網(wǎng)站。有些網(wǎng)站以前接收MLST，現(xiàn)在可能不接收了，比如大腸桿菌有兩個(gè)網(wǎng)站，其中一個(gè)改為接受NGS了。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
6樓2016-05-12 06:29:06
sunny0819
新蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 192.6
- 散金: 15
- 帖子: 53
- 在線: 10.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 4494179
- 注冊(cè): 2016-03-11
- 專業(yè): 病原微生物變異與耐藥
4樓2016-05-11 12:51:21
sunny0819
新蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 192.6
- 散金: 15
- 帖子: 53
- 在線: 10.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 4494179
- 注冊(cè): 2016-03-11
- 專業(yè): 病原微生物變異與耐藥
5樓2016-05-11 12:51:37
sunny0819
新蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 192.6
- 散金: 15
- 帖子: 53
- 在線: 10.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 4494179
- 注冊(cè): 2016-03-11
- 專業(yè): 病原微生物變異與耐藥
7樓2016-05-12 18:33:00
g0945111
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 2574.9
- 散金: 20
- 紅花: 1
- 帖子: 273
- 在線: 68.6小時(shí)
- 蟲號(hào): 1444782
- 注冊(cè): 2011-10-16
- 專業(yè): 環(huán)境微生物學(xué)
8樓2018-07-12 16:05:30
g0945111
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 2574.9
- 散金: 20
- 紅花: 1
- 帖子: 273
- 在線: 68.6小時(shí)
- 蟲號(hào): 1444782
- 注冊(cè): 2011-10-16
- 專業(yè): 環(huán)境微生物學(xué)
9樓2018-07-12 20:25:44
g0945111
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 2574.9
- 散金: 20
- 紅花: 1
- 帖子: 273
- 在線: 68.6小時(shí)
- 蟲號(hào): 1444782
- 注冊(cè): 2011-10-16
- 專業(yè): 環(huán)境微生物學(xué)
10樓2018-07-13 15:26:26
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 sunny0819 的主題更新
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 材料求調(diào)劑 +5 | @taotao 2026-03-21 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +11 | 妮妮ninicgb 2026-03-15 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 一志愿南大，0703化學(xué)，分?jǐn)?shù)336，求調(diào)劑 +3 | 收到VS 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 13341 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)求調(diào)劑 +4 | 臨澤境llllll 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 華東師范大學(xué)-071000生物學(xué)-293分-求調(diào)劑 +3 | 研究生何瑤明 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
[考研] 22408 344分 求調(diào)劑 一志愿 華電計(jì)算機(jī)技術(shù) +4 | solanXXX 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 324求調(diào)劑 +5 | lucky呀呀呀鴨 2026-03-20 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿武理材料工程348求調(diào)劑 +3 | ￣^￣゜汗 2026-03-19 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 295材料求調(diào)劑，一志愿武漢理工085601專碩 +5 | Charlieyq 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 353求調(diào)劑 +3 | 拉鉤不許變 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿中國(guó)海洋大學(xué)，生物學(xué)，301分，求調(diào)劑 +5 | 1孫悟空 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +5 | pupcoco 2026-03-17 | 8/400 |
|
|
|
[考研]
 0854，計(jì)算機(jī)類招收調(diào)劑
+3
|
胡辣湯放糖 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料，紡織，生物（0856、0710），化學(xué)招生啦 +3 | Eember. 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 085601求調(diào)劑 +4 | Du.11 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研]
11408 一志愿西電，277分求調(diào)劑
+3
|
zhouzhen654 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 機(jī)械專碩325，尋找調(diào)劑院校 +3 | y9999 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 321求調(diào)劑 +5 | 大米飯！ 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 070300化學(xué)學(xué)碩求調(diào)劑 +6 | 太想進(jìn)步了0608 2026-03-16 | 6/300 |
|